Фамильный раздор разделил и многолюдный дом Колонна. Сыновья Оддо по договору 28 апреля 1292 г. передали управление их фамильными имуществами, центральным пунктом которых была Палестрина, их старшему брату кардиналу Иакову. Младшая линия из Дженацциано, дети сенатора Иоанна, брата Иакова, в числе которых были кардинал Петр и граф Стефан, имели свою часть в этих владениях. Братья Иакова, Оддо, Матеус и Ландульф, упрекали его в том, что он передал все фамильное имущество одним только племянникам. В спор вмешался и папа: он неоднократно требовал от Иакова, чтобы он удовлетворил законные претензии братьев, однако оба кардинала, дядя а племянник, отказались это исполнить и с этого времени не появлялись больше в Латеране. Это были первые люди в курии, римские князья из самой древней аристократии, гордые и надменные. Они с неудовольствием смотрели на повелительный образ действий папы, и у них было много поводов к раздражению, особенно когда Бонифаций, по-видимому, решился сломить кичливость римской аристократии. Гибеллинское направление возродилось в Колонна; несмотря на их давнишний сою:; с Карлом II Неаполитанским, они приняли послов Фридриха сицилийского, который старался воспретить в Риме штауфенскую партию.

Политическая партийность усиливала церковную оппозицию; оба кардинала, очевидно, не одобряли того направления, которое приняло панство по отношению к церкви и к государствам и которое и раньше и позже в опаснейшей борьбе с монархиями неминуемо приводило его к падению. Уже во времена Григория IX один кардинал Колонна явился решительным врагом этого направления. Кроме того, смерть Целестина V не устранила мнения, что Бонифаций незаконно занимал место папы. Наиболее страстными проводниками этого мнения были братья целестинското ордена, которые не могли перенести гибели своего идола; они негодовали еще сильнее, когда Бонифаций отменил благоприятные для них акты, изданные его предшественником. Поэтому эти меньшие братья, или спиритуалы, видели в нем симониста и узурпатора, воплощавшего в себе ту мирскую церковь, которую они осуждали и хотели реформировать своими великодушными мечтами о царствии Святого Духа.

Оппозиция сгруппировалась вокруг кардиналов Колонна и их родственников Стефана и Шиара. Последние особенно были озлоблены против папы по следующему поводу: у них находился транспорт золота и серебра, который был отправлен в Рим жадным племянником папы Петром для покупки земельных именин; он был отбит и похищен в пути. Связь Колонна с Сицилией сделалась известной; пример отпадения кардинала Иоанна и его племянника Оддо, отца кардинала Иакова, во времена Фридриха II послужил предостережением Бонифацию. Он потребовал постановки папских гарнизонов в Палестрине и других укрепленных местах, принадлежавших Колонна, на что последние по понятным причинам не согласились. Когда же разгласились схизматические речи о незаконности папства Бонифация и на Петра Колонна указывали как на главного виновника их появления, то Бонифаций 4 мая 1297 г. потребовал от этого кардинала категорическою ответа: признает ли он его папой или нет? I 1етр уклонился от ответа и отправился имеете со своим дядей в Палестрину. Разгневанный Бонифаций созвал 10 мая 1297 г. церковный совет в храме Св. Петра; без долгих рассуждении он отнял у обоих кардиналов их звания. Основаниями такого приговора были их прежний мятежнический союз с Иаковом Арагонским и теперешний с Фридрихом; отказ принять к себе папское войско; тираническая несправедливость по отношению к братьям Иакова. Решительный образ действий папы доказывал энергию его волн, которой неведом был страх перед людьми, но в то же время и чрезмерную пылкость его темперамента. Разве все это были такие страшные преступления, которые заслуживали такого тяжкого наказания? Давно неслыханное разжалование кардиналов могло в глазах многих не быть оправдано высказанными мотивами, так как эти князья церкви вовсе не находились в открытом восстании против их главы.

