Скоро Колонна были побеждены, так как остались одинокими. Король Фридрих не прислал никакой помощи; гибеллины в Церковной области не восстали, а в Лациуме единичное восстание Иоанна Чеккано из дома Анибальди не имело значения. Римляне, возившие когда-то брата кардинала Иакова на триумфальной колеснице, остались нейтральными; горожане радовались ослаблению аристократического рода, а Савелли и Орсини воспользовались случаем повредить своим противникам, имениями которых они были потом награждены от папы. Войско крестоносцев начало осаду всех замков Колонна по обеим сторонам Тибра. Прежде других, уже летом 1297 г., сдался Непи. Этот город, бывший раньше свободным, принадлежал в это время Колонна; война партий, притеснения баронов и обеднение привели его к отчаянному решению продаться сильному покровителю. Таким образом, богатый кардинал Петр купил его 3 октября 1293 г. Шиарра и Иоанн Колонна из С.-Вито держались здесь храбро против осаждавших, но помощь, которую они могли по договору требовать от Вико и от Ангвильяры, обманула их; Непи был взят и отдан папой в ленное владение Орсини. В то же время крестоносцы напали на родовые владения Колонна в Лациуме: Цагароло, Колонна и другие замки были сожжены. Дворцы, принадлежавшие этому дому в Риме, были превращены в груды мусора. Только Палестрина оказывала сопротивление. В этом коренном местопребывании их рода Агапит и Шиарра вместе с обоими кардиналами успешно сопротивлялись. Рассказывают, что Бонифаций вызвал из монастыря знаменитого Гвидо де Монтефельтре, который за два года перед тем из-за пресыщения жизнью надел францисканскую рясу, – чтобы с помощью его гения найти дорогу к этому неодолимому циклопическому замку, и что старый гибеллин, убедившись в его неприступности, посоветовал папе взять его хитрыми обещаниями.
Палестрина сдалась на уговоры. В траурных одеждах, с веревкой на шее явились оба кардинала вместе с Агапитом и Шиаррой в Риети (в сентябре 1298 г.) и упали к ногам папы. Бонифаций VIII, окруженный своей курией, в короне, сидел на троне и величественно смотрел сверху вниз на покорившихся и признавших теперь его папой. Он помиловал их и назначил срок для полного окончания спора, до которого они должны были оставаться под надзором в Тиволи. Палестрина и все укрепленные места, принадлежавшие Колонна, были тотчас сданы. Ненависть папы к мятежникам, восставшим на его духовную власть, была теперь безгранична; он хотел сделать безвредным этот род, стремившийся к тирании в Риме, как Висконти в Милане. Наказание, к которому он немедленно присудил Палестрину, обнаружило его намерение. Странная судьба через долгий промежуток времени двукратно излила на этот знаменитый храм Фортуны одинаковую чашу гнева. Сулла, которому сдался Пренесте, сровнял город с землей; через 1400 лет тот же Пренесте сдался папе, и папа с древнеримской яростью тоже снес его с лица земли. Бонифаций дал своему викарию в Риме приказ разрушить Палестрину до основания. Когда Барбаросса, сто лет тому назад разрушивший чуждый ему Милан, или Аттила, в древние времена разгромивший Аквилею, справедливо кажутся варварами, каким именем должен быть назван папа, который в 1298 году хладнокровно разорил город находившийся перед воротами Рима и бывший одним из семи древних епископств римской церкви?
