В день праздника верховного апостола, 29 июня, они вышли из Чивита-Веккии в море. В тот же день уполномоченные Фридриха, император Балдуин, граф Тулузский и верховные судьи Петр и Таддеус приняли в Чивита Кастеллана предложения курии и там же узнали о бегстве папы. Путешествие беглеца нарушалось бурями и страхом встречи с императорским адмиралом Ансальдо да Маре, который крейсировал в этих частях моря; сцена 3 мая могла бы повториться еще внушительнее, если бы случай привел его на встречу генуэзского флота. Пришлось искать защиты у острова Капрайи, возле Корсики; 4 июля по необходимости высадились в Порто-Венере, чтобы дать отдохнуть измученному папе, после чего украшенные флагами и пурпурными коврами корабли республики прибыли благополучно 7 июля в Генуэзскую гавань. Генуэзский народ под звон колоколов и пение торжественных хоров встретил своего соотечественника Фиески – папу, избежавшего сетей великого врага, а опьяненные радостью кардиналы, вступив на землю, возглашали стих псалмопевца: «Душа наша спаслась, как птица из сети птицелова; силок разорван, и мы свободны!»

Бегство папы было мастерским ходом, благодаря которому действие великой драмы повернулось в его пользу. Оно выставило Фридриха гонителем, а Иннокентия мучеником, причем последний благодаря своему увенчанному счастьем мужеству явился и энергичным человеком. Оно произвело во всем мире глубокое впечатление и больше повредило престиж у Фридриха, чем это могло бы сделать большое проигранное сражение. Смущенный император послал графа Тулузского в Геную просить беглеца о возвращении и примирении. В длинном манифесте он изложил всему миру ход событий и описал переговоры, которые он вел с папой до момента его бегства: он видел себя вовлеченным в новую войну с церковью и в худшем положении, чем он был раньше. На месте Григория IX стал Иннокентий IV, т. е. на место горячего и страстного, но открытого и честного врага – недобросовестный и хитрый противник.

Папа пробыл три месяца в монастыре Св. Андрея близ Генуи, затем отправился во Францию, чтобы, подобно своим предшественникам, найти там себе приют. После многих затруднений он только 2 декабря достиг Лиона. Этот цветущий город, хотя и считавшийся подвластным империи, в действительности был независимой общиной и мог предоставить ему достаточную безопасность. Счастье дать у себя пристанище римской курии было, впрочем, сомнительно и дорого стоило. Иннокентий желал бы быть принятым в государстве какого-нибудь могущественного короля; но Англия и Арагон и даже Франция вежливо просили его избавить их от этой чести; поэтому он остался в Лионе. 3 января 1245 г. он созвал собор, на суд которого он не вызвал в законной форме императора.

Только 140 прелатов, большей частью из Франции и из померкнувшей уже Испании, которая даже выставила обвинителей против Фридриха, почти никого из Германии – таков был состав собора, созванного в июне в Лионе. Трудно было бы назвать этот романский собор вселенским. Он открылся 26 июня. Известный юрист Таддеус Суесский с достоинством и красноречиво защищал своего государя. Он просил отсрочки суда; она была дана, но срок был определен очень короткий. Император, бывший в Вероне, отправил новых послов, прибытия которых не дождались- 17 июля над ним снова было произнесено отлучение и великий император был объявлен низложенным. Приговор этот был торопливо прочитан папой пораженному неожиданностью собранию, и вообще процессу недоставало закономерной формы вызова к суду, основательных свидетельских показаний и надлежащей защиты. Адвокат императора, который уже апеллировал к будущему папе и к Вселенскому собору королей, князей и прелатов, в отчаянии ударил себя в грудь, услышав этот гибельный приговор; он заявил свой протест и уехал.

Решение Лионского собора было одним из самых роковых событий во всемирной истории; его убийственное действие низвергло древнюю германскую империю; но и церковь была очень глубоко поражена собственной молнией. Низложение императора имело теперь своим последствием противопоставление ему другого, тогда как Фридрих II не мог и думать о том, чтобы, подобно Генриху IV и его преемникам, бороться с папством оружием раскола. Теперь речь шла уже не о том, чтобы вытеснить церковного папу посредством императорского папы, а скорее о том, чтобы смирить духовную власть вообще, в лице папы поднявшуюся над уровнем властителей, и освободить светскую власть от ее деспотизма.