Колонна начали борьбу с гордостью аристократов, сознающих свою силу. В тот же день, 10 мая, они держали фамильный совет в Лонггецце, замке, принадлежавшем аббатству Св. Павла, на берегу Анио, где раньше находилась Коллация. С ними были ученые-юристы, некоторые французские прелаты и трое монахов-миноритов, Фра Бенедетто из Перуджии, фра Диодати из Пренесте и фра Джакопоне из Тоди, ревностные приверженцы Целестина V, с согласия которого они основали на горе над Палестриной конгрегацию целестинцев-пустынников, но это разрешение было у них отнято Бонифацием. Фра Джакопоне был глубокомысленный мистик, страстный апостол последования Христу, поэт, обладавший достаточным талантом, чтобы сочинять едкие сатиры на папу, на lingua voltare, а по-латыни – знаменитый пасхальный гимн Stabat Mater. В составленном в Лонгтецце манифесте схоластический колорит которого изобличает, по-видимому, стиль Джакопоне, оба кардинала заявляли, что Бонифация VIII не следует признавать папой, так как Целестин V не мог отречься, и притом его отречение было результатом лживых интриг. Они апеллировали к собору; подобная апелляция, в первый раз заявленная Фридрихом II, была довольно опасна, так как она теперь исходила от самих кардиналов. Колонна распорядились публично объявить этот манифест в Риме и даже положить его на алтарь у Св. Петра. После этого они скрылись в Палестрину, куда папа 15 мая послал им вызов на суд и приговор, отнимавший у них их кардинальское звание. Они ответили вторым манифестом.

Когда Бонифаций принудил Целестина V окончить жизнь в заключении, то он правильно предвидел возможность раскола. Если бы его предшественник был еще жив, то теперь он стал бы страшным орудием в руках оппозиции. Но теперь Целестина уже не было в живых, и Бонифаций без труда мог указать на слабое место своих врагов. Эти же кардиналы его избрали, присутствовали в Риме при его короновании и в Цагароло торжественно признали его папой. Каким же образом они теперь высказывали взгляд, ставивший их в противоречие с самими собой? Гнев Бонифация разгорелся: 23 мая выпустил он вторую буллу, чтобы разгромить мятежников, теперь уже явных. Он отлучил от церкви, как схизматиков, обоих кардиналов, всех сыновей сенатора Иоанна и их наследников, объявил их лишенными чести, их имущества конфискованными и угрожал проклятием всем городам, которые могли бы дать им убежище. Положение его, однако, было небезопасно. Разжалование кардиналов оскорбляло всю священную коллегию; он поспешил успокоить ее изданием закона, очень возвышавшего достоинства кардиналов, налагавшего тяжелые наказания за оскорбление их и устанавливавшего, что они с этих пор наравне с королями могут одеваться в пурпур. Он отправился в Орвието, между тем как его враги вооружали свои замки для защиты. Решившись подавить раскол в зародыше, Бонифаций собрал войска под предводительством кондотьера флорентинца Ингирамо ди Бизанцо и родного брата Иакова Колонна Ландульфа, мстительное чувство которого побуждало сражаться со своими родственниками.

Сенатор Пандульф старался предупредить междоусобную войну и выступил посредником от имени римской общины. Он отправил послов сначала в Палестрину, а потом к папе. Колонна заявили, что они готовы покориться на условии сохранения их чести и восстановления могущества их дома; напротив, папа требовал безусловной покорности и сдачи крепостей. Когда переговоры не привели ни к чему, а в Палестрине были приняты послы из Сицилии, то Бонифаций повторил отлучение и даже обратился (14 декабря) с воззванием ко «всему христианству» идти в крестовый поход на его врагов, за что обещал отпущение грехов. В сущности, могущество папы не должно было казаться великим, если он принужден был снизойти до такой карикатуры крестовых походов и применить средство, когда-то направленное против великого императора, для борьбы с римскими оптиматами, владевшими рядом замков в Кампанье. Его война с двумя кардиналами, междоусобная война внутри церкви, показала миру упадок папства, наступление худших времен и понизила благоговение перед верховным главой религии. Нет такого знамени, вокруг которого не собрались бы люди, чтобы сделать из него эмблему своих желаний или мнений. И для этого крестового похода нашлись крестоносцы, так как он обещал добычу и казался направленным прямо против еретиков, каковыми были объявлены Колонна. Даже города Тосканы и Умбрии прислали ратников, и священная война против замков дома Колонна могла быть поведена энергично.