Освобождение церкви от долгого протектората Карла имело последствием скорое возведение на папский престол римлянина, так как уже 2 апреля 1285 г. высокоуважаемый старик Иаков Савелли, кардинал церкви Св. Марии в Космедине, был выбран в Перуджии папой. Он тотчас отправился в Рим, где 15 мая был посвящен под именем Гонория IV Он назвался так в честь Гонория III, первого папы из его уже могущественного дома. Сам он был сыном сенатора Луки Савелли и Иоанны Альдобрандеска из рода графов Санта-Фиора. Из его братьев, когда-то сражавшихся под знаменами Карла при Тальякоццо, Иоанн уже умер, а Пандульф был еще вместе с Анибальдом римским сенатором. Как только Гонорий IV был избран папой, так римляне передали ему в пожизненный срок и сенаторскую власть, после чего он утвердил Пандульфа в сенаторском звании.

Странно было видеть, как эти два брата, оба разбитые параличом и неспособные двигаться, управляли Римом – один как папа в своем дворце у Св. Сабины на Авентине, а другой в качестве сенатора в Капитолии. У Гонория руки и ноги были так парализованы, что он не мог ни стоять без опоры, ни ходить. Когда он священнодействовал в алтаре, то лишь посредством механического приспособления мог подымать Святые дары. А подагрика Пандульфа должны были носить на стуле. Однако эти достойные люди обладали здоровым духом, полным благоразумия и энергии. Пандульф, ковыляя на костылях в Капитолии, правил так строго, что Рим наслаждался полным спокойствием: улицы были безопасны, потому что разбойники были перевешаны, а буйная знать не осмеливалась производить беспорядки Сенатор Савелли управлял Римом в качестве заместителя своего брата в течение всего понтификата последнего.

Короткое правление Гонория IV было наполнено заботами о мире в церковном государстве и сицилийскими делами. Он снял с Витербо интердикт, которым Mapтин IV покарал насилия, совершенные во время выборов, но город должен был срыть свои стены. Он потерял свои судебные права, и его ректорство перешло к папе; он принужден был сдать Орсини целый ряд укреплений. С этого времени могущество этого ранее цветущего города пришло в упадок. Гонорию удалось восстановить спокойствие и в Романьи, после того как великий воин де Монтефельтре положил оружие и удалился в изгнание. В 1286 г. папа назначил туда графом своего двоюродного брата проконсула Петра Стефанески. Больше забот причинил ему Неаполь: это королевство во время плена Карла II управлялось Робером д’Артуа и папским легатом Гергардом. Сицилия, казалось, была потеряна; после смерти короля Петра 11 ноября 1285 г. верховная власть над ней перешла к его второму сыну Дон-Джакомо, который в присутствии своей матери был коронован в Палермо, не обращая внимания на папские буллы об отлучении. Великий адмирал Рожер де Лориа был всюду победителем на море; сицилийский флот под начальством Бернардо да Сарриано произвел даже 4 сентября 1286 г. высадку на римский берег, где сицилийцы в отмщение за Конрадина сожгли Астуру и убили сына изменника Франджипане.

С Рудольфом Габсбургским Гонорий состоял в дружественных отношениях. Венчание императорской короной, которого римский король неоднократно домогался, было назначено на 2 февраля 1287 г. Но корона Карла Великого никогда не была возложена на голову первого Габсбурга. Уже 3 апреля 1287 г. Гонорий IV умер в своем дворце на Авентине; на этом холме он построил свою резиденцию и только летнее время проводил в Тиволи, вероятно, для пользования сернистыми купаньями Aquae Albulae. Он оставил свой род богатым и уважаемым. Из его завещания, которое он сделал, будучи кардиналом, и подтвердил, став папой, видно, что Савелли уже тогда были могущественными господами в Латинских горах и даже в области Чивита-Кастеллан. В Риме они владели дворцом и замком на Авентине, дворцом и башнями в квартале Парионе, где еще теперь о них напоминает Vicolo de Savelli, а позднее они построили на развалинах Марцеллова театра тот большой дворец, который называется теперь именем Орсини.

Кардиналы собрались на конклав в доме умершего папы, но не могли прийти к определенному решению о выборе нового, и Святой престол почти год оставался незанятым. Наступило жаркое время года: шесть кардиналов умерли от лихорадки, остальные искали спасения в бегстве. Только кардинал-епископ Пренесте с презрением к смерти перенес одиночество и лихорадочный воздух в пустынных покоях Санта-Сабины, за что и был награжден тиарой. Когда кардиналы возвратились зимой на Авентин, они выбрали его папой, впрочем, лишь 22 февраля 1288 г. Иероним из Асколи, незнатного происхождения, монах ордена миноритов, затем их генерал, отличился еще при Григории X в звании легата на Востоке и был возведен Николаем III в византийские патриархи, а потом в епископы Пренесте. Он взошел на папский престол под именем Николая IV. Это был первый францисканец, сделавшийся папой, благочестивый монах, без корыстолюбия, заботившийся о мире всего мира, о крестовом походе и об истреблении ересей.

Римляне предоставили ему пожизненную сенаторскую власть. Назначение пап правителями вошло в обычай и в других городах. Они старались получить звание подесты городского управления и потом назначали своих заместителей. Их отношение к общинам Церковной области ничем не отличалось от отношения верховного сюзерена к вассалам, заключившим с ним договор. Города признавали папское верховенство, поставляли воинский контингент, платили земельные налоги, в известных случаях подчинялись судебной власти провинциального легата, но они сохраняли свои статуты, свое управление и государственную автономию. Каждый из них оставался республикой с особыми обычными правами и привилегиями. Этот сильный муниципальный дух мешал папам, но они должны были его беречь, чтобы ограничивать родовую аристократию и не давать ей сделаться настоящими властителями страны, и папы с большим благоразумием пользовались разнородностью и соперничеством общин, чтобы ослаблять их раздорами. Они отнимали у одних общин право избрания подест и давали его другим за ежегодную подать. Они запрещали политические союзы городов, но часто пользовались силой одних для подавления других. Они действовали то в монархическом, то в демократическом направлении; их управление было слабым и мягким, часто патриархальным и постоянно колеблющимся, а неспособность вести общее право и неблагоразумная враждебность легатов к общинным порядкам, при отсутствии материальной силы, наконец, быстрая смена на папском троне лиц, не оставлявших наследников, – все это создало то странное положение, в котором постоянно находилась Церковная область, так как связь частей ее была чисто механической и неоднократно распадалась.

В Риме было спокойно в первый год правления Николая IV, пока партийные раздоры не заставили его весной 1289 г. уехать в Риети, где он уже раньше проводил лето. Здесь он короновал Карла II в короли Сицилии. Слабый сын Карла Анжуйского стараниями Эдуарда Английского и папы был в ноябре 1288 г. освобожден из испанского плена и прибыл в Риети, где 29 мая было совершено его коронование. В выданном им документе он признал себя, как и его отец, вассалом церкви по ее милости, клялся соблюдать статьи установленного договора и обязался не принимать на себя ни в Риме, ни в Церковной области звания сенатора или подесты. Арагонская партия могла смотреть с неудовольствием на коронование Карла II, но волнения в Риме имели свою причину скорее во взаимном соперничестве знатных родов. Гвельфский дом Савелли и родственные ему Орсини были за последние 50 лет самыми влиятельными членами римской аристократии и вытеснили когда-то господствовавших Анибальди. Новый папа сначала дружественно относился к Орсини, так как Николай III сделал его кардиналом, в благодарность за что он и принял его имя; но он скоро перешел на сторону гибеллинов и в особенности на сторону фамилии Колонна.