Египетские жрецы Позднего времени, ставшие, как уже говорилось, особой замкнутой корпорацией, были заняты не только сохранением необходимого для сношений с богами ритуала, но и систематизацией и развитием накопленных ими знаний о мироустройстве (т. е. о божественных силах, действующих в мироздании). Традиция гимнов Амону как верховному божеству в эпоху Нового царства находит свое продолжение в текстах его храма в Хибисе, времени начала первого персидского владычества. Здесь Амон не просто описывается как универсальное божество путем сопоставления с различными богами, но и проводится мысль о том, что мир во всем своем многообразии состоит, в сущности, из множества проявлений Амона, возникших благодаря его благости. В религиозных текстах IV в. до н. э., в течение которого постоянно довлели опасения по поводу возможного нового нашествия персов, особое значение приобретает мотив борьбы благого бога с воплощением зла — Сетом или Апопом: в частности, борьба с последним «мощного дланью» бога Хора, олицетворяющего царя, оказывается мотивом текста так называемого наоса из Сафт эль-Хенне (егип. Пер-Сопд — город к востоку от Дельты Нила) времени Нектанеба I.

Но особенно примечательна разработка в духовной жизни Египта с середины I тысячелетия до н. э. мифологических сюжетов, связанных с возникновением мироздания. Самым ранним из таких космогонических произведений можно считать так называемый «камень Шабаки» — датированную временем этого напатского царя-завоевателя Египта запись на каменной плите текста, который ранее содержался в начавшем разрушаться папирусе. В качестве создателя мира в этом тексте предстает мемфисский бог Птах: творение совершается им при помощи называния имен («зубами и губами уст» бога) всех живых существ и предметов, образы которых (в качестве их «двойников»-ка) Птах до этого замыслил «в своем сердце».

Трудно сказать, насколько достоверно сообщение о копировании на «камень Шабаки» исходного более древнего текста: с одной стороны, язык его действительно очень архаичен, с другой — намеренная архаизация религиозных памятников, воспроизведение в них стиля и языка чрезвычайно древних образцов (вплоть до III тысячелетия до н. э.) является общей тенденцией середины I тысячелетия до н. э. (в какой-то мере именно она стала основанием для введения применительно ко времени XXVI династии термина «Саисское возрождение»). Таким образом, текст «камня Шабаки», по крайней мере, в его окончательном виде, вполне может соответствовать развитию египетской религии в Позднее время.

Существенно сопоставление в этом тексте «творящего слова» («зубов и губ уст») Птаха с «семенем» и «пальцами» бога Атума, т. е. проведение параллели между мемфисской космогонией «камня Шабаки» и космогонией, связанной с гелиопольским богом Атумом и зафиксированной в целостном виде в значительно более позднем (конец IV в. до н. э.) папирусе Бремнер-Ринд I. Согласно этому тексту, бог Атум возник на холме, появившемся среди вод первобытного океана Нуна и, как и Птах, замыслил в себе образы всего, что должно было далее возникнуть. После этого он оплодотворяет себя, проглотив добытое при помощи мастурбации собственное семя, и порождает богов Шу и Тефнут (персонификации пронизанного светом воздуха и влаги), которые далее порождают богов Геба и Нут (персонификации земли и неба). Обе космогонические системы сходны в том, что сводят процесс возникновения мира к некоему единому началу, воплощенному в боге-творце.

Значительно более сложная космогоническая схема возникает во второй половине I тысячелетия до н. э. в Фивах на основе взаимодействия местной религиозной традиции с представлениями Гермополя (очевидно, она существовала уже в IV в. до н. э., но отразилась в целом ряде текстов уже в эллинистический период; эта концепция активно изучалась в 20-е годы прошлого века немецким египтологом К. Зетэ). Согласно этой схеме, творение мира было четко отделено от предшествовавшего ему времени, когда существовали четыре пары («восьмерка» — егип. хемену, греч. огдоада) первоначальных божеств, персонифицировавших первобытную материю («Океан» — боги Нун и Наунет), бесконечность пространства (Хух и Хаухет), мрак (Кук и Каукет) и нечто «невидимое» (Амон и Амаунет). В мире до начала творения, таким образом, уже существовали материя и пространство (идея творения из ничего была чужда египетским, как и любым архаичным представлениям), однако отсутствовало важнейшее условие дифференциации материи на конкретные, имеющие зримые очертания, предметы — пронизанный светом воздух.

Подлинное творение начинается со смертью богов «восьмерки», а также Амона Кематефа («Завершившего время свое») — персонификации времени до творения; местом их погребения считался район Мединет Абу на западном берегу Нила напротив Фив — и выражается в творческой деятельности другой ипостаси Амона — Ир-та («Создавшего землю»). Эта фиванская космогоническая концепция сложна не только персонификацией в ее образах довольно абстрактных онтологических категорий, но и переплетением в ней сразу нескольких других космогонических и мифологических систем (Кематеф и Ир-та в определенном контексте могут быть сопоставлены с Осирисом и Исидой, Ир-та — с мемфисским демиургом Птахом, «восьмерка» изначальных богов заимствована в эту концепцию из Гермополя и т. д.).

Нет никакого сомнения, что отдельные составляющие этих космогонических систем восходят, как это и предполагается содержащейся в тексте «камня Шабаки» отсылкой, действительно к очень давнему времени. В то же время той фазы, на которой стала возможна систематизация этих составляющих, их сведение в целостную и по возможности непротиворечивую систему (в том числе путем синтеза разных по своим местам возникновения представлений), египетская религиозная мысль достигла, вероятно, все же лишь к середине I тысячелетия до н. э.

Античные авторы сохранили крайне мрачные воспоминания египтян о завоевании Египта Артаксерксом III, в частности сообщения об убийствах им священных животных и иных святотатствах. Видимо, их реальной основой были посягательства персов на достояние египетских храмов, новая кампания по вывозу в Персию культовых изображений, утвари и священных текстов. Помимо прочего, подверглись депортации и некоторые категории жрецов, в частности служители богини Сохмет, олицетворявшей губительную силу эпидемий, которые, по «специфике» своего божества, владели врачебными знаниями; биографическая надпись одного из этих жрецов, знатного уроженца Гераклеополя Сематауитефнахта, дошла до нас уже от начала периода эллинизма.

Однако похоже, что, несмотря на это, персы не смогли установить прочного владычества над всем Египтом. Где-то в 337–335 гг. до н. э., после смерти Артаксеркса III, борьбу с ними начал некий Хаббаш, видимо, иноземец, принявший титул фараона и продержавшийся у власти, пока в Персии происходили внутренние неурядицы. Однако новый персидский царь Дарий III сумел нанести ему поражение и вернуть Египет под свою руку.

С началом Восточного похода Александра Македонского персы были вынуждены отозвать из Египта крупные контингенты войск во главе с сатрапом Сабаком, который в 333 г. до н. э. погиб в битве при Иссе. Вскоре после этого в Египет, показавшийся в такой ситуации сравнительно легкой добычей, вторгнулся с небольшим войском македонский авантюрист Аминта, однако его предприятие окончилось неудачей.

Столь бурное время, ознаменованное, ко всему прочему, полным прекращением храмового строительства и большими трудностями в отправлении ритуала (как по экономическим причинам, так и ввиду отсутствия в стране легитимного царя, от имени которого этот ритуал можно было бы совершать) надолго осталось в памяти египтян как подлинная катастрофа.