Под лозунгом восстановления лежавших в небрежении древних храмов Набонид «отстраивал» храмы, вовсе не нуждавшиеся в этом, якобы по древним образцам (на деле не имевшим ничего общего с его архитектурными пристрастиями). Так он «восстановил» храмы в Сиппаре, Уре, Борсиппе и других городах Нижнего Двуречья. Действительная причина такой политики крылась в том, что в ходе перестройки храма царь полностью брал его под контроль, заново назначая жреческий персонал и меняя ритуал. Все это вызвало острейший конфликт между Набонидом и жречеством главных автономных городов Вавилонии, прежде всего самого Вавилона.

Между тем Кир Персидский, захватив власть над землями Мидийской державы и завоевав вдобавок к ней много других стран, с середины 40-х годов VI в. до н. э. стал готовить поход на Вавилонию. Перед лицом этой угрозы Набонид вернулся в Вавилон и пытался было организовать оборону, причем не преминул использовать и эту ситуацию для проведения своей политической линии. Так, он предписал вывезти в Вавилон статуи богов из большинства вавилонских городов якобы для того, чтобы избавить их от опасности захвата врагом, а на деле — чтобы лишить местные храмы их главных реликвий и сосредоточить их под контролем царя. Несколько крупных городов Вавилонии вообще отказались выполнять этот приказ.

Режим Набонида пользовался такой ненавистью у граждански-храмовых общин автономных городов, что вторжение персидских войск Кира было воспринято ими как освобождение, и Кир без особенного труда овладел страной (539 г. до н. э.). Персы обошли мощные укрепления Вавилонии, переправились через реку Тигр и при Описе наголову разгромили Набонида, который выступил было им навстречу, оставив в Вавилоне Валтасара. Затем персы взяли Сиппар. Отсюда Набонид бежал в Вавилон, но и этот город был уже в руках персов, которые проникли туда по руслу канала, отведя из него воду в озеро.

Кира в Вавилоне встретили торжественно как нового царя-освободителя от тирании Набонида. Сам Набонид был сослан на восток, в Иран, Валтасар после попытки мятежа казнен, большая часть Нововавилонской державы обращена в провинции империи Кира, а коренная Вавилония номинально составила особое царство, находившееся с персами в личной унии. Статуи богов, свезенные в Вавилон, Кир вернул по родным городам, а всем депортированным в Вавилонию и их потомкам (в том числе угнанным иудеям) также предоставил возможность вернуться в родные края.

Вавилония пала так быстро, что в Ветхом Завете держава Навуходоносора названа «колоссом на глиняных ногах». По другой знаменитой ветхозаветной легенде накануне входа персов в Вавилон Валтасар, беззаботно пируя, увидел на стене загадочное светящееся пророчество: «Мене, мене, текел, упарсин», — которое смог, наконец, растолковать Валтасару древнееврейский мудрец Даниил: «Мене» значило, что исчислено богом царство Вавилона и положен ему конец; «текел» ким (т. е. пустым, ничтожным); «упарсин» — что царственность Вавилона будет отдана мидянам и персам.

По смерти Кира персидское господство оказалось тяжким; вавилоняне с неслыханным упорством и ожесточением раз за разом восставали против него, пока Ксеркс в 482 г. до н. э., подавив последнее из них, не упразднил Вавилонское царство и не ликвидировал главное ритуальное воплощение его государственности — святилище бога Мардука с его статуей. После этого вавилоняне навсегда перестали бунтовать против персов, так как без статуи Мардука было невозможно короновать по должному обряду нового царя и обеспечить ему тем самым усиленную поддержку богов, а без такой поддержки свергнуть персидскую власть в Вавилоне не надеялись.

