Вопрос об этнической принадлежности хараппцев встает также в связи с обследованием антропологических материалов, выявившим разнообразие антропологических типов населения, среди которых преобладает европеоидный средиземноморский тип, но присутствует также монголоидный и прото-австралоидный. Эти данные свидетельствуют о многообразии истоков сложения хараппской общности, в которой были интегрированы различные регионы с разным типом населения.

Истоки протоиндийской цивилизации и процесс ее сложения — одна из самых дискуссионных проблем, связанных с этой эпохой. Наиболее распространено мнение о сложении хараппской культуры на основе существовавших здесь прежде раннеземледельческих культур. Выразительный в этом отношении материал дали раскопки поселения Мехргарх в Белуджистане, где прослеживается развитие культуры ранних земледельцев в период неолита и энеолита. Для последнего периода в Мехргархе характерны расписная керамика, производство медных изделий, глиняные фигурки. Интересная линия развития просматривается и на поселении Кот-Диджи, расположенном в среднем течении Инда, где представлены и дохараппские, и собственно хараппские культурные слои. Исследование ранних стадий развития протоиндийской цивилизации сильно затруднено мощными аллювиальными отложениями в долине Инда, которые значительно превышают уровень нижних культурных напластований. Так, в Мохенджо-Даро не удалось вскрыть нижние культурные горизонты из-за того, что они перекрыты грунтовыми водами.

Проблемным остается также вопрос о завершающем периоде развития протоиндийской цивилизации. Признаки ее упадка проявляются уже в первой половине II тысячелетия до н. э. и становятся отчетливо выраженными в середине тысячелетия: города теряют четкую планировку, и застройка их становится все более хаотической, появляются постройки посредине бывших широких улиц, утрачивается традиция строительства монументальных общественных зданий, исчезают большие благоустроенные дома, деградирует ремесло и сворачивается торговля. Преобладает мнение об экологических причинах упадка хараппской цивилизации. В этот период происходит иссушение долины и в особенности системы реки Гхаггар, где находились важнейшие хараппские центры. Высказывается также предположение об истощении ресурсов Индской долины, о естественном процессе «старения» цивилизации, исчерпавшей возможности своего развития. Дальнейшие судьбы населения Индской долины и в особенности Пенджаба были связаны с приходом ариев в конце II тысячелетия до н. э., которые находились на более низкой стадии общественного развития.

Древний город на холме Мохенджо-Даро был обнаружен в 1921 г. при обследовании буддийской ступы, возвышающейся на его вершине. В 1924–1927 гг. Дж. Маршалл проводил здесь первые систематические археологические исследования. Площадь древнего города оценивается более чем в 80 га, как и большинства протоиндийских городов; его территория делится на две неравные части — «цитадель» и «нижний город». «Цитадель» Мохенджо-Даро была выстроена на массивной платформе из кирпича, которая имела пятиметровую высоту. Сооружения «цитадели» имеют очень большую площадь — некоторые более 1000 кв. м — и служили зданиями государственного значения.

Конкретное назначение этих построек трудно определить однозначно. Одно из зданий представляло собой обширный зал с параллельными рядами колонн; в литературе он фигурирует под названием «зал заседаний». Большое разделенное на отсеки сооружение, как предполагается, было государственным зернохранилищем. Уникальным сооружением «цитадели» является большой прямоугольный бассейн, выстроенный из кирпича, обмазанного водоупорным материалом, и снабженный продуманной системой поступления воды и ее слива. В воду вели широкие лестницы, по периметру бассейн был окружен галереей и комплексом построек, имевших многочисленные комнаты. По-видимому, этот искусственный водоем служил для ритуальных омовений, которые совершали важные государственные лица.

Значительная часть «цитадели», однако, перекрыта той самой буддийской ступой, которая не позволяет вскрыть лежащие ниже слои. Обширное пространство «нижнего города» застроено прямоугольными кварталами, главной осью города служил широкий «проспект» около 10 м шириной. Жилые дома в период развития цивилизации имели по 5–9 комнат, большая высота их стен (до 6 м) считается результатом надстраивания, поскольку вокруг домов быстро нарастал культурный слой. Крыши домов были плоскими. Система водостоков пронизывала все улицы и дома, здесь находят глиняные трубы, соединенные муфтами, по которым вода выводилась из домов, колодцы, тщательно продуманную систему водостоков, протянувшихся вдоль улиц. Отдельно располагались ремесленные кварталы города.

В последние века существования города дома становятся меньше и планировка их приобретает более стандартный вид, нарушается стройность застройки города. Нижние слои Мохенджо-Даро не исследованы, поскольку находятся ниже уровня грунтовых вод, мощность же раскопанного культурного слоя очень велика — до 20 м.

Письменность цивилизации долины Инда — центральная проблема в ее изучении. Именно отсутствие достаточно пространных текстов является препятствием для того, чтобы составить полноценную картину жизни этого древнего общества, его общественного и политического устройства, религии и хозяйствования. Краткость и однотипность хараппских надписей препятствует, собственно, и полноценной дешифровке самой письменности. Надписи присутствуют на печатях и каменных пластинах, они предельно коротки и состоят большей частью из нескольких знаков.

В отечественной науке наиболее систематические исследования были предприняты группой Ю. В. Кнорозова, применившей к этому материалу новейшие методы лингвистики. В результате этой работы, а также опыта предшествующих исследований, были сделаны выводы об основных характеристиках письменности и языка Хараппы: направление письма справа налево, иероглифический характер письменности. Применение метода позиционной статистики позволило выявить сочетаемость слов, позицию частей речи в тексте, что помогло составить представление о характерных особенностях языка надписей.

Было высказано предположение о том, что это был протодравидийский язык, т. е. язык, родственный современным языкам дравидов, живущих в Южной Индии. По своему содержанию надписи состоят, предположительно, из имени владельца печати и календарных обозначений.

Искусство индской цивилизации известно нам по находкам печатей и скульптуры. Среди находок скульптурных изображений особенно много мелких глиняных фигурок животных и людей. Это большей частью женские фигурки, представляющие собой фронтальное изображение с симметричным расположением рук, вытянутых вдоль тела. Их головы увенчаны сложными головными уборами; глаза, губы и украшения — ожерелья и многочисленные браслеты на руках и ногах — выполнены в виде налепов. Эти фигурки типологически близки обычной глиняной пластике раннеземледельческих культур и имели сакральный смысл, отражающий культ плодородия и продолжения жизни.

Известна и бронзовая скульптура: так, великолепно выполнена фигура девушки-танцовщицы, стоящей в естественной позе, — как будто она отдыхает после танца. Левая рука ее также унизана браслетами — до самого плеча; обращает на себя внимание негроидный тип лица девушки.

Известен также небольшого размера каменный бюст, который обычно считается изображением жреца, с аккуратно подстриженными волосами и бородой, выпуклыми губами и широким прищуром глаз с опущенными веками. Его одежда перекинута через левое плечо и украшена крупными трилистниками, а волосы подвязаны лентой. Изображения животных главным образом представлены глиняными фигурками быков; имеются также глиняные модели повозок с колесами, в которые запряжены быки.