Победа при Картенуово не имела ожидаемых последствии. Хотя упавшие духом миланцы и другие горожане обещали полное признание власти империи – вассальное подданство, отказ от Констанцского договора и расторжение союза но совершенно ослепленный император требовал безусловного подчинения; тогда благородные граждане приняли геройское решение до последнего человека защищать свою свободу. Стойкое сопротивление городов еще раз спасло папство и скоро император, казавшийся итальянцам лишь безграничным деспотом, увидел что счастье от него отворачивается. Даже присоединение к нему короля Конрада в июне 1238 г. не принудило Брешию к сдаче; горожане не только выдержали убийственную осаду, но и заставили императора отступить от города, что уменьшило его престиж. Стараниями папы был заключен также союз двух великих морских городов, Генуи и Венеции, тогда как в Риме гвельфская партия снова приобрела господство.

Все это побудило Григория вторично начать борьбу со своим могущественным противником и открыто стать на сторону ломбардцев, хотя он и не имел никакого права вмешиваться в борьбу императора с мятежниками против империи. В казавшийся благоприятным момент он сам вызвал самую ожесточенную из войн, бывших между государством и церковью, и заставил Фридриха, как зачинщика, защищаться. Он еще раз 20 марта отлучил его от церкви без фактических основании, и на этот раз римляне не мешали ему. Манифестом он объявил всему христианскому миру об отлучении императора и освободил от присяги его подданных. В старательно составленном перечне грехов Фридриха он прежде всего выставляет то, что император подстрекал город Рим к восстанию против церкви, тогда как в действительности он в 1234 г. спас господство Святого престола.

Когда император в Падуе получил известие об этом объявлении воины, он созвал сейм и через своего канцлера Петра изложил в блестящей речи доказательства своей правоты и неправоты Григория; затем он выпустил в свет свой манифест. Римлян он упрекал в том, что они не помешали опрометчивому поступку папы: «Нам больно, – писал он им, – что римский священник позволил себе в самом Риме нагло клеветать на римского императора, строителя города, благодетеля народа, и граждане при этом не оказали ему никакого противодействия; нам больно, что во всем роде Ромула, между всеми благородными и квиритами, в числе стольких тысяч, не нашлось ни одного человека, который бы возвысил недовольный голос против сделанной нам несправедливости, а мы еще только что присоединили к бывшей в городе военной добыче от древних триумфов новые трофеи наших побед». Он призывал римский народ единодушно восстать в отмщение общей обиды и защитить императора под страхом в противном случае его немилости.

В тот же день послал он ко всем христианским правителям письма, написанные Петром де Винеис, в которых он оправдывался против обвинений, возводимых на него папой, рассказывал о несправедливостях, которым он подвергался от церкви со времени смерти своего отца, изображал Григория IX как честолюбивого и алчного священника, ложного пророка, недостойного папского сана. Он взывал к правителям, чтобы они соединенными силами противостали его чрезмерным притязаниям, и апеллировал к созываемому для разбора его жалоб собору. «Из моря вышел зверь, исполненный имен богохульных, который опустошает все своими лапами, как у медведя, и своею пастью, как пасть льва; телом же он подобен барсу. Зев его отверзается, чтобы извергать хулу на Бога, и не устает произносить такую же хулу на его скинию и на живущих на небе». Такими апокалиптическими аллегориями начинает Григорий свой контрманифест от 21 июня. Эта знаменитая энциклика, в которой жгучая ненависть облечена в торжественность ветхозаветных форм речи, есть один из самых замечательных памятников великой борьбы между империей и папством, римского высокомерия и опьяненной ненавистью страсти священства, его, подобной грому труб, прорицающей речи и его могучей энергии. Григорий старался опровергнуть все обвинения Фридриха, но только здесь в первый раз он обвинял его также в посягательстве на духовную власть и публично клеймил его как богоотступника.

Новое положение, достигнутое папством через иннокентьевское церковное государство, с одной стороны, и новое положение, приобретенное в Италии Штауфенским домом через сицилийское наследство, – с другой, сделались вместе с Ломбардией практическими причинами страшного раздора: церковное государство явилось выражением не только гвельфско-национального направления папства, но и его светской власти вообще; Сицилия была реальной основой для гибеллинской, имперской, идеи. Папы требовали себе верховного ленного права на это королевство, а император сделал его независимым от ленной связи с церковью; папы шли наперекор его намерениям; соединившись с гвельфской национальной партией, они старались помешать осуществлению Гогенштауфенского плана объединения Италии. Исходя из этих причин, борьба новой, созданной Иннокентием III папской монархии с новой императорской монархией разгорелась сильнее прежнего, и исконный разлад тиары и короны возрос в еще более страшном виде как противоречие вообще между политическими стремлениями и духом церкви. Этот доведенный до крайности контраст мог разрешиться только борьбой. Для Фридриха II дело шло о том, чтобы на будущее время отделить светскую власть от духовной, лишить папу всякого политического влияния и отнять у церкви светское владение. Разделение двух властей, этот великий гибеллинский принцип, на котором держится всякая гражданская и политическая свобода, равно как и свобода совести отдельных лиц, вообще все дальнейшее развитие человеческой культуры, было провозглашено с большой решительностью; это и была та реформа, к которой он призывал Европу. Он не мог достичь победы, потому что граждане и дух народа вообще были на стороне папства, а монархический дух в Европе тогда еще не созрел. Если бы великий представитель светских прав, призывавший к себе на помощь королей, нашел себе поддержку в городских сословиях, то папская власть уже тогда была бы разрушена; если бы идеи евангельских еретиков проникли в сознание современников, то разрозненные элементы ереси уже в то время соединились бы в великое течение Реформации. Но Фридрих был врагом демократии и в то же время жег еретиков на кострах. В нем не было никакого реформационного духа в позднейших столетиях; человечество не могло быть охвачено таким духом в то время, когда господствовали верование в папство, инквизиция и энтузиазм Франциска и Доминика; когда тщеславный монах-проповедник вроде Петра Амиенского или Фулько из Нельи мог торжествовать триумфы красноречия; когда его слово в одни час приводило к примирению многие тысячи враждующих граждан, трогало даже такого человека, как Эццелин, и признавалось могущественными городами за равное закону изречение оракула; в то время, когда сам Фридрих, даже в разгар сильнейшей борьбы его с папой, без всякой критики, спокойно признавал за истину притчу о двух небесных светилах, большем и меньшем, т. е. священстве и императорской власти. Естественными свойствами его эпохи больше, чем его собственными, объясняются странные противоречия в характере великого императора, который, будучи отлучен от церкви, предпринимал крестовый поход, сажал за один стол сарацин и епископов, сжигал миноритов и доминиканцев как друзей папы и еретиков как его врагов, был торжественно принят в общество цистерцианцев в Казамари и собственноручно возложил венец на мощи святой Елизаветы в Марбурге; который, подобно Арнольду Брешианскому, считал богатства церкви противными христианскому учению, а между тем его регесты наполнены жалованными дипломами церквям и монастырям и льготными грамотами о епископской юрисдикции.