Благородные римляне брали золото от Фридриха; даже сына Рихарда Конти Иоанна де Поли видали в его лагере. Император, пригласивший этих магнатов к себе в Кампанью, уговорил Франджипани продать ему их имущество, в том числе укрепления в городе, которые они получили в качестве ленов от пап, и потом вновь получить их от него, признав себя таким образом, императорскими вассалами. Для Фридриха было важно создать себе партию в самом Риме, возбудить в нем врагов против папы и иметь Колизей в своей власти. Результатом его мероприятий было восстание. В великий четверг 1228 г. Григории еще раз провозгласил отлучение императора. Когда он после этого, в понедельник на Пасху, служил обедню в соборе Св. Петра и обратился к народу с жестокой декламацией против Фридриха, то гибеллины прервали его яростными криками; они осыпали папу оскорблениями в алтаре и выгнали из святого места. Город восстал с оружием в руках в то время, как убежавший папа в сопровождении толпы верных ему гвельфов спешил достигнуть дружественного Витербо. Римляне преследовали его с войском, заставили уйти дальше в Риети и Перуджию, выместили свою злобу на Витербо варварским опустошением полей и захватили спорный замок Рицпампано. Григорий IX провозгласил из своего изгнания отлучение своих преследователей и затем с томительным чувством стал ожидать времени своего возвращения.

Тем временем император собрался действительно предпринять крестовый поход. Сделав это, он не только ослаблял утверждение папы о том, что он никогда об этом серьезно не думал, но и ставил его самого в затруднительное положение. Крестовый поход Фридриха при тогдашних обстоятельствах был тем более мастерским дипломатическим ходом, что папа, к смущению многих верующих душ, ставил ему теперь величайшие препятствия. Западный император выступил в поход для самого святого дела церкви, оставаясь под отлучением. Когда 28 июня 1228 г. он из Бриндизи вышел в море, церковь сопровождала его гневными словами, что он отправляется в Иерусалим как пират, а не как крестоносец. Вместо благословения за ним следовало ее проклятие, которое встретило его даже у Гроба Спасителя. Тот же папа называл Фридриха преступником за то, что он не начинал крестового похода, и за то, что он его начал. Если бы Григорий IX освободил от отлучения своего врага, когда он действительно отправился в Иерусалим, то он одержал бы победу и над собой и над ним и явился бы миру в блестящем величии. Такое резкое противоречие ослабляло веру в искренность рвения пап к освобождению Иерусалима и уничтожало мечту двух столетий. По крайней мере Германию с этого времени нельзя уже было подвинуть на крестовый поход.

Рейнальд, сын бывшего герцога Конрада, оставшийся в отсутствии императора его наместником, тотчас же раздражил папу нападением на Сполето, а Григорий IX с не меньшей горячностью воспользовался удалением Фридриха, чтобы подчинить Апулию власти церкви. Еще раньше отъезда императора он набрал войско; теперь он обратился с воззванием к Ломбардии, Испании, Франции, Англии, ко всей Европе, требуя присылки церковной десятины или вспомогательных войск. Народы услышали проповедь крестового похода против императора, который сам под знаменем креста отправился воевать с неверными; они увидели войска, занимавшие от имени папы земли отсутствующего Фридриха, имущество которого, как крестоносца, и по международному, и по церковному праву должно было почитаться неприкосновенным. Папским крестоносным войском, на знаменах которого были изображены ключи св. Петра, начальствовали Иоанн де Бриенн, тесть императора, кардинал Иоанн Колонна и папский капеллан Пандульф из Ананьи. В то время как одна часть этих войск направилась в Марки, на которые напал Рейнальд с апулийцами и сарацинами, Пандульф, перейдя 18 января 1229 г. Лирис, вторгся в Кампанию Здесь Иоанн де Поли удачно оборонял Фунди, но многие города сдались папским войскам. Римляне не пострадали от этой войны: папа, имевший в виду только Апулию, ни разу не сделал попытки посредством своих крестоносцев принудить Рим к повиновению. Он спешил завоевать королевство, города которого, обремененные налогами, он соблазнял к отпадению, давая им льготные грамоты. Сдалась ему и Гаэта, и Григорий IX надеялся теперь прочно удержать за собой этот город, на который церковь уже давно предъявляла претензию.

