Один английский хроникер описал впечатление, произведенное манифестами Фридриха в Германии, Англии и Франции. Британская нация была глубоко оскорблена своей неестественной ленной зависимостью от Святого престола, обвинительным приговором папы против великой хартии, наконец, бессовестным высасыванием ее имущества через назначение пенсий римскому духовенству, церковной десятины и налогов в пользу крестовых походов. Фридрих, говорили англичане, своей победой над Оттоном IV оказал большую услугу папе, чем сколько сам был ему обязан. Он не выказал себя еретиком, он писал папе вполне в тоне католического смирения; он восставал против его личности, а не против его сана; английская церковь ежедневно высасывается римлянами; но император никогда не присылал к нам ростовщиков и грабителей наших доходов. Однако тот же писатель признавал, что влияние папской энциклики было очень велико, а влияние императорского манифеста настолько ослабело, что весь христианский мир поднялся бы на Фридриха как на врага церкви, если бы алчность курии не уменьшила благоговения к ней народов. Мнение мира разделилось; но короли с удовольствием смотрели на ослабление империи, и, несмотря на со противление терявших свои доходы епископов, деньги из всех христианских источников продолжали по-прежнему притекать в кассу Латерана. Фридрих безуспешно жаловался на своего шурина Генриха III за то, что он разрешал в Англии добровольные сборы, с помощью которых папа покрывал расходы на войну с ним.

Хотя булла об отлучении Фридриха была беспрепятственно обнародована во Франции и даже в Англии, однако Григорий не нашел ни одного владетельного князя, который бы согласился служить ему в качестве антикороля против великого монарха, слава которого распространяла свой блеск на весь мир. Но и Фридриху не приходило на ум выставить антипапу. В церкви, объединенной и укрепленной Иннокентием III, раскол был невозможен. Исход борьбы зависел теперь главным образом от ломбардского союза. Милан и Болонья были еще твердыми опорами папства в Северной Италии. За него были союзные Генуя и Венеция, Аццо д'Эсте, граф С.-Бонифацио, Павел Траверсари в Равенне и Альберих ди Романо, отпавший от императора брат Эццелина; все это были вожди гвельфов. Из умбрийских и тусцийских городов большая часть была на стороне папы. За Фридриха выступили Эццелин с Падуей, Виченцей и Вероной; другие города, как Феррара, Мантуя Модена, Реджио и Парма; старый герой Салингверра, который скоро сошел со сцены; маркграфы Палавичини и Ланчиа; а также Энцио, молодой побочный сын Фридриха, король Торре и Галлуры в Сардинии, которого Фридрих 25 июля 1239 г. назначил имперским правителем Италии и который начал в это время свой короткий и блестящий жизненный путь.

Когда посредничество немецких епископов не удалось, в особенности вследствие того, что гермейстер Тевтонского ордена Конрад в июле 1240 г. умер в Риме, тогда оба противника начали войну. Фридрих решил смотреть на церковь только на враждебную ему политическую силу и задумал совершенно разрушить ее организацию внутри государства. Беспощадное преследование было карой за сопротивление епископов и низшего духовенства в сицилийском королевстве, а происки признанных вне закона нищенствующих монахов наказывались смертью, заточением или изгнанием; церковные же имущества всюду конфисковывались или облагались налогами. Эта участь постигла, между прочим, богатое аббатство Монте-Касино, которое было вполне секуляризованно. Предоставив своему сыну Энцио покорение Марки Анконы, император решил сам перенести войну в Церковную область и подобно Генриху IV или V уничтожить своего врага в Риме. Город Рим через это приобретал исключительную важность. Император говорили при дворе Григория IX, поклялся сделать папу нищим, бросить святыню псам и обратить в конюшню честнейший храм Св. Петра – пророческие угрозы, которые Фридрих не осуществил, если он даже когда-нибудь и высказывал их, но которые в гораздо позднейшее время при императоре Карле V были буквально выполнены на деле.

