Натянутые отношения между папой и императором еще усилились вследствие споров о епископских инвеститурах в Сицилии, которые церковь присваивала себе, а Фридрих это оспаривал. Он не считал себя господином в своей наследственной земле, пока не достиг ее полной независимости от папы. Курия с возрастающей подозрительностью смотрела на мудрые реформы императора, превращавшие это королевство в самостоятельную монархию, ибо в нем Фридрих создавал основание своего могущества и отсюда он, по-видимому, намерен был стремиться к достижению своей цели: путем уничтожения итальянских союзов, городской свободы и церковного государства создать монархическую Италию. Этого уже тогда опасались при папском дворе.

Сюда явился с жалобой также Иоанн де Бриенн. Так как, едва вступив в брак с Иолантой, наследницей Иерусалима по матери своей Марии, император принял титул короля Иерусалимского, то обманувшийся во всех своих надеждах тесть его принес на это жалобу папскому престолу. Гонорий воспользовался талантами рыцарственного экс-короля, брата того Вальтера, помощью которого когда-то пользовался Иннокентий III; он передал ему светскую власть наместника в большей части церковной области. Жалкий результат страстных стараний папы устроить крестовый поход выразился таким образом, лишь в том, что наследник Готфрида Бульонского поступил на службу церкви, чтобы проводить свою жизнь в должности управителя наследия св. Петра. Гонорий III умер 18 марта 1227 г. в Латеране.

Одному из миролюбивейших пап наследовал человек сильного характера и железной воли. Гуголин, кардинал-епископ остийский, избранный уже 19 марта 1227 г. в церкви Св. Григория у Септизониума и провозглашенный папой под именем Григория IX, принадлежал к роду Конти из Ананьи и был родственником Иннокентия III. Он пережил правление многих пап и в молодости был участником великих событий, происходивших при Александре III. Бить может, его младший родственник, Иннокентий, назначил его епископом Остии, портового города, приходившего в упадок, который он укрепил, обнеся его новыми стенами. В течение долгих лет он заведовал церковными делами в Италии и в Германии, где в качестве делегата вел трудные переговоры во время спора за имперскую корону. Мы видели, что он был первым покровителем ордена миноритов. В его душе горело пламя того же огня, как у Франциска и Доминика; оно закаляло природную твердость его характера и делало его непреклонным и вызывающим, вплоть до проявления самого крайнего упорства, когда ему противоречили. Это был красноречивый человек, известный чистотой своей жизни, хороший знаток церковного и гражданского права, исполненный глубокой и горячей веры и по внешнему виду представлявший собой образ древнего патриарха. Твердость его неослабевшей памяти делала не столь заметной его старость.

Когда Гуголин, с неудовольствием смотревший на уступчивую слабость Гонория, занял Святой престол, то все были уверены, что он не будет подражать терпению своего предшественника, и именно за это кардиналы его и выбрали. 21 марта он был посвящен в соборе Св. Петра. Римский народ с приветственными возгласами провожал его в Латеран, и в торжественный процессии замечено было участие сенатора и городского префекта. На третий день после своего посвящения Григория IX уведомил о нем Фридриха, с которым он давно уже состоял в дружественном знакомстве, и вместе с тем потребовал от него выступления в крестовый поход, крайний срок которого в августе был уже недалек. Григорий был именно то лицо, от которого император получил крест во время своего коронования. В ответ на это Фридрих уведомил, что он уже готов к выступлению, и многие крестоносцы, преимущественно немцы, уже собрались в Бриндизи, где ожидали в это неспокойное время года распоряжения садиться на корабли. В этих толпах народа появилась эпидемия вроде чумы, которая унесла тысячи людей. Наконец император прибыл из Мессины, и, конечно, ни один крестоносец не всходил так неохотно на борт корабля, как внук того Барбароссы, который умер в Святой Земле. Когда он 8 сентября действительно отплыл из Бриндизи, во всех церквях раздался Те Deum, и молитвы папы сопровождали его на море. Однако через несколько дней прошел странный слух, что император возвратился, снова высадился на сушу и отложил крестовый поход. Это оказалось правдой. Фридрих, в самом деле или притворно заболевший на море, приказал своей галере вернуться и снова высадился в Отранто, где вскоре после того умер от лихорадки ландграф Тюрингенский, муж святой Елисаветы. Когда папа получил письма, подтверждавшие и извинявшие неожиданное происшествие, то его обуял неистовый гнев. Он не хотел слышать никаких объяснений и обещаний. 29 сентября он взошел в полном облачении на кафедру собора в Ананьи и объявил на основании С.-Джерманского договора об отлучении императора, а выстроенные в ряды по сторонам главного алтаря священники бросали на землю бывшие в их руках зажженные свечи. После бессильных угроз Гонория грянул действительно удар грома.

