Как только германский епископ вступил снова на Святой престол, дух реформы охватил церковь. Великий переворот, который в эту эпоху был совершен Григорием VII, исходил от германских пап. Путь к реформе церкви проложил со всей ревностью все тот же Генрих III, которым были возведены на апостольский престол один за другим четыре германских папы. Прежде всего предстояло искоренить в Германии и Италии постыдную покупку и продажу духовных должностей.

Поддерживаемый императором, Климент II уже в январе 1047 г. созвал первый собор, направленный против симонии; затем, в конце того же месяца, папа отправился сопровождать Генриха в Южную Италию. На пути через Лациум император смирил нескольких капитанов, но не подчинил своей власти графов Тускуланских. Мы не последуем за Генрихом в его походах в Монте-Касино, Беневент и Капую, где для восстановления имперской власти достаточно было одного лишь появления этого великого монарха. В Германию Генрих вернулся через Римини и Равенну еще ранней весной, захватив с собой в качестве государственного заложника Григория VI; низложенного папу, осужденного на изгнание в Кельн, сопровождал Гильдебранд. Изгнание Григория VI имело свои основания, так как пребывание его в Риме могло послужить причиной новых беспорядков. Климент вернулся в Рим; еще не изгладившееся впечатление могущества императора обеспечивало папе спокойное положение здесь только на короткое время; правда, римляне покорились имперской власти, но они по-прежнему относились к ней как к ненавистному игу, и даже самому могущественному властителю никогда не удавалось поработить этот город, не живя в нем и оставляя его без гарнизона. Тем временем Бенедикт IX, оставаясь в Тускуле, следил за переворотом в Риме, где у него были свои агенты, и выжидал случая, когда явится возможность снова овладеть папским престолом. 9 октября 1047 г. германский папа внезапно умер в монастыре св. Фомы близ Пезаро. Немедленно вслед затем Бенедикт IV проник в Рим и, нимало не смущаясь, в ноябре снова занял апостольский престол.

Возвращению в Рим Бенедикта IX тайно содействовал Бонифаций Тосканский. Самый могущественный из всех итальянских государей того времени, Бонифаций происходил из лангобардского рода, был внуком Аццо, владельца замка Каноссы, и имел в своих руках настолько обширную область, что это делало из него врага германских интересов. Отец Бонифация, маркграф Тедальд, во время борьбы с национальным королем Ардуином был до конца верным вассалом Генриха II и благодаря расположению последнего получил в свое владение Мантую, Феррару, Брешию, Реджио и Модену. Своему сыну Тедальд имел возможность оставить богатое наследство, и в первое время Бонифаций был таким же горячим сторонником Германии, как и его отец. Поставленный императором Конрадом на место непокорного тосканского маркграфа Райнера, Бонифаций с той поры владел так же и этой мархией. Потеряв жену Рихильду, от которой у него не было детей, Бонифаций женился на Беатрисе, дочери Фридриха, герцога Верхней Лотарингии, и отпраздновал свою свадьбу в Италии более пышно, чем какой-нибудь король.

У Беатрисы родились Фридрих и Беатриче, а в 1046 г. Матильда, позднее ставшая наследницей Бонифация и прославившаяся как графиня Тосканская.

Могущество маркграфа Бонифация внушало Генриху недоверие; оно грозило большей опасностью, чем могущество миланцев, которые со смертью Гериберта покорились и согласились принять к себе королевского архиепископа Гвидо. Возвращаясь в Германию, император пытался было захватить маркграфа, но тот спасся бегством. Бонифаций ненавидел германское королевство, стремился достигнуть прочного влияния в Риме, желал стать патрицием и негодовал, когда и эта власть досталась так же Генриху. Будучи в Риме при Генрихе, Бонифаций, однако, оказывал императору все подобающие ему почести, рассчитывая поэтому найти поддержку своему кандидату на папский престол в лице Бонифация, Генрих, по-видимому, действительно назначил тогда Бонифация своим наместником в римских делах. Раньше полномочными представителями Каролингов в Риме были герцоги Сполетские; эту власть после своего коронования Генрих должен был передать маркграфу Бонифацию.

