После состоявшегося 28 августа в капелле Св. Юста, возле Чепрано, снятия отлучения с императора кардиналы проводили его к папе в Ананьи. Оба врага приветствовали там один другого (1 сентября) со всевозможной учтивостью, скрыв свою ненависть; они сидели за общей трапезой, разговаривали в течение первых трех дней сентября в фамильном дворце Конти и расстались, несмотря на их дружественные заявления, с убеждением, что два человека такого характера не могут жить рядом в Италии.
Возвратясь в ноябре в Рим, Григорий IX старался привлечь к себе римлян благодеяниями. Он велел восстановить сенаторский мост, очистить клоаки, подвозить хлеб, раздавать народу деньги, построить богадельню в Латеране. Это привлекло к нему массы и облегчило ему главный его удар, направленный на еретиков, от которых он хотел радикально очистить город. Истребительные войны Иннокентия III против еретиков и изданные им повеления об искоренении их во всех городах, казалось, лишь увеличили их число. Тысячи людей опоясывались поясом св. Франциска, но и из них многие отпадали от веры. В Церковной области, в Витербо, в Перуджии, в Орвието еретики были многочисленны. Ломбардия была переполнена ими; в гвельфском Милане была их главная церковь. Бесполезно горели костры: в самом Риме еретики собирались во время изгнания папы. Политические воззрения соединялись в этом случае с религиозными, и в числе римских еретиков гибеллинская секта арнольдистов была несомненно многочисленнее, чем секта лионских бедняков. Вообще догматическая ересь не отделялась от политической, так как церковь прямо считала ересью всякие действия, противные свободе духовенства и его имущества, как например, указы городовых магистратов, направленные к обложению духовенства налогами или к привлечению его к светскому суду. В первый раз еще в Риме был массовый суд над еретиками и публично запылали костры. Инквизиторы поместили свой трибунал перед дверями церкви Св. Марии Маджиоре. Кардиналы, сенатор и судьи занимали места на трибунах, а зевающий народ окружал этот страшный театр, произносивший приговоры несчастным всякого состояния и пола. Многие уличенные в ереси духовные были лишены их священнических одежд и присуждены к ссылке на покаяние в дальние монастыри, если они исповедовали свое раскаяние. Других еретиков сжигали на дровяных кострах, иногда на площади возле самой церкви. Так как эти мрачные трагедии, бывшие отражением Альбигойских войн, следовали за разливом Тибра и эпидемией, то они вызывали в Риме большую тревогу. Если справедлив рассказ одной хроники XIV века, то римляне видели даже небывалую страшную картину казни сенатора за ересь, но это басня. По возвращении своем Григорий нашел нового сенатора; это был Анибальдо Анибальди, римлянин из сенаторской фамилии, которая, впрочем, только в это время пришла в цветущее состояние и образовала могущественный род, владевший большими имениями в Лациуме. Знаменитое имя Аннибала снова появилось в средневековой дворянской фамилии, из которой в течение нескольких столетий выходили сенаторы, военачальники и кардиналы, но не было ни одного папы. Анибальди были в родственных отношениях с Конти и с домом Чеккано и, подобно им, были германского происхождения; они владели имениями в Кампаньи и в Латинских горах, где и теперь Аннибалово поле над Rocca di Papa напоминает об этом роде, имевшем когда-то столь большое влияние. Несомненно, что указ против еретиков, изданный сенатором Анибалом в 1231 г. и дошедший до нас, был в числе условий, поставленных папой для своего возвращения. Им было установлено, что всякий сенатор при вступлении в должность принимал на себя обязанность объявлять в опале находящихся в городе еретиков и их приверженцев, арестовывать всех еретиков, на которых укажет инквизиция, и после надлежащего разбирательства в течение восьми дней казнить их. Имущество еретиков должно было делиться между доносителем и сенатором и идти на покрытие расходов по улучшению городских стен. Пристанища еретиков должны были быть разрушены. За укрывательство еретиков была назначена денежная пеня