В ходе бурных потрясений, сопровождавших это передвижение, на Синае и в Южной Палестине возникло так называемое гиксосское объединение, возглавляемое семитскими племенами Синая — шасу (откуда само слово «гиксосы», т. е. «цари-шасу»; см. «Загадка гиксосов»), по-видимому, тождественными амалекитам Библии. У хурритов, живших рядом с этим объединением, а частично и вошедших в него, гиксосы заимствовали искусство колесничного боя. В XVII в. до н. э., опираясь на свое колесничное войско, они без труда завоевали Нижний Египет и утвердили свою столицу в Восточной Дельте.

Главными центрами собственно Гиксосской державы были Аварис в Дельте и Газа и Шарухен в Южной Палестине, но зависимость от гиксосских царей Авариса признавали другие гиксосские, египетские и кушитские княжества долины Нила (вплоть до третьего порога), а также, очевидно, племена и области Сирии-Палестины и прилегающих районов Сирийской степи вплоть до Евфрата. На севере тем временем Ямхад (теперь значительно хурритизированный по составу населения) около 1600 г. до н. э. после нескольких войн захватывают хетты.

В середине XVI в. до н. э. и гиксосская, и хеттская зоны власти в Восточном Средиземноморье сменили хозяев: Палестина и Южная Сирия с изгнанием гиксосов из Египта и падением Шарухена перешли под власть египетского фараона Яхмоса I. Гиксосское объединение немедленно распалось, но его племенное ядро из амалекитов-шасу сохранялось на Синае вплоть до I тысячелетия до н. э. В Северной Сирии хеттская власть рушится благодаря набегам верхнемесопотамских хурритов, и вскоре она подпадает под верховную власть возглавившего этих хурритов государства Митанни. Таким образом, к концу XVI в. до н. э. Восточное Средиземноморье оказалось поделено между Египтом и Митанни.

Этот геополитический переворот, а также почти одновременные перемены в металлургии и других ремеслах (в частности, открытие производства пурпурной краски финикийцами) позволяют выделять несколько последующих веков (конец XVI–XII в. до н. э.) в Позднебронзовый период истории Сирии-Палестины. Первое его столетие оказалось занято почти непрерывной борьбой между Египтом и Митанни за безраздельный контроль над Восточным Средиземноморьем. Однако несмотря на периодическую реализацию планов обеих сторон, оказалось, что ни египтяне не могли удержаться на Евфрате, ни митаннийцы — в Палестине. Осознав это, в конце XV в. до н. э. воюющие стороны договорились о прочном разделе Восточного Средиземноморья на митаннийскую Северную Сирию и египетскую Южную Сирию — Палестину. С другой стороны, с середины XV в. до н. э. самостоятельные попытки отобрать у митаннийцев сирийские владения предпринимают хетты.

В итоге в третьей четверти XIV в. до н. э. хеттский царь Суппилулиума разгромил и Митанни, и Египет и овладел практически всем Восточным Средиземноморьем. К этому времени египетское господство в Азии по большей части превратилось в фикцию из-за раздоров вассальных царьков и всесилия орд «хапиру» — своего рода казаков Сирии-Палестины, бежавших в горы Ливана от двойного гнета этих царьков и египетских фараонов. Часть хапиру под водительством удачливого вожака Абди-Аширты создала государство Амурру в Северном Ливане, а другая вторглась при Эхнатоне в Палестину и основательно разорила ее.

В начале XII в. до н. э. Восточное Средиземноморье подвергается нашествиям эгейско-анатолийских народов (так называемые «народы моря»). Как уже не раз говорилось выше, их первые появления в регионе отмечены еще в конце XIII в. до н. э. (набеги ахейцев на Кипр и Египет), а после «Троянской войны» часть победителей-ахейцев и другие народы бассейнов Эгейского и Ионического морей (тевкры Троады, пеласты с Южных Балкан, сикулы Южной Италии — Сицилии), пройдя Юго-Западную Малую Азию и Киликию, обрушились на Восточное Средиземноморье. Они разгромили Кипр, Каркемиш, флот Угарита, уничтожили государство Амурру в Ливане, разорили Сидон и Тир и, наконец, напали на Египет (ок. 1190 г. до н. э.), но, отброшенные египтянами, осели на побережье Палестины.

