12 ноября 1208 г. папа из своего путешествия возвратился в Латеран, где римляне встретили его с большими почестями. В это время город был совершенно спокоен. Хотя община и пыталась по временам назначить свободно выбранного сенатора, однако порядок управления, установленный в 1205 г., сохранялся в течение всей жизни Иннокентия III.

С бо льшими затруднениями, чем в Церковной области и в Сицилии, встретился Иннокентий в Германской империи. Двухпартийные выборы короля после смерти Генриха VI и обращение обеих партий к папе сделали последнего протектором империи. Большинство немецких князей-избирателей было против Вельфской партии, враждебный наследственной Штауфенской монархии и союзницы Англии, в которой королем был Ричард, униженный Генрихом VI. Молодой Оттон, сын Генриха Льва и английской принцессы Матильды, бывший под покровительством своего дяди Ричарда, состоявший его вассалом и возведенный им в звание герцога Аквитанского и графа Пуату, поднял на английские средства и через подкупленных нижнерейнских епископов свой дом из того упадка, в который он был повергнут Гогенштауфенами 12 июля 1198 г. Адольф Кельнский короновал его в Аахене на королевство; но большинство князей и самые важные из них выбрали еще в марте молодого Филиппа Швабского, который 8 сентября и был коронован в Майнце; он был братом Генриха VI и мужем Ирины, дочери византийского императора, вдовы сицилийского короля Рожера III.

Когда Филипп ради сохранения короны за Штауфенским домом превратился из опекуна Фридриха в похитителя его прав и князья отложили в сторону присягу, которую они только что, в 1196 г., принесли маленькому сыну Генриха, они могли оправдываться обстоятельствами. И если Иннокентий III не охранял прав опекаемого им Фридриха, то он с полным основанием мог сказать, что принял на себя обязанность защищать его только в его сицилийском наследстве, тогда как в Германии Филипп был опекуном, назначенным Генрихом VI. Подобно Григорию VII, Иннокентий тоже воспользовался борьбой за имперскую корону, чтобы возвысить папство за счет империи; первое было сильно своим единством, вторая – ослаблена расколом. Акты великого имперского процесса показывают, с каким искусством государственного человека Иннокентий сумел получить из него наибольшую выгоду. В деле земной власти было бы совершенно нелепо требовать от папы, чтобы он выгоды своей церкви принес в жертву идеальной справедливости. Иннокентий, конечно, должен был склониться на сторону сына Генриха Льва, дом которого считался защитником церкви. Можно ли его порицать за желание навсегда свергнуть с престола Гогенштауфенов и на их место посадить Вельфов? «Я не могу, – говорил он с полной откровенностью, – стать на сторону Филиппа, который только что захватил владения церкви, назвался герцогом Тусции и Кампаньи и утверждал, что его власть простирается до ворот Рима или даже до Трастевере». Должен ли он был содействовать возвышению Фридриха? Сын Генриха VI опять соединил бы Сицилию с империей. Папы противодействовали замыслам Штауфенов восстановить могущество империи посредством подчинения Италии и уничтожения церковного государства и положить основание наследственной монархии, что было излюбленным планом Генриха VI. Они не могли допустить возникновения наследственной монархии не в силу того идеального соображения, что империя не должна зависеть от наследственных прав династии, а императорами, как и папами, должны быть лишь благочестивейшие и мудрейшие», но из боязни того, что сильная Германия будет притеснять все другие страны, а также и церковь. Папы были естественными врагами монархистского единства как в Германии, так и в Италии. Легко поэтому понять, какой взгляд проводил Иннокентий III, доказывая князьям-избирателям, что власть в Германской империи не должна передаваться по наследству. В знаменитом письме, посланном им в Германию в качестве разъяснения его взглядов на спорный вопрос об империи, он развил с мастерским искусством все основания за и против обоих претендентов. Впрочем, его речь была такова же, как Григория VII и Александра III, смелые воззрения которых на значение папской власти он еще усилил. Тогда как папы каролингского времени, только что снявшие скромную одежду епископов, смотрели на империю как на теократическое мироустройство, в котором образ видимой церкви определялся гражданскими законами. Они, начиная с Григория VII, низвели империю на степень чисто материальной силы и не желали видеть в императоре никого иного, как первого вассала церкви, назначением которого было защищать ее своим грубым земным мечом, а в качестве светского судьи поражать еретиков. В то время как церковь Божия, т. е. папство, была солнцем, освещающим вселенную, империя, по взгляду священства, кружилась лишь как тусклый месяц в туманной сфере земной ночи, и эта ловкая игра монашеской фантазии вошла, как астрономическая истина, в представление о мире. Церковь возвышалась как высокая духовная сила, как всемирный идеал, а империя падала и в представлении, и в действительности. Тонкая философия пап, войдя в рассмотрение происхождения власти государей, пришла к взглядам, которые мы теперь назвали бы демократическими. Но всякий император, исполненный чувства собственного достоинства, должен был восставать против воззрений, повторявших основные положения Гильдебранда, что королевская власть стояла гораздо ниже священнической; что папа в качестве наместника Христова, «через которого властвовали короли и управляли князья», был господином всего земного круга; что только священническое звание происходило от Бога, светские же правители вели свое начало от тирании Нимврода, возложенной на евреев как наказание; что папа был судьей и распорядителем империи, потому что последняя была перенесена церковью из Византии в страну франков, а император получал свою корону только от папы; что по своему принципу и своей цели имперская власть принадлежала Святому престолу; короче, папа владел обоими мечами – и светским, и духовным, – положение, против которого впоследствии Данте так энергично высказал свое требование о разделении двух властей.

