Свои надежды лангобарды возложили на Генриха. Взяв греческие деньги, он, однако не пошел дальше Тиволи. Византийскому императору было крайне желательно чтобы Генрих совершил поход в Апулию и тем избавил императора от Роберта. Для короля, напротив, было более выгодно, чтобы Роберт оставался в греческой земле, вдали от Италии; оба союзника думали воспользоваться один другим как громоотводом. Таким образом, Генрих не оказал никакого содействия императору. Между тем восстание в Апулии, особенно усердно поддерживаемое Иорданом Капуанским, приняло настолько обширные размеры, что Роберт вынужден был вернуться в Италию. Передав начальство над войском в Греции своему сыну Боэмунду, Гюискар поспешил в Апулию, где после долгой и упорной борьбы ему удалось наконец подавить восстание.

После Пасхи Генрих перешел в Ломбардию. Судьба, казалось, обрекла его в вечную борьбу со священником и амазонкой. В Верхней Италии, в Аппенинах и по берегам По, где у Матильды было много укрепленных мест, Генриху пришлось вести трудную партизанскую войну. Но и здесь он так же не имел решительного Успеха. Города подвергались опустошению; церкви сжигались; борьба велась с фанатической яростью, присущей религиозным войнам. Летописец того времени называет дворец великой маркграфини гаванью, в которой искал спасения католический мир; здесь урывались гонимые королем священники, аббаты и всякие другие лица, и средства Матильды, владетельные права которой простирались на половину Италии, были вполне достаточны для того, чтобы помогать еще и Григорию VII трудных обстоятельствах.

Следить за всеми походами Генриха было бы слишком утомительно. В конце 1082 г. он в третий раз подступил к Риму; на этот раз нападение Генриха было так же упорно, как сопротивление противника. Вернувшись, чтобы продолжать осаду Рима, Генрих нашел дела все в том же положении. В течение лета папа Климент III как военачальник короля несколько раз выступал на борьбу с Римом и делал опустошительные набеги на Кампанью; тем не менее ему не удалось достигнуть никаких результатов. Генрих расположился лагерем по-прежнему на Нероновом поле. Целых семь месяцев терпение короля подвергалось тяжелому испытанию. Могущественная власть Григория над людьми, может быть, сказалась ярче всего именно в той преданности, которую римляне за три года осады проявили по отношению к нему, несмотря на то что он был их и папой, и государем.

Нетерпеливый враг старался взять приступом Ватикан и укрепления, находившиеся возле базилики Св. Павла; но эти усилия не имели успеха. Между тем бедственное положение осажденного города становилось настолько невыносимым, что римляне начинали уже думать о сдаче; удержать их от этого Григорию удалось только с помощью золота, которое взамен воинской помощи посылал ему Гюискар. Наконец совершенное изнурение стражи отдало Леонину во власть короля. Миланские вассалы Теобальда и саксонцы, предводительствуемые Вигбертом Тюрингенским, взобрались на стены, убили стражу и овладели одной из башен. Ликующие войска Генриха проникли в Леонину через пролом в стене: по преданию, первым вступил в город Готфрид Бульонский (2 июня 1803 г.). Затем произошла яростная битва у базилики Св. Петра; сторонники Григория искали спасения в ней; преследуя их, германцы так же проникли в базилику, и священный храм превратился в арену кровавого побоища. Римлянам удалось еще укрепиться в портике; но на следующий день победители взяли его штурмом. Охваченные местью приверженцы Генриха повсюду разыскивали Григория; только захватив его, они могли признать свою победу достигнутой вполне и войну законченной. Но папа, охраняемый Пьерлеоне, успел скрыться в замке св. Ангела.

Таким образом, Генриху удалось наконец после долгих усилий овладеть базиликой Св. Петра. Страшный враг короля находился совсем близко; скрытый в замке, этот враг, может быть, смотрел через бойницы замка на бывшего паломника Каноссы, когда он вместе с антипапой, окруженной рыцарями, епископами и римской знатью, торжественно следовал в собор среди дымившихся развалин города, Пение Те Deum должно было ласкать ухо Генриха; его жажда мести была удовлетворена; тем не менее еще не все было им достигнуто. Антипапа (кукла, с которой он мог расстаться каждую минуту) не был посвящен, и на него самого еще не была возложена императорская корона. Он мог бы взять ее в базилике Св. Петра, но из благоразумия воздержался от этого. Надо было сначала получить согласие Рима, который еще не был покорен, и король вступил в переговоры с ним. Затем Генрих надеялся так же, что Григорий будет готов сам совершить коронование и, вынужденный необходимостью, согласится на самый выгодный для короля мир.

