Этот знаменитый дом искупил свою приверженность к гибеллинам во времена Фридриха II, когда кардинал Иоанн и его племянник Оддо шли против церкви, тем пренебрежением, в котором он находился во время реставрации папского владычества, и только в конце XIII века он выступил вперед, как самый могущественный римский род, чтобы затем в течение столетий занимать первое место в городе. Николай III снова стал покровительствовать Колонна, чтобы ослабить род Анибальди; он возвел Иакова, сына Оддо, в кардинальское звание. Николай IV придал новый блеск их дому. Как епископ Палестрины, он вошел с ними в близкие сношения; может быть, он был обязан их влиянию и папской тиарой, и, сделавшись папой, он из признательности осыпал их почестями. Брата кардинала Иакова, Иоанна Колонна, он сделал ректором Марки Анконы; сына Иоанна Петра он возвел в кардиналы С.-Евстахио, а Стефана сделал графом Романьи. Этот римский проконсул с этого времени сделался одним из величайших людей своего рода; впоследствии он был покровителем и другом Петрарки и прославился трагической судьбой своего дома при трибуне Кола ди Риенцо. Стефан в это время только что вступил в возраст мужества и отличался пылким и буйным нравом. В качестве графа Романьи он притеснял дворянство и города этой провинции своим враждебным вмешательством в статуты общин. Следствием этого было то, что сыновья Гвидо ди Полента в ноябре 1290 г. напали на него в Равенне и захватили в плен вместе со всем его двором. Римини, Равенна и другие города взбунтовались, так что папа должен был послать в Романью в качестве ректора епископа Ареццо Ильдебранда де Ромена, чтобы утишить восстание и освободить Стефана из тюрьмы.

В возмущении принимал участие также один из Орсини, Урселло ди Кампо де Фиоре, сын Матеуса, бывший в то время подестой в Римини. Орсини с завистью смотрели на возвышение рода Колонна, которые вытеснили их в то же время и из сенаторства. Именно после того как Пандульф Савелли сложил свое сенаторское звание, что, вероятно, произошло вскоре после вступления в управление нового папы, Николай IV, еще сохранявший благосклонность к Орсини, назначил сенаторами сначала Урсуса, а потом Бертольда Орсини, бывшего первым графом Романьи. Но уже в 1290 г. Колонна удалось свергнуть своих соперников. Иоанн, отец кардинала Петра, графа Стефана и четырех других влиятельных сыновей, сделался сенатором после удаления Николая Конти и Луки Савелли. Могущественный член рода Колонна, настоящий владетельный князь Кампаньи, очень дружный с Карлом II Неаполитанским, появился в Риме с необыкновенным блеском. Народ даже повез его с триумфом на колеснице в Капитолий и провозгласил Кесарем, чтобы под его предводительством идти в поход против Витербо и других городов. Неслыханная встреча, в которой сказывались воспоминания древности, указывала на то, какие мечтательные чувства или стремления снова возродились тогда у римлян.

Николай IV, живший большей частью в Сабине, в Умбрии или в Витербо, не имел в действительности никакой власти над Римом; он должен был спокойно допустить, чтобы римляне вели в июне и августе ожесточенную войну с Витербо, отказавшимся от вассальной службы городу Риму. Папа явился посредником при заключении мира. Иоанн Колонна, все еще бывший единственным сенатором и властелином в Риме, заключил его от имени римского народа 3 мая 1291 г. в Капитолии, где уполномоченные от граждан Витербо в присутствии синдиков от Перуджии, Нарни, Риети, Ананьи, Орвието и Сполето возобновили вассальную присягу городу Риму и обязались уплатить большое вознаграждение за убытки, потому что во время этой войны они взяли в плен или убили многих знатных римлян. Этот торжественный государственный акт, за которым 5 мая последовало принятие сенатором в союз Витербо, указывает на то, что республика в Капитолии под управлением могущественного Иоанна Колонна была такой же вполне суверенной властью, какой она была во время Бранкалеоне. Однако господство рода Колонна вызывало в среде аристократии сильное противодействие. Папу упрекали за то, что он совершенно отдался во власть одного рода; его осмеивали в сатирах: изображали сидящим в колонне, бывшей гербом этого рода, из которой выставлялась только его голова в митре, тогда как две другие колонны – оба кардинала Колонна – стояли по бокам. Орсини добились наконец того, что место сенатора было занято человеком их партии; сначала, в 1291 г., сенатором был снова Пандульф Савелли, но затем сенаторская власть была разделена между Стефаном Колонна, бывшим графом Романьи, и Матеусом Райнальди Орсини.

