По смерти Иоанна римляне нарушили присягу, данную ими по принуждению и, не признавая больше папой Льва VIII, низложенного 26 февраля, решили еще раз оказать сопротивление императору. После больших раздоров среди партий был избран в папы и провозглашен милицией кардинал-диакон Бенедикт. Это был достойный человек, приобретший в варварскую эпоху Рима редкий титул грамматика, которым он и обозначается. Как обвинитель Иоанна, он подписал приговор о низложении его, но вместе с тем он принимал также участие в февральском соборе, осудившем папу Льва. Римляне считали Бенедикта таким человеком, который найдет в себе мужество отстоять независимость церкви от императорской власти. В противность запрещению императора избранный папа был посвящен и под именем Бенедикта V занял апостольский престол.

Затем послы римского народа поспешили к Оттону в Риети сообщить об избрании нового папы и просить об утверждении его. Оттон ответил послам, что он вернет Риму его законного папу Льва и накажет город, если последний не будет повиноваться. Вслед затем Оттон двинулся в Рим. По пути войска императора грабили и опустошали римскую область; затем сам город был обложен. Стоя перед городом и требуя, чтоб он сдался и выдал Бенедикта, Оттон не мог не поступать как император, который требует повиновения от подвластного ему города. Со своей стороны, римляне могли видеть в нем только деспота, который явился, чтобы отнять у них последние остатки их независимости – принадлежавшее им исстари право избрания папы. Позора, связанного с личностью Иоанна XII, уже не существовало; преемником Иоанна был избран человек благочестивый, и наконец императору было представлено ходатайство об утверждении избрания. Но мог ли Оттон устранить Льва VIII, избранного на соборе и притом по личной воле императора? В свою очередь, могли ли и римляне отказаться от попытки отстоять перед новым императором свое древнее право избрания, не показав тем самым, что они вполне заслужили участь рабов? Избранный ими папа поднялся на городские стены и призывал их защитников к сопротивлению. Однако в городе стал свирепствовать голод, и после нескольких штурмов мужество осажденных окончательно пало. 23 июня они отворили ворота, выдали Бенедикта V и снова поклялись в верности у гроба св. Петра; они ждали жестокой кары, но император объявил им амнистию.

По вступлении Оттона в Рим Лев VIII, согласно велению императора, созвал собор в Латеране. Несчастный Бенедикт, избранный римлянами, был введен в зал заседаний в папском облачении, и архидиакон предложил ему отвечать на вопросы, каким образом он, Бенедикт, осмелился возложить на себя знаки святейшего сана, зная, что еще жив его государь и папа Лев, в избрании которого он сам участвовал после низложения Иоанна, и как он мог нарушить клятву, данную своему, здесь присутствующему, императору в том, что без его согласия папа никогда не будет избираться? «Если я погрешил, я прошу милосердия», – воскликнул Бенедиктт, простирая руки с мольбой. При виде такого смирения Оттон прослезился: теперь у его ног лежала римская церковь, некогда бывшая, при Николае I, таким страшным трибуналом для королей. И Оттон обратился к собору с просьбой о помиловании Бенедикта, обнимавшего колени императора. Лев VIII разрезал паллий у антипапы, взял из его рук жезл, сломал его, приказал папе сесть на пол, снял с него папское одеяние и затем исключил его из духовного звания. По желанию императора Бенедикту осужденному на вечное изгнание был, однако, возвращен сан диакона. Папский престол уже давно был в руках римских партий; даже женщины назначали пап, и в лице внука Марозии унижение этого сана достигло своих крайних пределов. Император оказал церкви неоспоримую услугу, отняв у грубых магнатов избрание папы. Царившая в Риме смута сделала Оттона диктатором, и он взял в свои руки избрание как право, принадлежащее императору, тем более что он привык в Германии назначать епископов своей волей. Еще никогда ни один император не одерживал такой победы. Личной энергией Оттона и некоторых его преемников, которым он послужил примером, папство было подчинено императорской власти, и мекая церковь вошла в вассальные отношения к Германии. Императорская власть была вознесена на огромную высоту, но затем папство, умаленное величием могущественных властителей, отомстило за себя: оно не только вернуло себе утраченную свободу, но и превзошло пределы императорской власти, проявив исполинскую энергию (таковы законы, которым следует в своих изменениях вещественный мир). Борьба церкви с германской империей была центральным событием в Средние века – великой исторической драмой, потрясавшей мир в эти века.