Вызванный этими событиями император внезапно возвратился с Востока. 18 марта 1229 г. он собственноручно надел в Иерусалиме на себя корону; посредством договора он возвратил христианам святой город и, несмотря на все препятствия, воздвигнутые ему фанатизмом, совершил славное дело. Римская курия гневно осуждала его как отступника от христианской веры; она не обращала внимания ни на действительные заслуги, оказанные им на Востоке, ни на практические мотивы, в силу которых, ввиду обширных торговых сношений Сицилии с Левантом, для него были обязательны дружественные отношения с восточными султанами. Это было естественно, так как император впервые превратил крестовые походы в дело светской политики, вытеснил папу с Востока и ввел последний мирным путем в экономические отношения империи.

Неожиданно прибыв 10 июня в Бриндизи, он выразил желание примириться с папой и отправил к нему послов с мирными предложениями. Но так как они не имели успеха, то он почти без борьбы выгнал папские войска из своих владений. Знамя креста шло в этом случае против знамени ключей; к общему удивлению, сарацины Фридриха под Христовым знаменем сражались против папских войск, которые в отчаянном бегстве снова ушли за Лирис. Григорий опять направил свои перуны отлучения на императора и его сторонников, в том числе и находившихся в Риме. Он уже израсходовал большие суммы на безрассудную войну и теперь снова обращался ко всему миру с требованием о доставлении ему новых средств. В Аквино императора приветствовали посланные от римского сената. В октябре он подошел к границе церковной области, и только после того, как он уничтожил Сору огнем и мечом, папа отнесся со вниманием к его мирным предложениям.

Григорий IX пробыл еще зиму в Перуджии, не выказывая желания вернуться в Рим, и, лишь уступая необходимости, ввиду примирения с императором, решился отправиться туда.

Но еще раньше, чем состоялось примирение, стихийные силы неожиданно привели его снова в Латеран. Хляби небесные разверзлись и излились на «безбожный» город: 1 февраля 1230 г. Тибр вышел из берегов. Леонина и Марсово поле были покрыты водой. Сенаторский мост (Ponte Rotto) был снесен, и наводнение вызвало голод и повальные болезни. Летописцы изображают его как одно из самых страшных наводнений, пережитых Римом. Римляне, которые во время долгого изгнания папы забыли о нем, теперь под влиянием суеверного страха вспомнили что святой отец есть властитель их области. В Перуджино спешно отправились посланные: Петр Франджипане, городской канцлер, и старый доблестный экс-сенатор Пандульф Субурский. Они упали к ногам папы и просили его простить введенный в заблуждение народ и возвратиться в осиротелый город. После этого 24 февраля Григорий, встреченный радостными кликами римлян, был введен в Латеран и мог с презрением взглянуть на народ, в течение более ста лет привыкший изгонять своих пап и снова со славословиями возвращать их. Возвращаясь из своего изгнания в «город крови», эти папы только ценой золота покупали временное спокойствие. Биограф Григория IX добросовестно перечисляет многие тысячи фунтов, которые именно этот папа роздал римлянам, как только они согласились на его возвращение.

Григорий нашел Рим в состоянии глубокой нищеты, совершенного одичания и наполненным еретическими «плевелами», к которым склонялась даже часть духовенства. Поэтому он решил учредить строгий уголовный суд, как только заключит мир с императором. Мир был заключен в С.-Джермано 23 июля 1230 г. после долгих переговоров с Германом, великим гермейстером Тевтонского ордена, и на условиях, столь выгодных для папы, что ясно было, насколько Фридрих ценил мощную силу своего противника. Церковное государство было восстановлено, и даже некоторые города Кампаньи, в том числе и Гаэта, остались еще на год в виде залога у папы; свобода выборов и изъятие духовенства от налогов на будущее время не должны были нарушаться в Сицилийском королевстве.