Таким образом, сперва термин «Месопотамия» относился только к Верхнему Междуречью. Кроме того, в древнееврейском языке существовал термин «Нахараим», дословно «Страна двух рек» (русский синоним этого названия «Двуречье»). Так древние евреи называли Верхнюю Месопотамию. Греческий термин «Месопотамия» (Междуречье) оказывался тем самым синонимичен по охвату библейскому «Нахараим» (Двуречье).

Наконец, в начале нашей эры римские географы Плиний и более поздние ученые распространили термин «Месопотамия» и на Нижнюю Месопотамию (Вавилонию), закрепив тем самым географическое понятие «Месопотамия» в современном смысле этого слова. Точно так же современное русское понятие «Двуречье» охватывает всю Месопотамию.

История Древней Месопотамии охватывает несколько тысячелетий, и в ней невозможно ориентироваться, не представляя себе заранее ее периодизации. В общей сложности, в истории Месопотамии выделяются следующие эпохи.

Время VI — начало IV тысячелетия до н. э. падает на период становления и развития так называемой убейдской археологической культуры (названа так по поселению эль-Убейд в Ираке близ Ура, где были когда-то раскопаны характерные для этой культуры памятники). Носители убейдской культуры строили города и храмы, и единственное, чего им не хватило для признания современной наукой первой месопотамской цивилизацией, — это открытия письменности. Убейдская культура охватывала как юг, так и север Месопотамии, а также ее восточные окраины. Вопрос об этнической принадлежности людей убейдской культуры сложен и не решен до конца.

Большая часть IV тысячелетия до н. э. образует эпоху так называемой культуры Урук. Характерные для нее памятники были обнаружены в соответствующих слоях городища Урук и отличаются от убейдской культуры керамикой и характером погребений. Кроме того, в тот период зафиксированы первые памятники месопотамской письменности — хозяйственные документы на глиняных табличках, представляющие наиболее раннюю, пиктографическую (рисуночную) стадию письма на шумерском языке. Архив этих документов найден на самом городище Урук. Носители культуры Урук были несомненно шумерами.

Вслед за эпохой Урук археологи выделяют эпоху Джемдет-Наср — конец IV тысячелетия до н. э., названную по имени еще одного городища, где обнаружен более поздний архив табличек, демонстрирующих дальнейшее развитие рисуночной письменности. Иногда эпохи Урук и Джемдет-Наср объединяют в «Протописьменный период».

С переходом от пиктографии к полноценной системе словесно-слоговой письменности и рядом других перемен в материальной культуре и социальной жизни начинается следующий, Раннединастический период истории Месопотамии (конец IV тысячелетия до н. э. — XXIV в. до н. э.). Это было время существования шумерских городов-государств. Именно в Раннединастический период наряду с шумерами вторым компонентом населения Нижней Месопотамии оказываются восточные семиты — аккадцы. По археологическим критериям Раннединастический период подразделяется на три этапа: начало III тысячелетия, вторая его четверть и середина — третья четверть III тысячелетия до н. э. Грань первого и второго из них образует грандиозное наводнение, навеки оставшееся в памяти месопотамцев — так называемый «Великий потоп» (ок. 2950 г. до н. э.).

В конце XXIV в. до н. э. вся Нижняя Месопотамия впервые оказывается объединена в империю с неограниченной властью царя — деспотию. Эта империя была создана династией Аккада (XXIV–XXII вв. до н. э.) и восстановлена так называемой III династией Ура (конец XX–XXI в. до н. э.). Державу Ура сокрушило около 2003 г. до н. э. нашествие новых семитских кочевников — амореев. Ее государственность пыталась продолжать I династия Иссина (2017–1794 г. до н. э.), однако большая часть страны вскоре вышла из-под ее контроля, и Месопотамия распалась на множество царств. Времена правления «имперских» династий Аккада и Ура объединяют в период первых централизованных деспотий в Двуречье (ок. 2316–2003 гг. до н. э.).

