Иннокентий IV после некоторого колебания одобрил переворот, происшедший в Витербо; он послал своему предприимчивому кардиналу денег, увещевал римлян идти на помощь жителям Витербо, ободрял последних держаться твердо и собирал войска. Таким образом, папа уже во время мирных переговоров находился в войне с императором. Правда, теперь дело шло о том, чтобы вновь овладеть городом, находившимся в пределах признанного по договору церковного государства и имевшим неоспоримое право снова присоединиться к церкви. Римляне, когда-то бывшие злейшими врагами, а теперь ставшие союзниками Витербо, охотно выступили, чтобы овладеть добычей, в то время как император, подкрепленный 6000 человек, которых ему привел из Тосканы Пандольф де Фазанелла, энергично повел осаду восставшего города. Осада Витербо является достопамятным эпизодом в истории римского Средневековья. Маленькая тусцийская община, защищаемая одетым в броню кардиналом, покрыла себя военной славой, подобно Брешии. Все приступы были отбиты, а искусная вылазка, сделанная в ноябре, во время которой были с сожжены осадные машины, подвергла опасности самого Фридриха и заставила его отойти от Витербо. Великий император в пылу негодования затворился в своей палатке. Он согласился на предложения, сделанные ему от имени папы прибывшим в лагерь кардиналом Оттоном, который раньше был его пленником и в плену был лично оценен им. Он снял осаду. Согласно условиям договора, граф Симон получил 13 ноября свободный пропуск, однако уходившие были вероломно изрублены; обещанная бывшим в Витербо гибеллинам амнистия не была соблюдена; а также и римляне, занимавшие двусмысленное положение около Сутри, напали после отступления императора на Ронсильоне, взяли замок Вико, захватили графа Пандольфа и как пленника отправили за что в Рим. Император жаловался на нарушение договора, не будучи в состоянии за это наказать. Счастье отвернулось от него под стенами Витербо. Его бесславный уход в конце года в Пизанскую область ослабил его значение и возбудил и в других городах желание поднять гвельфское знамя.
Случай с Витербо и унижение Фридриха, которое, по его собственному признанию, «болезненно затронуло его сердечный нерв», не помешало, однако, продолжению переговоров; напротив, император и ушел от Витербо именно в расчете на мир. Папа относился к нему теперь как к человеку, потерпевшему поражение. Условия, которые он ставил Фридриху, были унизительны, так как налагали на него унижающее его достоинство покаяние, и тяжелы, так как он должен был, как побежденный, сложить оружие по отношению к ломбардцам раньше, чем сам он получит признание своих прав и снятие отлучения. Фридрих смотрел на занятую им Церковную область, отданную в управление наместнику, как на страну, доставшуюся ему по праву завоевания вследствие войны, вызванной Григорием IX. Империя снова отобрала себе земли, когда-то подаренные ею церкви, так как папы отплатили за этот добровольный подарок только неблагодарностью. Несмотря на это, император хотел возвратить их церкви с тем, чтобы получить их от нее в лен за уплату подати. Когда же Иннокентий IV не согласился на предложение передать императору в ленное владение Церковную область, то Фридрих отказался от него и хотел удержать за собой лишь некоторые коронные права. В марте 1244 г., когда он находился в Аквапенденте, переговоры пришли к концу в Риме, где о заключении мира очень старался бывший там в это время византийский император Балдуин, приехавший просить о защите. Императорские уполномоченные подчинились крайне невыгодным статьям мирного договора: они обещали сполна возвратить Церковную область, признать духовную власть папы над всеми государями, помиловать всех приверженцев папы и все это раньше, чем будет установлен срок снятия отлучения. Именно этого-то Фридрих и желал больше всего, а упрямый папа связывал снятие отлучения с выполнением вышесказанных условий. 31 марта 1244 г. полномочные послы Раймунд, граф Тулузский, Петр де Винеис и Таддеус Суесскии клятвенно подтвердили в Латеране от имени их государя предварительные условия мира в присутствии императора Балдуина, сенаторов Анибала дельи Анибальди и Наполеона Орсини и римского народа. Этого так мало ожидали, что папа велел тотчас переписать договор и публично продавать в Латеране в виде летучих листков по шести денаров, что очень рассердило императора.