Овладев Леониной, Генрих уже имел в своих руках ключ к Риму, на который эта победа произвела большое впечатление. Длившаяся без конца осада, начинавшийся в городе голод и опасения гнева Генриха породили в народе панику; все входы в Рим были заняты; никто не смел ни войти в город, ни выйти из него. Римлянам казалось, что можно согласиться на условия, которые предлагал им Генрих. Рассчитывая поколебать в римлянах их преданность к Григорию, Генрих объявил им, что он желает получить корону из рук Григория, с которым он решил примириться и что римляне должны помочь ему в этом; что же касается несогласия, которое существует между ним и Григорием, то пусть оно будет передано на обсуждение и решение собора. Ничто, однако, не могло поколебать Григория; на самые настойчивые просьбы римлян он ответил решительным отказом и остался глух к мольбам даже своих, самых преданных сторонников из духовенства, которые, стоя на коленях, заклинали его вступить в переговоры с королем и спасти отчизну из ее безнадежного положения. Действуя таким образом, Григорий оставался совершенно чужд всякому страху и не возлагал надежд ни на какую случайную удачу. Как некогда в башне Ченчия, так и теперь, находясь в мавзолее Адриана, этот замечательный человек смело шел наперекор обстоятельствам. Решив не признавать Генриха ни королем, ни императором и не уступать населению, он объявил, что Генрих, как было условлено в Каноссе, должен покориться его повелениям и что вселенский собор будет созван им в ноябре.

Таким образом, римляне в городе, Генрих в Леонине и Григорий в замке св. Ангела составили три отдельных лагеря; борьба была приостановлена, и деятельно велись переговоры. В это же время явились послы императора Алексея просить Генриха начать обещанный поход в Апулию. Казалось, время было благоприятно для этого похода. Иордан Капуанский мужественно и удачно боролся с Гюискаром, вернувшимся в Италию, и надеялся, что ему удастся теперь победить своего соперника и занять герцогский престол в Апулии. Так как не подлежало, по-видимому, сомнению, что Рим падет, то Иордан поспешил к королю, чтобы принести ему присягу. Уезжая, он настойчиво уговаривал аббата Монте-Касино отправиться вместе с ним и принять на себя посредничество в заключении мира между королем и папой. Желания самого Генриха сводились к тому же. Получив от короля несколько раз приглашение, Дезидерий решился наконец последовать ему и, отправившись в путь вместе с капуанским государем, прибыл к отлученному королю в Альбано. Здесь Иордан принес королю присягу, уплатил ему огромную дань и получил в обладание Капую как императорский лен. Мужественный аббат заявил протест против этой инвеституры, утверждая, что Иордан может получить Капую как лен только с того момента, когда Генрих будет возведен в сан императора, но король уступил просьбам Иордана и затем золотой буллой милостиво подтвердил права Дезидерия на богатое аббатство Монте-Касино. Чувство признательности, однако, не сделало Дезидерия более уступчивым. Но как ни старался он избавиться от общества еретиков, он все-таки вынужден был проводить с ними целые дни и даже вступать в диспут по жгучим вопросам того времени с «антихристом» Вибертом. Своего друга, виновного в таком отступничестве, Григорию надлежало бы, конечно, так же отлучить от церкви; но поставленный в необходимость подчиниться обстоятельствам, папа оставил в этом случае закон не примененным. Переговоры между послами римлян, папы и Генриха происходили в церкви S.-Maria in Pallara на Палатине. Был заключен клятвенный договор, которым было постановлено передать дело короля на решение собора; папа обязался созвать собор в ноябре, а Генрих дал клятву в том, что он не будет препятствовать епископам явиться на этот собор. Тайной статьей договора римляне обязались, однако, на случай бегства или смерти Григория предоставить королю в определенный срок императорскую корону. Папа, который в этом случае был бы ими избран, должен был короновать Генриха, и сами римляне должны были присягнуть ему в верности. Опутав римлян такими договорами и взяв их заложников, Генрих, вполне довольный, направился в Тоскану. Часть стен Леонины он приказал разрушить и затем в укреплении, воздвигнутом в Леонине, на холме Palatiolus, оставил под начальством Ульриха Годесхеймского только 400 всадников. В Тоскане маркграфиня Матильда была по-прежнему готова вести войну за дело Григория. Когда падение папы казалось неизбежным, Матильда, поддавшись просьбам своих епископов, уговорам графини Адельгенды и мольбам разоренных городов, почти решила сложить оружие. Но это сомнение могло овладеть ею только ненадолго, и она вскоре же отказалась от всякого компромисса. Мужественная маркграфиня сохранила верность делу своего великого друга, который оставался в замке св. Ангела и, окруженный врагами и изменниками, бесстрашно ждал грядущих событий. Чтобы освободить Григория, у Матильды не было достаточных сил, и это глубоко печалило ее; с большим трудом она могла только отражать нападения Генриха и потому была обрадована, когда с приближением вселенского собора король, опустошавший ее владения, направился снова в римскую Кампанью.