В стремительной смелости Григория IX иные видят величие, другие только необдуманный порыв страсти, извиняемый потерей терпения, но неблагоразумный. Этот старик, один из тех характеров, которые не терпят ничего половинчатого, он вызвал на бой человека, в котором видел лишь коварного и лукавого врага церкви, пользовавшегося слабостью Гонория. Он разорвал неясные и потому невыносимые отношения и предпочел явную войну непрочному миру. Маски спали. Оба главы христианства поведали миру в своих манифестах, что согласие между старинными непримиримыми врагами невозможно. Было ли действительным преступлением Фридриха в глазах церкви повторное откладывание крестового похода? Конечно нет; оно заключалось в его могуществе, которое становилось слишком страшным, в соединении Сицилии с империей, в его господстве над гибеллинскими городами Северной и Средней Италии, угрожавшем ломбардскому союзу. Ни один император не положил столь многочисленных и твердых оснований для практического владычества в Италии, как Фридрих II, неограниченный король Сицилии. Искоренить могущество Гогенштауфенов стало с этого времени политикой папского государственного искусства, проводимой с удивительным постоянством.

В своем послании ко всем епископам Григорий изобразил самыми черными краями неблагодарность Фридриха и беспощадно заклеймил его перед светом; такое стремительное нападение глубоко возмутило императора и побудило его к столь же беспощадному ответу. Прежде всего он представил очень хорошие оправдания своего возврата из крестового похода, затем он издал манифест к королям. В этом знаменитом акте впервые был изложен протест светской власти против иннокентиевского папства. Император возвысился в нем до ясного сознания того, что он, как представитель светской власти, должен защищать эту самую власть против угрожающего абсолютизма Рима. Он показывал правителям и народам на примере несчастного графа Тулузского и английского короля, что их ожидает, и рисовал беспощадную картину обмирщения курии и властолюбия пап. Представитель высшей государственной власти выставлял пороки церкви на обсуждение всего света, и христианский император как будто подтверждал мнения еретиков о противоапостольском образе действий церкви. Роффред Беневентский, прославленный юрист, доставил императорский манифест в Рим, где он при сочувственных криках был публично прочитан в Капитолии. Тотчас образовалась императорская партия, так как для римлян борьба между церковью и империей являлась очень желательной с точки зрения их собственного положения. Григорий IX начал в городе со строгостей: он велел сломать возле Латерана некоторые башни, принадлежавшие римской знати. Городская община была раздражена также войной с Витербо, который он взял под свою защиту. К политическим партиям присоединились еретики, которые, несмотря на костры, повсюду, даже в самом Риме, все смелее поднимали головы. Один пример может показать, в каком анархическом состоянии продолжало находиться управление этим городом. Когда летом папа был задержан в Лациуме, дворяне, горожане и даже монахи и духовенство осмелились посадить в Ватикане в качестве папского заместителя обманщика, который должен был за деньги освободить проходивших через Рим в Бриндизи крестоносцев от их обетов. Эта дерзкая игра продолжалась в течение шести недель в портике собора Св. Петра, пока ей не был положен конец сенатором.