Фридрих обратился за помощью ко всем государям Европы. Его достопамятный манифест говорил им следующее: «Счастливыми называли в древности тех, кому чужое несчастье служило предостережением. Предшественник подготавливает судьбу преемника, и, как печать на воске, так пример отпечатывается на нравственной жизни. Если бы другие обиженные государи дали бы мне такой предостерегающий пример, какой я даю вам, христианские короли! Называющие себя сегодня пастырями притесняют сыновей тех отцов, милостыней которых они питались; они сами, сыновья наших подданных, забывают, кто их отцы, и, достигнув апостольского звания, не почитают ни императора, ни королей. Об этом свидетельствует дерзость Иннокентия. Созвав Вселенский, как он его называет, собор, он осмелился без вызова на суд и без доказательства вины присудить меня к низложению и тем нанес всем королям безмерное оскорбление. Чего только каждый из вас, королей, не может ожидать от дерзновения этого духовного властителя, когда он, не имея в светских делах надо мной никакой судебной власти, осмеливается низложить меня, того, который посредством торжественного избрания владетельными князьями и с согласия всей, тогда еще справедливой, церкви, волей Божией коронован был императорской диадемой. Но я не первый и не буду последним из тех, кого, злоупотребляя духовной властью, пытаются свергнуть с престола. Часть этой вины лежит на вас, потому что вы повинуетесь лицемерным святошам, властолюбие которых не утолило бы все воды Иордана. Если бы ваше легковерное простодушие не было введено в соблазн лицемерием этих книжников и фарисеев, то вы бы узнали отвратительные, невыразимые для стыдливости пороки этой курии и стали бы гнушаться ее. Они вымогают, как вам хорошо известно, большие доходы из многих королевств; это есть источник их безумного высокомерия. У вас, христиан, они просят милостыни, чтобы на эти средства у них пировали еретики; вы разоряете дома своих друзей, чтоб строить города врагам. Но не думайте, чтобы приговор папы мог сломить мою гордость. Моя совесть чиста – со мною Бог. Его призываю я во свидетели; моим всегдашним намерением было возвратить всех духовных лиц всякого ранга, особенно самых высокопоставленных, к апостольской жизни, к смирению Спасителя и к устройству чистой первобытной церкви. Тогда бы духовенство старалось обращать взоры свои вверх, на ангелов, блистать чудесами, исцелять больных, воскрешать мертвых и покорять князей и королей святостью жизни, а не силой оружия. Но эти служащие миру, опьяненные сластолюбием священники презирают Бога, потому что их религия потонула в потоке богатства. У таких отнять эти вредные имения, эту тяжесть их проклятия будет воистину делом любви; и к этому мы и все государи вместе с нами должны ревностно приложить свою руку, чтобы духовенство было лишено всего излишнего и, довольствуясь умеренным достатком, снова посвятило бы себя служению Богу».

На веские обвинения императора папа ответил чрезвычайным изобилием теоретических доказательств его права судить императора и королей; основным пунктом папского плана было: возвести в непоколебимый навеки закон то доказанное уже на практике предыдущими событиями положение церкви, что папа получил от Христа судебную власть над королями. Поэтому Иннокентий IV утверждал, что папа есть наместник Христа, который передал ему полную судебную власть на земле; что Константин передал церкви незаконную тиранию империи и только потом получил ее, как законную власть, в ленное владение от церкви; что оба меча принадлежат церкви, которая передает при короновании светский меч императору для своей защиты. Он говорил, что император по старинному обычаю должен приносить присягу на подданство папе, своему верховному феодальному господину, от которого он получает титул и корону. «Император упрекает церковь, пишет папа, за то, что она не так часто блещет чудесной силой, как то было в первобытные ее времена, что, согласно с пророчеством Давида, семя его сделалось могущественно на земле, и духовные пастыри блещут почестями и богатствами. Мы сами предпочитаем нищету духом, которая лишь с трудом может быть сохранена при избытке богатства; но мы утверждаем, что грешно не пользование богатством, а злоупотребление им». Это письмо есть важнейший документ относительно средневекового воззрения духовенства на значение папского сана. Иннокентий IV открыто опроверг им равновесие духовной и светской власти и прямо требовал для Святого престола соединения обеих властей. Европейским монархам не пришлось бы в течение веков бороться с этими безмерными, убийственными для всякой свободы принципами, если бы они тогда признали дело Фридриха своим делом.