В то время как избиратели Оттона, не заботясь о последствиях, подчиняли империю папскому трибуналу, князья, бывшие на стороне Филиппа, с негодованием восставали против вмешательства папы в избрание императора. Они вводили его в границы и даже угрожали с военной силой привести своего короля на коронацию. Папа отвечал на их протесты, что он не оспаривает выборного права князей, но что они сами признали, что право утверждения избранного и возведения его в сан императора принадлежит папе, который его помазывает, освящает и коронует. Таким образом, исторические отношения между папой и императором с течением времени получили характер, совершенно противоположный прежнему.

Три года Иннокентий не объявлял своего решения, а в это время в Германии свирепствовала междоусобная война; наконец, 1 марта 1201 г. он высказался за сына Генриха Льва. Римляне вспомнили о своих старинных притязаниях на выбор императора, но лишь для того, чтобы подтвердить решение папы; Вельф был провозглашен в Капитолии римским королем.

Ценой признания Оттона был отказ с его стороны от старинной власти императора в большей части Италии и подтверждение самостоятельности нового церковного государства. Он подчинился 8 июня в Нейссе предъявленному ему требованию подписать заявление. В нем в первый раз были установлены границы Церковной области почти такие же, какими они оставались до последнего переворота. Они обнимали собой страну от Радикафани до Чепрано, Экзархат, Пентаполис, марку Анкону, герцогство Сполето, Матильдинские имения и графство Бриттеноро «вместе с другими окружающими землями, указанными во многих привилегиях императоров, начиная с Людвига». Оттон дал клятву сохранить Сицилию за церковью, не упоминая при этом о правах Фридриха, относительно же двух союзов итальянских городов и относительно Рима руководиться волей папы. Последнее обязательство важно потому, что папа желал устранить всякое императорское влияние на ломбардский союз. Покорный Вельф обошел молчанием права империи. Немецкие ленные княжества в Романьи и Марках; не подвергавшиеся до сих пор сомнению права империи на Сполето и Анкону; все учреждения Генриха VI, клонившиеся к установлению имперской власти в Италии и Риме, – все это было устранено этим актом. Он дал закономерное подтверждение всему перевороту, совершенному Иннокентием. Поэтому знаменитая Нейсская капитуляция стала первым подлинным основанием для практического осуществления папского владычества в Церковной области. Все последующие императоры признавали ее, и таким образом, прежние бездоказательные дарения, совершенные со времен Пипина, превратились в документ неоспоримо достоверный. Можно ли ввиду столь важного документа сомневаться еще в том, что из всех причин, заставивших Иннокентия высказаться за Оттона, наиболее сильной было убеждение, что Филипп никогда не согласится сделать ему такие уступки, какие готов был сделать более слабый Оттон? Решение папы раздражило патриотов Германии. Приверженцы Филиппа протестовали против легата Гвидо де Пренесте, оскорбившего их в их выборном праве. «Где вы слыхали, папы и кардиналы, – кричали они, – чтобы ваши предшественники или их послы вмешивались в избрание римских королей?»