Новое объединение Месопотамии осуществил лишь к середине XVIII в. до н. э. знаменитый вавилонский царь Хаммурапи, сам происходивший из аморейской династии. Время правления этой династии в Вавилоне рассматривается как особый, Старовавилонский период в истории Двуречья (1895–1595 гг. до н. э.). После нее власть над Вавилонией перешла к династии из пришлого народа горцев-касситов; ее правление образует следующий, Средневавилонский период (ок. 1595–1150 гг. до н. э.). Касситскую династию низвергло нашествие других горцев — эламитов, жителей Юго-Западного Ирана, и время с конца II тысячелетия до 539 г. до н. э. — года персидской аннексии Вавилонии — ученые рассматривают как Нововавилонский период. Стоит отметить, что крайний юг Нижней Месопотамии, заселенный потомками аккадизированных шумеров, нередко обособлялся от властей, сидевших в Вавилоне (в частности, при так называемой династии Приморья, 1722-ок. 1460 гг. до н. э.).

Еще в то время когда в Вавилоне правили касситы, в XIV в. до н. э., город-государство Ашшур, лежавшее на крайней северной периферии шумеро-аккадского ареала, подчинило обширные окрестные территории и превратилось в могущественную Ассирийскую державу. Дальнейшую историю этого царства, вплоть до его уничтожения Вавилоном и его союзниками в конце VII в. до н. э., делят на Среднеассирийский и Новоассирийский периоды, гранью которых служит нашествие на Месопотамию очередной волны семитских кочевников — арамеев, состоявшееся на рубеже XI–X вв. до н. э.

В низовья Тигра и Евфрата человек проник довольно поздно — в VI тысячелетии до н. э., в эпоху развитого неолита. Первыми насельниками Южного Двуречья были субареи — выходцы с северо-востока, из предгорий Загросского хребта. К концу VI тысячелетия они освоили болотистый край вплоть до «Горького Моря» и основали здесь древнейшие известные нам огражденные поселения Месопотамии — протогорода. Нижнемесопотамские субареи создали особую, убейдскую археологическую культуру, существовавшую в V — начале IV тысячелетия до н. э. («убейдское тысячелетие»). Убейдцы владели навыками выплавки и обработки меди (соответствующие термины были позднее переняты от убейдцев шумерами) и весьма быстро расселились на огромных просторах от Центрального Загроса через Верхнюю Месопотамию и Сирию до Средиземного моря, а также до Северо-Восточной Аравии, включая Бахрейн.

Кем же были носители убейдской культуры? Многие авторы считают их шумерами. Однако, во-первых, они различались керамическими стилями и характером погребений, что обычно связано с приходом нового этноса. Во-вторых, в шумерском языке обнаружены заимствования из какого-то более древнего языка: это некоторые термины ремесла, имена (в том числе имена богов), получившие названия «банановых», так как по структуре они напоминают английское слово banana. Таковы, например, имена богов Алалу, Кубаба, Забаба и др. «Банановые» имена были распространены у людей, живших к северу от Шумера, в стране, именовавшейся «Субар» (где тоже была распространена убейдская культура), а богов с «банановыми» именами почитали впоследствии по всей Передней Азии как древнейших. Наконец, сами шумеры считали, что их история началась некогда с двух общин — «Эреду» и «Су-бар». Отсюда следует, что убейдская культура принадлежала особому народу, который говорил на «банановом» языке и являлся предшественником шумеров в Нижней Месопотамии.

Исследователю месопотамской культуры убейдцы запоминаются первыми, еще очень примитивными доспехами в виде кожаных перевязей с нашитыми на них медными бляхами и странными островерхими шлемами или масками, закрывающими все лицо и имитирующими морды рептилий с удлиненным, полого уходящим назад навершием. Такие маски носили вожди или жрецы убейдцев. Несмотря на успехи в развитии ремесел и строительстве храмов, ни серьезного процветания, ни великого могущества убейдцы так и не добились, поскольку еще не умели проводить крупномасштабных ирригационных работ. Без таких работ в Месопотамии нельзя было добиться больших урожаев, а без них невозможно было достичь такого уровня хозяйства и накопления запасов, который позволил бы ускоренно развивать культуру, содержать властную верхушку или требовал бы появления письма для хозяйственного учета. В результате убейдцы так и не вышли за рамки первобытнообщинного строя. В то же время убейдские представления о богах оказались очень авторитетны для их соседей и преемников.