Как упоминалось, Навуходоносор II невиданно украсил и расширил Вавилон (население которого составило до полумиллиона человек), возведя там несколько сооружений, считающихся сегодня уникальными вершинами древневосточного градостроительства и искусства. Прежде всего это главный храм Вавилона и всей страны — храм Мардука (точнее Бела-Мардука, по-аккадски «Господа Мардука»), известный также под названием Эсагила (шумерск. «Дом, в котором поднимают голову»). Там обитал не только Мардук, но и его обширное божественное семейство: его супруга Иштар, сын Набу и др. Храм имел при себе храмовую башню-зиккурат — Этеменанки (шумерск. «Дом краеугольного камня неба и земли»), знаменитую «Вавилонскую башню» ветхозаветных преданий. Храм и зиккурат находились в самом центре Вавилона. Территория храма представляла собой прямоугольник, ориентированный по сторонам света. В храмовом святилище стояла массивная золотая статуя Мардука — главная реликвия Вавилона.

Ступенчатая храмовая башня-зиккурат являлась непременным дополнением главного храма каждого крупного месопотамского города. Шумеры строили их трехступенчатыми в честь верховной троицы своего пантеона — бога воздуха Энлиля, бога вод Эа и бога неба Ану. У вавилонян и ассирийцев зиккураты имели по семь ступеней, в честь коллегии семи великих богов-игигов. Такова и была «Вавилонская башня», напоминавшая ступенчатую пирамиду с основанием в 185 и высотой 90 м. Семь этажей башни были выкрашены каждый в свой цвет: черный, белый, пурпурный, синий, ярко-красный, серебряный и золотой. На вершине находилось святилище Мардука с пышным прекрасно убранным ложем и золотым столом для трапезы бога.

Иноземцам, которые лицезрели башню, казалось, что ее строители замышляли добраться до самого неба. Отсюда и предание о том, что башню строили в незапамятные времена именно как лестницу в небеса и уже приближались к цели, когда напуганные сим дерзким замыслом боги смешали языки строителей; те больше не понимали друг друга и разошлись по земле, дав начало всем народам и племенам с их различными языками, а башня навеки осталась недовершенной.

Другой достопримечательностью Вавилона при Навуходоносоре являлись опоясывающие его стены: внутренняя «Великая стена» по имени «Услышал бог Эллиль» и внешняя, более низкая стена «Вал» по имени «Местожительство бога Эллиля». Вавилонские стены получили название в честь верховного божества города Ниппура, а в этом городе, также окруженном двумя стенами, по своего рода «обмену почестями», они назывались в честь вавилонского Мардука.

В стенах имелось восемь ворот, которым придавалось священное значение. От каждых ворот внутрь города пролегал прямой широкий проспект; он вел к одному из храмов города, а за воротами начиналась дорога в тот город, где почитался бог, в честь которого были названы соответствующие вавилонские ворота, проспект и храм. Так, ворота богини Иштар — это дорога в город Агаде (Аккад), ворота бога Нинурты — дорога в Киш, ворота бога Эллиля — в Ниппур, а ворота бога Шамаша — в Ларсу.

Главным парадным входом Вавилона служили «Ворота Иштар», облицованные глазурованным кирпичом: по синему фону чередовались друг с другом золотистые фигуры могучих быков и драконов. Перед воротами, по обеим сторонам от них, были возведены два высоких дворца, между которыми проходила так называемая «Дорога процессий». Выходившие на нее стены дворцов тоже были облицованы глазурованным кирпичем: по бирюзовому фону разбросаны золотистые и серебристые изображения львов, пальмообразных колонн и других украшений. Сама дорога, по которой статую Иштар в праздники переносили из ее храма в гости к супругу в его храм, как и служивший ее продолжением в черте города главный проспект, достигали 10–20 м. ширины. Их мостовая была вымощена плитами розового известняка, а обочины — белого (сейчас все это экспонируется в Переднеазиатском музее Берлина).

Чудом света считались в древности вавилонские «Висячие сады», по ошибке приписанные молвой царице Семирамиде.

В действительности «Висячие сады» были сооружены Навуходоносором ради его жены — мидянки Амитиды; живя в равнинной Месопотамии, она тосковала по родным горам, и царь построил для нее искусственные горы: на насыпях и террасах, поднятых на большую высоту, были разбиты роскошные сады. Царь приказал посадить там такие же деревья и цветы, какими его жена в юности любовалась на родине.