Мнение церкви и даже голос англичанина Матиаса Париса, летописца, не сочувствовавшего направлению тогдашнего папства, было таково, что император тотчас же нарушил этот договор. Но эти обвинения неосновательны. Со стороны Фридриха было большой ошибкой подчиниться условиям, которых он не мог выполнить не отказавшись от императорского достоинства. Когда он увидел, что папа лукаво старается уклониться от полного определения неясных статей, которые должны были служить только основанием для формулы, вполне установляющей все частности тогда он приостановил исполнение договора, удерживая Церковную область в виде залога. Папа не интересовался серьезно заключением мира. У него была только одна мысль – преодолеть своего соперника с помощью собора, но собор нельзя было созвать в Италии. Главным препятствием для примирения продолжало быть отношение империи к Ломбардии, о которой в договоре неопределенно говорилось, что она подлежит амнистии. Фридрих не соглашался подчиниться условиям прелиминарного мира как окончательным, так как это значило бы безусловно сдаться на волю папы и ломбардцев. Он не хотел освободить ломбардских пленных прежде, чем города не присягнут ему в верности и не откажутся от Констанцского договора. Он требовал снятия с него отлучения, а папа не соглашался на это до тех пор, пока ему не будет возвращена до последней крепости вся Церковная область и пока ломбардский городской союз не будет включен в мирный договор.
Сам Рим давал ему повод к подозрению. Хотя император и заявил, что он предоставляет папе самому решить спор с римлянами, однако было известно, что он имел сношения с римскими гибеллинами, и ему ставили в вину тайное подстрекательство их. Он хотел стать твердой ногой в Риме и завладеть там франджипанским укреплением в Колизее. В апреле 1244 г., будучи в Аквапенденте, он убедил Латеранского пфальцграфа Генриха Франджипани и его сына Иакова уступить ему посредством обмена половину амфитеатра с построенным в нем дворцом. Но папа сейчас же признал этот договор ничтожным, потому что Франджипани получили их права на Колизей, заложенные ими римлянину Анибальдо, в ленное владение от церкви. В то же время он заставил префекта признать папскую инвеституру, так как император склонил и этого чиновника к получению назначения от него и таким образом, пытался снова обратить городскую префектуру в имперский лен, нарушая приобретенное для церкви Иннокентием III право назначения префектов. Папа требовал от Фридриха во всем полного отречения от имперских прав и возвращения к основал, установленным в Нейссе и Эгере. Как Иннокентий IV не доверял своему противнику, так и император относился к нему с такой же подозрительностью. Однако он сделал ему новые предложения и пригласил его на свидание в Нарни. Папа, по-видимому, соглашался; давно уже занятый своим хитрым планом, он назначил мая 10 новых кардиналов, чтобы усилить священную коллегию, и 7 июня уехал в укрепленную Чивита-Кастеллана. Отсюда он продолжал вести переговоры, назначив 9 июня своим уполномоченным портоского кардинала Оттона. Но тайно он посылал гонцов с настоятельными письмами к Филиппо Вичедомини, генуэзскому подесте. Девятнадцать дней пробыл он в Чивита-Кастеллана. Пока он обменивался здесь посланцами с императором, приплыл генуэзский флот в сопровождении трех
Фиески, родственников папы, и 27 июня бросил якорь у Чивита-Веккии. В Сутри, куда Иннокентий уехал в тот же день, он одновременно услыхал и о прибытии кораблей, и о приближении 300 всадников, посланных для того, чтобы его захватить. Последний слух был неоснователен и распространялся намеренно. Ночью 28 июня решено было бежать. Иннокентий IV опять превратился в графа Синибальдо, вооружился, сел на коня и в сопровождении нескольких верных людей, среди которых находился его биограф Николо де Курбио, и многих племянников, в том числе кардинала Вильгельма Фиески, поскакал, как рыцарь, по бездорожным полям и к утру достиг Чивита-Веккии и генуэзского флота. На другой день в порт прибыли еще пять кардиналов, которые не успели достаточно быстро поспеть за своим бойким повелителем. Другие семеро бежали переодетые по берегу в Геную. Трех других Иннокентий отпустил назад. Из них кардинала Стефана из С.-Мария в Трастевере он назначил своим викарием в Риме, Райнера – легатом в Тусции, Сполето и Марках, а Рихарда из С.-Анджело – ректором Кампаньи и Маритимы.