Желая таким образом подорвать германское влияние, Бонифаций содействовал перевороту в Риме и не помешал Бенедикту IX в третий раз занять папский престол. Но уполномоченные той партии в Риме, которая держала сторону германцев, уже были поспешно отправлены к императору, чтобы испросить его согласие на избрание нового папы. Они предложили Генриху назначить папой лионского архиепископа Галинарда, который пользовался любовью в Риме и, что редко встречалось, владел итальянским языком. Генрих приказал, однако, избрать папой в Пёльтэ 25 декабря 1047 г. Поппона, епископа Бриксенского. Вновь назначенного папу Генрих отправил к Бонифацию с приказанием, чтобы он как наместник императора проводил папу в Рим. Бонифаций ответил отказом, и Поппон принужден был вернуться к императору; только решительная угроза Генриха смирила старого Бонифация. Его послы изгнали Бенедикта IX из Рима, и сам он проводил германского папу в Латеран. Новый папа вступил на Св. престол 17 июля 1048 г. под именем Дамаса II.

Покинутый маркграфом, Бенедикт IX удалился в свой замок Тускул, пробыв последний раз в сане папы 8 месяцев и 9 дней. Остается неизвестным, как окончил он свое существование. Судя по характеру того времени, возможно допустить, что он, как гласит предание, пресытившись жизнью, удалился в монастырь Grotta Ferrata и здесь из грешника превратился в святого. С удалением Бенедикта IX тирании графов Тускуланских был положен конец; тем не менее этому дому, который дал Риму пять пап: Иоанна XI, Иоанна XII, Бенедикта VIII, Иоанна XIX и Бенедикта IX, а, может быть, еще других пап, удалось благодаря своему могуществу сохранить влияние в Риме до двенадцатого века исключительно.

Новый германский папа покинул город, едва успев показаться римлянам. Бедный Дамас чувствовал себя более счастливым в сане епископа небольшого местечка в Тироле, чем в сане папы в Риме. Страдая от палящего зноя и, может быть, опасаясь за свою жизнь, Дамас бежал из Рима и поселился в Палестрине, древнем Пренесте. Будучи церковным леном, этот город еще оставался под властью потомков Бенедикта и Стефании senatrix; маркграфа Иоанна не было в живых, владела же леном его сестра Эмилия. Распри с римской курией были улажены, а владельцами Палестрины были Кресцентии, враги графов Тускуланских, таким образом в Палестрине Дамас мог чувствовать себя в безопасности. Тем не менее 9 августа 1048 г., всего лишь 23 дня спустя после посвящения Дамаса в папы, его постигла неожиданная смерть. Была ли причиной ее малярия, или же Дамас был отравлен по приказанию чудовищного Бенедикта IX, осталось неизвестным. Когда затем римские послы явились в Саксонию просить римского патриция о назначении третьего папы, они были встречены германцами с ужасом: фатальная тиара уже никого не привлекала к себе. Из этого трудного положения после долгих переговоров Генриху удалось наконец выйти при помощи епископа Тульского. Движимый не столько честолюбием, сколько благочестивой ревностью посвятить свою жизнь реформе церкви, этот выдающийся человек согласился принять предложенный ему сан; не желая, однако, быть в Риме в положении лица, которое само навязало себя, он объявил, что дает свое согласие только при том условии, если он будет избран в Риме духовенством и народом.

Бруно, сын эгисхеймского графа Гуго в Эльзасе, близкий родственник императора Конрада, живя в своем епископстве, прославился как человек высоких христианских добродетелей и редкого образования. Вступив на Святой престол, этот четвертый германский папа стал его красой и положил начало новому периоду в существовании Рима. Благодаря реформам, которыми было достигнуто полное преобразование и церкви, и ее отношений к светской власти, и которые совпали с великими политическими и социальными переворотами в Италии, папство было наконец поднято на степень верховной духовной власти, имевшей всемирное значение.