Николай IV умер 4 апреля 1292 г. во дворце, выстроенном им для себя у С.-Мария Маджиоре. Незадолго до него, 15 июля 1291 г., сошел в могилу Рудольф Габсбургский, и в то же время, 18 мая, потеря Акки, последнего христианского владения в Сирии, заключила собой великую мировую драму крестовых походов. Эти двухсотлетние военные передвижения Европы, подобно восточным войнам Древнего Рима, действовали как сильный рычаг в механизме папства для достижения мирового владычества. Окончание великой борьбы церкви с империей и прекращение крестовых походов сузили с этого времени горизонт папства. Из его колоссального здания вываливался один камень за другим; мир уходил от него, и скипетр Иннокентия III начал выпадать из ослабевших рук пап.

Кардиналы-избиратели, которых было всего двенадцать, из них два француза, четыре итальянца и шесть римлян, разделились на партии сторонников Орсини и Колонна, предводительствуемые одна кардиналом Матеусом Рубеусом, другая кардиналом Иаковом. Декан Латинус Остийский напрасно собирал их одну за другой в С.-Мария Маджиоре, на Авентине и в С.-Мариа-сопра-Минерва. Избрание папы не могло состояться. Когда началась летняя жара, неримские кардиналы удалились в Риети, римские остались; больной кардинал Бенедикт Гаэтани отправился в Ананьи, свой родной город. В сентябре они опять собрались в Риме, но выборный спор продолжался и в 1293 г., пока наконец, после вторичного разъезда из страха перед возможностью раскола, решили собраться 18 октября в Перуджии.

Партийной борьбе кардиналов соответствовала дикая анархия в Риме, где шла борьба за избрание сенатора, причем разрушались дворцы, убивали паломников и грабили церкви. Непотизм некоторых пап вызвал здесь к жизни партии Колонна и Орсини, в которые начали превращаться гвельфская и гибеллинская партии. Их борьба из-за власти в городе сделалась с этих пор характерной чертой истории Рима. На Пасху 1293 г. были выбраны сенаторами Агапит Колонна и Урсус Орсини, скорая смерть которого послужила причиной новых раздоров. Капитолий оставался шесть месяцев без сенатора, а Латеран без папы; смута стала невыносимой, пока лучшим гражданам удалось в октябре установить порядок. Сенаторами назначили двух нейтральных – старика Петра из трастеверинского рода Стефанески, который был ректором Романьи, а раньше был и сенатором, и молодого римлянина Оддо из рода С.-Евстахио. В это же время кардиналы собрались в Перуджии, однако зима прошла, и даже посещение Карла II, которого встретил там его молодой сын Карл Мартелл, президент на венгерскую корону, носивший титул короля, не произвело никакого действия. Жестокие партийные раздоры не позволяли кардиналам соединить свои голоса на человеке из своей среды, следствием чего было то, что они наконец сделали выбор, несчастнее которого ничего не могло быть. Случайное упоминание о видениях одного благочестивого отшельника навело на мысль кардинала Латинуса, лично знавшего и почитавшего этого святого, предложить его в папы. Это предложение могло бы показаться шуткой, однако с ним серьезно согласились и беспомощные кардиналы, хватавшиеся за соломинку, и 5 июля единогласно избрали папой этого пустынника. Декрет об избрании был изготовлен, и три епископа повезли его к святому в его пустыню.