Ни сомнения, ни продолжавшиеся переговоры с папой не могли удержать Оттона от завоевания Италии. В следующем году ему сдались почти все города, даже Неаполь. Он дошел до Тарента. Сарацины в Сицилии ожидали его и пизанские корабли стояли наготове, чтобы перевозить его войска на остров. Оттон поддерживал сношения с Римом, который он так тесно окружил, что туда не могли попасть ни послы, ни богомольцы. Городской префект Петрус передался ему; недовольная партия скова охотно примкнула к императору. Иннокентия обвиняли в том, что он был зачинщиком всего раскола в Империи; его называли вероломным и упрекали в противоречии, так как он сначала был на стороне Оттона, а теперь его преследовал.

Когда однажды он обратился к римлянам с назидательном проповедью, то старый народный вождь Иоанн Капоччи встал и воскликнул: «Уста твои, как уста Божьи, но дела твои, как дела дьявола».

Между тем по ту сторону Альп владычество Оттона уже колебалось. Фанатические монахи ходили по Германии, как эмиссары панской мести, а легаты папы подкапывали императорский трон. Как только отлучение его стало там известно, так против императора составилась сильная партия. Тем же немецким князьям перед которыми Иннокентии так настоятельно действовал в пользу возведения на трон Оттона, а так же злорадствовавшему французскому королю он писал жалобные письма, в которых признавал свою ошибку и отрекался от своего творения. Это было тяжким и заслуженным унижением для властолюбивого священника. Теперь он сам призвал на трон молодого Фридриха, которого до той поры он с такой холодно рассчитанной политикой совершенно устранял. Удовлетворением его мщения могло служить но крайней мере то, что у него был готовый претендент для свержения Оттона. В Нюренберге часть немецких князей объявила императора низложенным и признала на престол Фридриха сицилийского. Это заставило Оттона в ноябре 1211 г. покинуть Апулию и направиться в Северную Италию, где уже многие города более не признавали его, и маркграф д'Эстэ стал во главе направленной против него лиги. Весной 1212 г. он возвратился в Германию.

Молодой наследственный враг дома Оттона, которого он считал уже уничтоженным, вдруг восстал против него, вызнанный папой, как Давид против Саула. Странная судьба заставила Фридриха, первого и имевшего наиболее прав из всех трех избранником, выступить последним в великой борьбе за имперскую корону, восстановить Штауфеновский дом и дать ему новое величие. В руках Иннокентия III все эти избранники были как бы фигурами шахматной игры, которые он двигал одну против другой и одну после другой. Все они чувствовали унижение быть слугами чужой воли. Сын Генриха VI питал глубокую ненависть к эгоистической политике священников, и она свила господствующим мотивом его жизни. Он не забыл ни того, что он должен был купить защиту церкви, став к ней в ленные отношения с потерей драгоценных прав короны, ни того, что он был устранен от имперского трона, когда папа призвал на него Оттона IV.

Фридрих вырос в среде придворных интриг, подобно Генриху IV, и, подобно последнему, он в совершенстве приобрел искусство побеждать людей хитростью. Лукавству, с которым он впоследствии действовал против церкви, он научился, находясь в трудных обстоятельствах, в которые он был поставлен в детстве своими отношениями к римской курии и ее предприятиям в империи и в Сицилии. Ее политическое искусство было для него настоящей школой.

Противники Оттона вызвали Фридриха в Германию. Один из этих послов, Ансельм фон Юстинген, прибыл в Рим, где он нашел, что папа и римляне готовы признать притязания Фридриха на римскую корону, ибо Иннокентий тоже вдруг открыл, что он вообще имеет на нее права. Политика, враждебная всякому идеальному величию так же, как и религиозной и философской добродетели, заставила даже такого человека, как Иннокентий, снизойти до обыденных непрямых способов действия и отрицать свои собственные воззрения, потому что согласно с ними последний Гогенштауфен должен был навсегда быть удален в Сицилию в качестве вассала церкви и оставаться вдали от дел империи. Считал ли папа возможным предотвратить пугавшее его соединение Сицилии с Германией? Кажется, он предавался этой иллюзии. Тот момент, когда он предложил сицилийскому королю захватить римскую корону, был одним из самых роковых в истории папства. Следствием его была борьба, разрушительная и для церкви, и для империи, затем господство Анжуйского дома, Сицилийская вечерня и Авиньонский плен. Иннокентий выковал второй, более острый меч, который должен был поранить церковь.

Повторное самообольщение этого папы, к ногам которого короли слагали свои короны, как вассалы, может служить смиряющим гордость доказательством слепого непонимания даже самыми выдающимися умами законов, управляющих ходом мировой истории.

Когда швабские послы прибыли осенью 1211 г. в Палермо с предложением Фридриху немецкой короны, то королева и парламент восстали против этого опасного предприятия. Сицилийцы слишком много страдали от Генриха VI, чтобы не относиться с ненавистью ко всякой связи с Германией. Сам Фридрих тоже колебался, но затем решился смело броситься в волны безграничной будущности. Ему в это время было еще всего восемнадцать лет, и он уже с августа 1209 г. был женат на Констанце, дочери короля Альфонса Арагонского, бездетной вдове Эмериха Венгерского. Он короновал незадолго перед тем родившегося у него сына Генриха королем Сицилии, сел на корабль в Мессине и прибыл в Рим, где в апреле 1212 г. папа приветствовал его как избранного римского короля. Иннокентий в первый раз увидел беспомощного юношу, бывшего под его опекой, и потом уже не видал его больше. Внук героя Барбароссы явился перед ним, как избранный по праву император. Он был его креатурой в более благородном смысле, чем Оттон IV; он был «исполнением» его долга, его приемным сыном, который в течение многих лет находился под его заботливой охраной. Если полученные им сведения изображали этого юношу, как глупца, кутившего с толпой придворных трубадуров, то его проницательный взор скоро увидел в сыне Генриха VI прирожденную силу гения и рано искусившийся ум. Были определены условия, выполнение которых церковь связывала с возвышением Фридриха, и прежде всего установлено было отделение Сицилии от империи. Новый кандидат на императорский престол занял это положение при условиях, к несчастью для империи, сходных с теми, в которых находился Оттон IV; так как те же оковы, которые последним были разорваны лишь через клятвопреступление, связывали и Фридриха. Однако невозможно сомневаться в том, что в то время он был чистосердечен, будучи одушевлен надеждами на великую будущность.

Папа простился с Фридрихом вполне довольный им и даже снабдил его деньгами. Молодой сицилиец, «дитя Апулии», достиг Германии, и счастье не покидало его. Слава его предков открыла для него родину, несмотря на то что он был совершенно чужд ей и вовсе или почти вовсе не понимал по-немецки. Щедрость, с которой он раздавал наследственные имущества своего дома и имперские лены, привлекла к нему жадную знать, а образ сурового Вельфского императора служил контрастом для юноши, которого иноземные грации наградили на классическом острове своими прекраснейшими дарами.

5 декабря 1212 г. Фридрих был во Франкфурте избран королем а 12 июля 1215 г., признанный уже почти всей Германией, он принес присягу в Эгере, причем должен был возобновить с согласия имперских князей уступки, сделанные папе Оттоном IV. Свобода церкви в духовных делах была признана; иннокентиевское церковное государство утверждено; за империей сохранено во всех странах только foderum при коронационной процессии; папское владычество над Апулией и Сицилией еще раз было торжественно подтверждено.