В феврале 1240 г. император вступил в Церковную область, заявив открыто о своем намерении включить ее снова в состав империи. Многие города Умбрии, Сабины и Тусции отворили ему свои ворота, и даже Витербо, до сих пор бывший вернейшим союзником папы, восстановившего его стены, отпал от церкви, не столько из расположения к императору, сколько из ненависти к Риму, остававшемуся на стороне папы. В нем Фридрих и установил свое местопребывание. Корнето также подчинился ему, а в Кампаньи с ним в союзе была гибеллинская партия в Тиволи, Он написал всем своим верным сторонникам, что настроенная в пользу империи палата Витербо с радостью приняла его, что все города в области Рима и Маритимы приняли подданство, а сын его Энцио в то же время овладел Маркой Анконой, «После этого мне ничего не остается, – говорил он, – как с триумфом вступить в город, где весь римский народ ожидает меня, восстановить снова древнюю власть империи и увенчать лаврами моих победоносных орлов». В напыщенных выражениях писал он к римлянам, как писали и до него многие другие императоры, обещал им возобновление их древней славы и приглашал их немедленно прислать к его двору своих проконсулов Наполеона, Иоанна Поли, Оттона Франджипане и Анджело Малабранка, чтобы он мог дать им отличия: имперские звания или наместничества. Император был близок к своей цели: только два дневных перехода отделяли его от Рима, где судьба Григория IX, как некогда Григория VII, всецело зависела от образа действий римлян. Франджипани (которым император еще в 1239 г. позволил восстановить их башню у арки Тита, а Оттона и Мануила одарил имениями в Неаполитанской области) предводительствовали там гибеллинами; но папская партия имела перевес, потому что Конти, Орсини и Колонна все еще стояли единодушно на стороне Григория. Благодаря этому папа в ноябре 1239 г. мог спокойно возвратиться в город и снова изрек проклятие на Фридриха.

Мужество старика, которому нечего было ждать от жизни, который не оставлял после себя наследников и сам был воплощенным принципом своей церкви не представляет ничего удивительного, но поведение римлян могло бы удивлять, если не принять во внимание, что у них были серьезные причины, заставлявшие их держать сторону скорее папы, чем императора. Если бы Фридрих II овладел Римом, то он тотчас же уничтожил бы устав Капитолия и превратил сенатора в своего управителя. Господство папы в Риме было мягко и слабо, господство же императора отъявленного врага всякой городской автономии, который при Витербо сражался с самой римской республикой и во всякий момент мог передать ее снова папе, не было таким. Этим объясняется, почему римляне не воспользовались случаем восстать против владычества Святого престола, которое они, против воли, принуждены были признать в 1235 г. Патриоты стали на сторону Григория IX, и таким образом в силу этих обстоятельств папа еще раз сделался настоящим представителем и защитником национальной самостоятельности Рима.

Правда, гибеллины поднялись смелее, как только императорские войска подошли к воротам города. Множество голосов кричали: «Император! Император! Мы сдадим ему город», и Григорий IX мог ожидать окончательного отпадения непостоянного народа, который уже много раз изгонял его. В такой крайности он устроил 22 февраля торжественную процессию, при которой реликвии Святого Креста и головы апостолов были перенесены из Латерана в храм Св. Петра. Положив их на главный алтарь, папа снял с головы тиару, положил ее на них и воскликнул: «Вы, святые, защитите Рим, который римляне хотят предать». Это произвело ожидаемое действие на толпу, которая легко трогается мистериями и театральными сценами. Многие римляне из собственных рук папы взяли крест, чтобы идти с ним против императора как язычника и сарацина. Фридрих, бывший вблизи, в Витербо, смеялся над числом и положением этих крестоносцев, которые должны были испытать его самый тяжелый гнев, попадая в его власть, но Григорий был убежден, что внезапное обращение римского народа было действием небесного чуда. Император, войско которого было слишком слабо, чтобы успешно атаковать Рим, увидел, что его надежды не сбылись. 16 марта он из Витербо ушел в Апулию и только в письмах выражал свое недовольство римлянами. Летом он двинулся в Марки, не трогая римской Кампаньи. Он согласился даже на перемирие с папой, но отказался включить в него ломбардцев. Склонные к миру кардиналы, среди которых умеренные составляли сильную оппозицию, требовали созвания общего собора, который решил бы спор. Тем временем полученные папой большие денежные средства неожиданно дали ему возможность еще в течение года покрывать военные издержки, вследствие чего он объявил о прекращении перемирия, которого он ранее сам добивался. Кардинал церкви Санта-Прасседе Иоанн Колонна, бывший посредником при заключении перемирия, счел свою честь оскорбленной и с этого времени открыто перешел на сторону императора. С него начался решительный поворот его знаменитого дома в сторону гибеллинов. Иоанн был второй кардинал из рода Колонна; он был любимцем Гонория III, а при Григории IX несколько раз был легатом и еще в 1239 г. был послан в Марку Анкону, чтобы вести борьбу с Энцио. В коллегии кардиналов этот гордый и богатый магнат был самым влиятельным лицом. Его отпадение не могло быть приписано алчности или злобе, но было протестом против властолюбия Григория, страстность которого увлекала церковь на гибельный путь. «Такие признаки, – восклицал английский летописец, – ясно показывают, что римская церковь навлекла на себя гнев Божий; ибо ее правители заботятся не о душевном спасении народа, но о наполнении собственных кошельков; они стараются приобрести не души для Бога, а ренты для себя; они притесняют священников и посредством наложения церковных штрафов, ростовщичества, симонии и множества других ухищрений нагло захватывают себе чужое добро».