Палестрина находилась тогда, как и теперь, на середине горы, покрытой зеленеющими оливковыми и лавровыми деревьями. Вершину горы венчала Рокка С.-Пиетро, цитадель с башнями, обнесенная первобытно-древними циклопическими стенами, где сидел в цепях Конрадин. Там же были дворцы и много домов. Ниже этой крепости террасообразно спускался обнесенный крепкой стеною город, построенный из развалин храма Фортуны Суллы. В нем находились многие древние дворцы и еще сохранились значительные остатки этого храма. Главный дворец был отчасти античной постройки, которая приписывалась Юлию Цезарю, основываясь на форме буквы С, которую он имел уже и тогда, подобно тому как и нынешний дворец построен в виде такой же кривой линии. С ним соединен был составлявший лучшее украшение города круглый храм, посвященный святой деве, похожий на римский Пантеон, основанием которого служила мраморная лестница во сто ступеней такой ширины, что по ней можно было спокойно въехать верхом. Другие античные памятники, много статуй и бронзовых вещей из неисчерпаемого богатства цветущего периода Пренесте сохранились под охраной любивших искусство Колонна, собравших в своем дворце роскошь того времени, сокровища древности и документы их дома. Все это погибло в несколько дней; пощажен был только собор С.-Агапита. На развалинах проведен был плуг и посыпана соль, подобно тому, говорил со страшным спокойствием папа, как это сделано было на месте древнего африканского Карфагена. Бонифацию VIII, по-видимому, нравилось подражать образу действий древнего римлянина и принимать на себя ветхозаветный вид разгневанного Иеговы. Его перуны были не только театральными: он в самом деле разрушил один из древнейших городов Италии, который, подобно Тускулуму, погиб еще в своем античном виде, хотя он потом и был кое-как снова выстроен.
Подобно тому как Сулла поселил на равнине разрушенного города военную колонию, Бонифаций приказал несчастным его жителям, все частное имущество которых он отобрал в казну, строиться рядом. Они построили хижины на низменном месте, где теперь находится Мадонна делль Аквила; папа дал этому месту название Civitas Papalis и перенес в него местопребывание Палестрине кого кардинала-епископа. В июне 1299 г. он назначил Теодориха Райнерия из Орвието, своего римского викария, епископом нового города, жителям которого он возвратил их имущества в виде лена; но уже весной 1300 г. он, как разгневанный тиран, снова разрушил только что построенное поселение, после чего его жители переселились в другие места и рассеялись. Несмотря на это, Бонифаций вовсе не был врагом городских общин; в числе его актов есть многие, доказывающие, что он добросовестно уважал права городов и великодушно защищал многие общины от притеснений провинциальных легатов.
На варварское разрушение и потерю их имущества Колонна ответили криком отчаяния и злобы. Они громко обвиняли папу в вероломстве; они утверждали, что их подчинение состоялось в силу договора, заключенного римлянами и кардиналом Боккамаци, по которому папское знамя должно было быть водружено на их укреплениях, но последние должны были оставаться в целости. Верность их показаний оспаривал еще в 1311 г. в Авиньоне кардинал Франческо Гаэтани, утверждая, что их покорность состоялась не в силу капитуляции, а безусловно и после сдачи укреплений. И тогда уже суждение об образе действий папы было различно; голос народа признавал измену, и это мнение навсегда было закреплено Дантом. Верно то, что Колонна были обмануты обещаниями, сделанными им от имени папы. Теперь они уже боялись даже за свою жизнь. Говорили, что Стефан, также покорившийся, будет убит подкупленными иоаннитами; и он, и другие члены его дома избежали папского суда бегством, после чего Бонифаций еще раз подверг их отлучению. Он наложил на них опалу, запретил всем городам и странам принимать их к себе, конфисковал их имения и передал большую часть их римским аристократам, в особенности Орсини. В погибель был увлечен также Иоанн Анибальди ди Чеккано, а несчастный фра Джакопоне до самой смерти Бонифация VIII томился в темной тюрьме в Палестрине, откуда он напрасно в трогательных стихах умолял неумолимого папу о прощении.
Колонна бежали кто в одну, кто в другую сторону; свирепый Шиарра скитался, как в древности Марий, по лесам и болотам; рассказывают, что пираты поймали его на марсельском берегу и приковали его к судовой скамье, пока он не был выкуплен французским королем. Оба кардинала скрывались в Этрурии или Умбрии у дружественных им гибеллинов. Стефан искал себе убежища в Сицилии. Но так как он и там не был в безопасности, то переселился к английскому и французскому дворам. Этот благородный человек, бежавший от безграничного гнева нелюбимого миром папы, был принимаем с честью везде, где он появлялся; он представлял собой образец римского изгнанника, так что льстивший ему Петрарка сравнивал его со Сципионом Африканским. Мы еще встретимся с этим знаменитым римлянином в истории города Рима, уже во время трибуна Кола ди Риенцо, когда он уже в глубокой старости стоял на могиле своего несчастного врага Бонифация, а также и на могилах своих детей.