Иннокентий надеялся, что Рим будет теперь спокоен, но недовольство папским господством, борьба за власть и распри в среде дворянства держали город в постоянном возбуждении. В XIII веке некоторые дома из родовой знати выдвинулись вперед и стали новой силой, тогда как господствовавшие до тех пор фамилии Пьерлеоне и Франджипани отошли на второй план. Сами папы были основателя родственных им домов, которые стремились к городской тирании. К таковым не принадлежал древний род Колот а, а также дом Анибальди, но Конти, Савелли и Орсини были обязаны папам своим значением.

Целестин III наделил своих племянников из рода Бобо церковным имуществом и был настоящим основателем благополучия этой ветви, принадлежавшей к роду Орсини. Прославившийся род Orso знаменит в средневековой римской истории многими папами и целым рядом кардиналов, государственных деятелей и военачальников. Из всех римских фамилий только Орсини стояли на одной высоте с гибеллинскими Колонна и считались им равными. Происхождение их темно. Лишенные критики семейные истории, находящиеся в римских архивах, выводят их из Сполето, но рассказывают лишь басни. Иные ищут их колыбель даже на Рейне; однако имя Ursus или Ursinus есть древнеримское, и во всяком случае нет никаких доказательств того, чтобы пришедшие при Оттонах саксы основали этот могущественный римский дом. Какой-то счастливый человек, вероятно, воин, обладавший грубой силой называвшийся Ursus, т. е. медведь, был родоначальником рода, превосходящего царские династии своей численностью и долговечностью. Время и личность этого родоначальника покрыты мраком; достоверно лишь то, что имя Ursus упоминается уже в эпоху Оттонов.

В начале XIII века «сыны Урсуса» были уже многочисленны и могущественны и жили в римских дворцах, башни которых были построены на античных монументах в квартале Парионе. Они находились в наследственной вражде с поколением Романа де Скотта и Иоанна Окдолины, родственников Конти. Они выгнали эти роды из их жилищ в то время, когда Иннокентий осенью 1202 г. был в Веллетри. Возвратившийся папа приказал им помириться, и сенатор Пандульф изгнал враждующие партии одну к Св. Петру, другую к Св. Павлу. Но скоро город был взволнован убийством из родовой мести. Теобальд, один из Орсини, был убит на дороге к Св. Павлу, вследствие чего весь род Ursus'ов ворвался в город, с криками мести носил по улицам труп убитого и разрушил дома врагов. Жестокая ненависть к родственникам папы была перенесена и на него самого. Его небезосновательно обвиняли в непотизме, потому что Иннокентий старался учредить для своего честолюбивого брата Рихарда герцогское земельное владение в Лациуме, что ему и удалось вполне.

Рихард, живший постоянно в Риме, где он выстроил на средства папы гигантскую башню Конти, освободил задолжавшего графа Одо из дома Поли от его кредиторов, но по договору с ним получил его имущество, бывшее в старину церковными ленами. Одо обещал женить своего сына на дочери Рихарда, но потом отказался и потребовал обратно свои имения. А так как на это он не имел никаких основательных прав, то он стал восстанавливать народ против Конти. Члены семейства Поли, дворяне, чей род пришел в упадок вследствие неразумного хозяйствования в течение долгих лет, бродили по городу прося защиты, полураздетые и с крестами на плечах. В праздник Пасхи они с криком ворвались даже в храм Св. Петра. Они нарушили папскую процессию и наконец преподнесли в Капитолии римскому народу их заложенные у Рихарда имения. Прекрасные владения дома Поли заключали в себе девять замков на границе Сабины и Лациума. Римляне тотчас же решили прибрать их к рукам; папа поспешил изложить перед сенатом свои права на эти церковные лены; он отдал спорное имущество своему брату в качестве залога, а скоро затем лен Поли и совсем перешел к Конти. Преданный папе сенатор Пандульф противодействовал домогательствам Поли вследствие их незаконности, поэтому народная ненависть обратилась и на него. Капитолий подвергся штурму; башня Пандульфа на Квиринале была подожжена.

Лишь с трудом спасся живший в ней сенатор, а также и брат папы, замок которого был народом взят приступом и объявлен городской собственностью. Сам Иннокентий в начале мая 1203 г. убежал в Палестрину. В те самые дни, когда латинские крестоносцы завоевали Византию, великий папа оказался угнетенным мелкими распрями римских баронов; ему угрожало неистовство народа, и он принужден был бежать. Противоречие между сознанием его папского могущества и его действительным стесненным положением в Риме глубоко печалило его. Осенью, когда поражающее известие о падение Константинополя уже дошло до него, он заболел в Ананьи так тяжело, что ожидали его смерти. Между тем приближался ноябрь, когда должны были произойти новые сенатские выборы. Недовольный народ хотел чтобы выбраны были 56 сенаторов, и папа, с которым сносились через послов, приказал заменявшим его кардиналам назначить 12 избирателей, на что он имел право. Народ запер их, как во время конклава, в башню, принадлежавшую одному из его вождей, Иоанну де Стацио, который построил себе дом на развалинах цирка Фламиния. С них взяли клятву, что они выберут по крайней мере двоих, принадлежащих к партии противников папы. Между тем уходящий сенатор Пандульф передал Капитолий приверженцам папы, а вновь избранный сенат распался по поводу дела Рихарда на две враждебные половины. Народная партия признавала имения Поли городской собственностью, другая отрицала это. Дикая война раздирала Рим, пока вконец измученный аристократами народ стал усиленно просить папу возвратиться Он сначала отказывался, но затем в марте 1204 г. приехал в Рим, мужественно решившись твердо противостоять беспорядкам и устроить по своей воле сенат, новое избрание которого предстояло по истечении шести месяцев. Иннокентий, принятый в Риме со всеми почестями, тотчас успокоил это восстание благоразумными мерами. Он назначил выборщиком человека, уважаемого всеми партиями, Иоанна Пьерлеоне, прежнего своего противника, в это время, может быть, уже бывшего его другом. Пьерлеоне выбрал в сенаторы Григория Петри Леонис Райнерия, своего близкого родственника, человека благородного происхождения, отличавшегося не силой, а справедливостью. Но противоборствующая демократическая партия не хотела и слышать о мире и вообще о предоставлении папе права выбора, она собралась в цирке Фламиния, объявила договор 1198 г. отмененным и выбрала свои сенат, назвав его «добрые люди общины».

Таким образом, Рим распался на две враждебные партии, папскую и демократическую. Пандульф де Субура, Рихард Конти, Петрус Анибальди из рода Алессиус и Джилидо Карбонис предводительствовали первой; Иоанн Капоччи, Барончелло, Иаков Фраяпане, Григорий и скоро опять перешедший на сторону народа Иоанн Райнерий были вождями второй. Эта ожесточенная городская война была политической борьбой, имевшей в основании своем очень серьезный принцип. Сторонники старинного общинного устройства противились передаче папе сенатских выборов, опасаясь, что за этим правом последуют мало-помалу и другие. Сверх того в спор введен был и процесс Поли, так как возрастающая сила родственного папе дома Конти давала справедливый повод к неудовольствию. Во главе народа стал опять самый сильный враг папы Иоанн Капоччи, тогда как экс-сенатор Пандульф командовал папскими сторонниками, а Рихард давал денежные средства. Сражались на всем пространстве от Колизея до Латерана и до Квиринала, в окрестностях которых находились башни, принадлежащие трем военачальникам: Рихарду, Пандульфу и Капоччи.