Достойная попытка римлян сохранить за собой избирательное право была принесена в жертву высшей необходимости; германское королевство должно было надолго подчинить себе Рим и церковь для того, чтобы последняя могла быть реорганизована. Покорившийся город признал императора своим повелителем, и папа Лев был снова водворен на апостольском престоле. Весьма вероятно, что на этот раз Оттон, уже не довольствуясь присягой римлян, издал декрет, которым римляне были окончательно лишены избирательных прав, и Лев VIII, креатура императора, изъявил полную готовность подчиниться этому декрету. Подобная грамота сохранилась в неточной редакции XI века; подлинность этой грамоты возбуждает, однако, сильные сомнения: явные подделки в интересах императорских прав делают истинное содержание грамоты неузнаваемым.

Проведя праздник Петра в Риме, Оттон покинул город 1 июля 964 г. и увел с собой Бенедикта V, которого впоследствии отправил в изгнание в Гамбург. Условия, в которых приходилось Льву VIII оставаться в городе, были по-прежнему тягостны, но весною 965 г. смерть освободила Льва из его затруднительного положения. Собраться для избрания Льву преемника римляне уже не решались и, предоставляя императору назначить папу, отправили к нему в Германию Аццо и сутрийского епископа Марина. Сами римляне желали видеть своим папой Бенедикта V, человека ими избранного, и надеялись, что император остановит свой выбор на нем. Но Бенедикт V умер 4 июля 965 г. в Гамбурге, где он, находясь под надзором епископа Адальдага, жил, как святой. Смерть Бенедикта избавила Оттона от неприятной необходимости отказать римлянам в их просьбе, и он отпустил их послов с почетом, отправив с ними епископа шпейерского Отгера и епископа кремонского Лиутпранда.

Выбор пал на епископа нарнийского, занявшего престол Петра 1 октября 965 г. Иоанн XIII, сын епископа Иоанна, также нарнийского, воспитывался в Латеране, прошел здесь по всем ступеням церковной иерархии и приобрел себе почтенную репутацию ученого человека. Явившись обвинителем Иоанна XII на ноябрьском соборе и подписав акт о низложении Льва VIII, Иоанн XIII мог затем опять содействовать возвышению Льва VIII, только будучи вынужден к том необходимостью. Иоанн XIII принадлежал к знатному роду и был ближайшим родственником senatricis Стефании, которой он впоследствии дал в ленное владение Палестрину. Сына, рожденного от брака этой Стефании с графом Бенедиктом, Иоанн XIII повенчал с Теодорандой, дочерью Кресцентия, прозванного а Caballo marmoreo, и после того сделал его правителем (rector) Сабины; имя этого сына было также Бенедикт. Род Кресцентиев вступил на свое блестящее поприще именно в это время, вслед за падением дома Альберика. Иоанн XII сам содействовал возвышению этого рода, желая найти в нем поддержку против знати, с которой у Иоанна немедленно установились враждебные отношения. Примкнув к императору, Иоанн надеялся освободиться от влияния магнатов; однако последствием такого образа действий Иоанна был заговор против него. Во главе заговорщиков стал префект города Петр, и это неожиданное упоминание о должности префекта показывает, что она была восстановлена императором. На стороне Петра, бывшего в то время, по-видимому, весьма могущественным человеком в Риме, были Роффред, граф Кампаньи, вестиарий Стефан, многие другие знатные лица и много людей из народа. Предводители милиции схватили папу 16 декабря, заключили его в замок Св. Ангела, а затем отправили в Кампанью, где он был, вероятно, помещен в замке Роффреда. Восстание имело демократический характер, так как главную роль играли в нем наряду с префектом города предводители низшего класса (Vulgus Populi). Дело шло опять об освобождении Рима от папского управления как от чужеземного ига. Утрата Римом избирательных прав необходимо должна была привести к постоянным революционным движениям; но и это вызванное отчаянием восстание окончилось также трагически.