Римляне, принадлежавшие к имперской партии, составили свиту императора; но изъявления сочувствия не вышли из пределов Леонины. Римский народ, глубоко возмущенный понесенным поражением, мужественно защищал город, и на этот раз имел больше успеха, чем на полях Тускула. Александр III, удрученный заботами, оставался в замке Франджипани, у арки Тита. На случай, если бы папа пожелал бежать, к собору Св. Павла прибыли две сицилийские галеры; но папа раздал привезенные ими деньги Франджипани, Пьерлеоне и страже, охранявшей стены, и затем отослал галеры обратно. Хотя римляне оказывали мужественное сопротивление, тем не менее ни они, ни папа не сочли возможным уклониться от переговоров. В Риме находился тогда пфальцграф виттельсбахский Конрад, родственник Фридриха, архиепископ майнцский; он прибыл в Рим вместе с Александром III в 1165 г. Разгневанный император лишил Конрада сана архиепископа и передал этот сан Христиану фон Бух; тогда папа возвел Конрада в сан кардинала-епископа сабинского. Теперь он был отправлен папой в лагерь Фридриха для переговоров. Желая, подобно Генриху IV, привлечь римлян на свою сторону. Фридрих объявил, что единственным препятствием для заключения мира является папа; поэтому он предлагает, чтобы оба папы отказались от своего сана и был выбран с соблюдением канонических правил третий папа; тогда мир в церкви будет восстановлен и римлянам будут возмещены их потери. Эти условия были, конечно, отвергнуты Александром и его кардиналами, но в измученных римлянах встретили поддержку. Чтобы спасти свое стадо, так рассуждали римляне, папа должен быть готов еще на большие жертвы, чем та, которую он принесет, отказавшись от тиары. Произошло возмущение, и народ стал требовать отречения папы. Тогда Александр исчез из города. Спустя три дня папа был замечен у мыса Цирцеи в костюме пилигрима; сидя у источника в обществе своих спутников, беглец подкреплял себя пищей, и с той поры этот источник получил название папского. В Террачине Александр снова облачился в пурпур и затем направился в Беневент, куда прибыл в августе. Бегство Александра лишило императора надежды примириться с церковью, но облегчило включение мира с Римом. Это бегство свидетельствовало о решительной победе Фридриха, так как папа был изгнан из Рима теми самыми римлянами, которые так долго защищали его. Тогда же на восьми галерах вступили в Тибр пизанцы; расположенные по берегам селения были разорены ими, и одна из галер проникла до Ripa Romea. Мужество покинуло римлян; что касается Фридриха, то он склонялся к уступчивости, так как в эту пору года уже нельзя было достичь многого и он не мог так же надеяться, что ему удастся овладеть замками нобилей даже в том случае, если город откроет ворота. Поэтому императорскими послами, в числе которых был историк Acerbus Morena di Lodi, был заключен с Римом мир на следующих условиях: сенат и народ приносят императору присягу на верность и обязуются охранять его суверенные права в пределах города и вне его; император признает сенат в его установленной форме, но свои полномочия сенат получает от императора; золотой буллой император утверждает действительность всех завещаний сделанных римлянами, и всех арендных договоров и освобождает их от всяких податей и налогов. Таким образом, уступка, на которую Фридриху надлежало согласиться уже во время коронования, была сделана лишь после кровавых войн: римская республика отныне была подчинена непосредственно только имперской власти Присяга была принесена римлянами уполномоченным императора, но сам он не вступал в город, так как капитаны-нобили не принимали участия в договоре и, оставаясь в своих замках, сохраняли угрожающее положение. Затем Фридрих восстановил префектуру как имперское установление, назначил префектом Иоанна де Вико, сына бывшего раньше префекта Петра, предложил избрать новый общинный совет и взял с собой 400 римских заложников.

В это время Фридрих стоял на вершине своего могущества; имперские права по отношению к Риму были восстановлены; имперский папа был водворен в соборе Св. Петра; григорианская иерархия была упразднена, и с порабощением Италии могла быть снова создана всемирная Римская империя. Но среди этих блестящих успехов на сцену неожиданно выступили ангелы смерти в образе римской лихорадки для того, чтобы, как говорили верующие, спасти папу. Ужасное бедствие положило предел торжеству победителя и дало городам возможность сбросить с себя оковы. Рок, казалось, наложил на Фридриха свою руку, как некогда на Ксеркса. Духовенство могло ликовать: Рим стал вторым Иерусалимом, а император Фридрих ненавистным Сеннахеримом. 2 августа мрачные тучи разразились над городом ливнем, и затем наступил палящий зной; малярия, угрожающая здесь в августе смертью, получила характер чумы. Цвет непобедимого войска погиб бесславной смертью; всадники, пехотинцы и оруженосцы заболевали и умирали, часто неожиданно, едучи или идя по улице; вскоре стало не хватать более сил для погребения умерших. За семь дней Фридрих потерял своих лучших героев; Райнольд Кельнский, Готфрид Шпейерский, Эбергард Регенсбургский, графы нассаусский и Липпе, Фридрих Ротенбургский, многие епископы и князья и бесчисленное множество знатных и простых людей были похищены смертью. Рим точно так же страдал от чумы; люди умирали тысячами, и их трупы бросали в реку. В течение целых столетий город не переживал таких ужасных бедствий, как битва при Monte Porzio и вслед затем чума. Панический страх овладел германцами: карающая рука Господня, говорили они, поразила их за то, что они напали на священный город, жгли церкви и оскверняли христианские храмы, проливая в них кровь.

Преисполненный отчаяния, император снялся с лагеря уже 6 августа и двинулся в путь с остатками своего войска, в котором люди походили на тени. В Витербо он оставил Пасхалия III и римских заложников и затем направился в Пизу; но на дороге у него еще умерло более 2000 людей. Остальные, возвращаясь в Германию, несли смерть с собой на родину или умирали так ж е на пути через Италию, как, например, Acebus Morena и юный герцог Вельф, последний член фамилии Эсте, наследовавший патримонии графини Матильды – Сполето, Тоскану и Сардинию. Такой ужасный конец имела война Фридриха с Римом, у стен которого со времени готов целые народы Германии находили свои безвестные могилы. И, проходя вдоль высоких стен Аврелиана, немец не может не чувствовать душевной боли, когда перед ним встают воспоминания о тяжких испытаниях, пережитых великим городом, и о той крови его предков, которой здесь пропитана каждая горсть земли.

Нельзя не удивляться непоколебимой твердости духа, с которой Фридрих I безостановочно продолжал борьбу с городами, несмотря на несчастье, постигшее его на территории Рима; но ослепление, которое в этом случае проявил император, может вызывать только сожаление. В недолгом времени этому герою предстояло глубоко позавидовать счастью Александра Великого, который не знал Италии и направил свои силы на завоевание далекой Азии. Уже весной 1108 г. Фридрих принужден был бежать из Ломбардии. И между тем, как он истощал силы своего государства в борьбе с более могущественным, чем он, духом времени, папа подчинился требованиям этого времени. Исключительный ход событий привел к тому, что независимость республик была поставлена под охрану церкви и, наоборот, независимость церкви под защиту республик. Если бы содействие установлению гражданской независимости было свободным актом со стороны церкви, это составило бы ее великую славу. Но папы, поддерживая гражданскую независимость в Ломбардии, где ее противником был император, в то же время боролись с ней в Риме, где граждане, отстаивая свою независимость от папской власти, искали опоры у императора. Как бы то ни было, победа, одержанная демократией, спасла папство от схизмы и от императорской диктатуры.