Здесь пришельцы понемногу слились в единую массу «филистимлян» (т. е. «пелесет»; впрочем, в течение столетия еще вели обособленное существование «теккер»), основали так называемую филистимскую конфедерацию. Вскоре они усвоили культуру и язык местного населения. От их имени происходит само название «Палестина». Между тем Рамсес III восстановил египетскую власть над побережьем Восточного Средиземноморья, а хеттская династия в Каркемише пережила нашествие «народов моря» и объединила Сирию и Юго-Восток Малой Азии под своей властью (впрочем, к концу XII в. до н. э. это царство распалось на осколки, так называемые «позднехеттские» царства). Оправились и финикийские города. Уже в XII в. до н. э. отстроился Сидон, а группа выселенцев из него заняла и обустроила Тир (после чего все финикийцы стали обобщенно именоваться «сидонянами»).

Типичным городом-государством этого времени является Угарит, ведший обширную торговлю с Двуречьем, Египтом и Малой Азией, Палестиной, а также заморскими странами. В городе имелся особый квартал, населенный микенскими греками. Отсюда микенские изделия ввозились в глубь страны и далее в Месопотамию. Товарные отношения в Угарите достигли такого масштаба, что цари собирали с сельских общин подати металлами — медью и серебром.

Все свободное население страны делилось на три сословия: «сыны страны Угарит» — земледельцы-общинники, роль которых постоянно уменьшалась; «царские рабы» — приближенные царя, получавшие от него земельные наделы; многие из них сохраняли свои общинные наделы и формально не порывали связи с сельской общиной; наконец, «рабы царских рабов» — лица, не имевшие своей земли и сидевшие на землях служилой знати. Это были разорившиеся земледельцы, утратившие свои земли и связь с общиной, и частично пришлые люди, чужеземцы-изгои (хапиру). На царской службе, кроме крупных и средних землевладельцев, находились также купцы и откупщики, называвшиеся, как и в Вавилонии, «тамкарами». Рабов в собственном смысле слова было мало. Политически Угарит подчинялся царям удельного Хеттского царства со столицей в Каркемише, а через него — великим царям Хатти. Судьба сурово обошлась с Угаритом. На пике своей славы и процветания город торговцев был сметен мощным землетрясением в конце XIII в. до н. э.

К концу XII в. до н. э. власть Египта в Азии слабеет и исчезает, и в следующие десятилетия финикийцы (прежде всего Тирское царство «сидонян») самостоятельно осуществляют так называемую великую финикийскую колонизацию Западного Средиземноморья (в Восточное, исключая Кипр, финикийцев не пускали греческие пираты). Около 1100 г. до н. э. молодежь Тира основала крупный город Утику в Северной Африке, примерно в то же время создается тирская колония в Испании — Гадир (Гадес, совр. Кадис), а затем финикийцы появляются на западе Сицилии, на Сардинии, Мальте и Балеарских островах.

Одновременно, на рубеже XII–XI вв. до н. э. ассирийский царь Тиглатпаласар I на короткое время подчинил позднехеттские царства Сирии и Финикию, где ему покорился Сидон. Однако ассирийская власть здесь оказалась эфемерной: арамеи Южной Сирии во второй четверти — середине XI в. до н. э. двинулись на север и вышли к Евфрату, заняв значительную часть Северо-Центральной Сирии и потеснив «позднехеттских» князей (то было начало великого арамейского расселения, в X в. до н. э. чуть не погубившего саму Ассирию). В середине XI в. до н. э. здесь образовались ранние арамейские царства. Примерно в то же время, около середины XI в. до н. э., Тир подчинил себе Сидон и другие города, объединив всю Южно-Центральную Финикию в «царство сидонян» (в общем значении «финикийцев»). В науке его называют Тиро-Сидонским царством.