или телесное наказание и потеря всех гражданских прав. Каждый сенатор должен был подтвердить клятвой этот указ, и пока он этого не сделал, он не считался вступившим в должность. Если же он стал бы поступать против данной им клятвы, то присуждался к уплате 200 марок и признавался не имеющим права занимать общественные должности. Этот штраф налагался на него судебной коллегией, назначаемой церковью Св. Мартина в Капитолии. Этот указ увеличивал усердие доносчиков расчетом на получение имущества; и можно было судить, насколько деятельно жадность и личная ненависть способствовали выслеживанию еретиков. Папа привлекал городскую общину к интересам инквизиции и обязывал сенатора предоставить ей свою светскую власть. Сенатор становился законным исполнителем судебных приговоров над еретиками, каким, впрочем, был и всякий подеста в других городах. Если это перенесение на сенатора права смертной казни, принадлежавшего раньше префекту, увеличивало его светскую власть, то, с другой стороны, оно унижало его, делая слугой духовного трибунала. Торжественное клятвенное обещание наказывать еретиков связывало его самого, и над его собственной головой висел страшный приговор инквизиции, которым он мог быть признан виновным в нарушении своей обязанности и, следовательно, в ереси. Таким образом, самым важным атрибутом сенаторской власти было то, что ею приводилась в исполнение казнь еретиков, и – что характерно для того времени – обязанность их преследования ставилась первым основным пунктом вообще в уставах как Рима, так и других городов Церковной области. Впрочем, сенаторский указ только применял императорское коронационное распоряжение также и к Риму, где до сих пор противились его введению, так как инквизиция являлась новым средством в руках папы для подчинения народа. Впоследствии были в Риме инквизиторы, которые вначале назначались из францисканского ордена. Когда инквизитор осуждал еретика, то он всходил на ступени Капитолия и прочитывал приговор в присутствии сенатора, его судей и многих депутатов или свидетелей из городского духовенства. Затем выполнение наказания он передавал сенатору с угрозой отлучения в случае отказа или нерадивого исполнения.
Это было ужасное время, выражением которого были эдикты Григория IX, в силу которых выслеживание еретиков становилось высшей обязанностью гражданина; время, когда каждый публичный или частный разговор о каком-нибудь догмате наказывался отлучением, как за преступление. В это суровое время новых мучительств и нового фанатизма, когда благочестивые чувства нашли себе в преследовании еретиков вознаграждение за потерю Иерусалима и за угасавшую ревность к крестовым походам и когда со времени Иннокентия III религиозная нетерпимость христианства низвела его на степень фанатичного иудейского закона, вслед за духовенством стали проявлять свое усердие также и князья, и правители республик. Обремененные долгами короли почти уже не дарили имений церкви; они находили более удобным для спасения своей души сжигать еретиков и конфисковывать их имущество. Некоторым королям пламя костров служило для прославления их благочестия, другие из страха или из расчета старались доказать свое правоверие самыми жестокими преследованиями еретиков. Даже Фридрих II, который по своему образованию и свободомыслию настолько возвышался над своим веком, что позднее его называли предшественником Лютера, издал в 1220 и 1232 гг. самые жестокие законы, ничем не отличавшиеся от папских эдиктов. «Еретики, – говорит он в них, – хотят разорвать неделимую одежду Господа нашего; мы повелеваем, чтобы они были в виду народа предаваемы живыми огненной смерти». Он издавал такие законы тогда, когда заключал мир с папой или нуждался в нем, и эти политические мотивы преследования еретиков были для него еще постыднее, чем если бы эти гонения происходили под влиянием слепого, но искреннего религиозно го фанатизма. Его законы против еретиков находятся в самом резком противоречии с мудрым, опередившим свой век законодательством, данным им в августе того 1231 г. королевству Сицилии.