Около второй половины XXIX в. до н. э. в Египте воцаряется II династия. Первые ее правители решили обосноваться в Мемфисе насовсем: в Саккара переносится царский некрополь (комплекс погребений), а историк Манефон связывает именно с Нижним Египтом религиозную деятельность основателя II династии Боетоса (егип. Баунечер, или Хетепсехемуи), который якобы установил культы быков Аписа в Мемфисе и Мневиса в Гелиополе (на юго-востоке Дельты). Утвердившиеся в Нижнем Египте цари продолжали отождествлять себя с богом Хором; однако к середине правления II династии (ок. середины XXVIII в. до н. э.) Египет постигают потрясения. Царь Сехемиб («Сильный сердцем»), носивший это имя в честь Хора, меняет его на «Периибсен» («Удалой сердцем их»), отождествляя себя с мифологическим врагом Хора богом Сетом. Памятники его царствования, включая гробницу, располагаются в Абидосе, ставшем основной резиденцией царя; иначе говоря, он владел Верхним Египтом.

На севере, в Нижнем Египте, продолжала править ветвь II династии, видимо, по-прежнему чтившая Хора и в дальнейшем признанная законной в египетской исторической традиции (согласно сведениям Манефона именно при ее представителе Неферхересе, или Неферкара, Нил 11 дней «тек медом», т. е. боги явно благоволили его царствованию). Таким образом, страна распалась на две части, видимо, по причине как борьбы властных амбиций внутри II династии, так и стремления обитателей Дельты Нила вернуть былую независимость. Возможно, именно в это время Нижний Египет был воспринят как политико-географическое единство, противостоящее Верхнему Египту. Соответственно, дуальность территориальной структуры Египта, впервые намеченная еще в имени одного из царей I династии Хасти, была осмыслена в фундаментальном для египетской картины мира понятии «Обе Земли» — тауи.

В течение некоторого времени «цари-Хоры» и «цари-Сеты» мирились с самостоятельностью друг друга и поддерживали между собой сравнительно благожелательные отношения (некоторые предметы с «Сетовыми именами» царей Верхнего Египта были найдены в районе Саккара и, судя по всему, попали туда в результате торгового обмена между двумя частями страны). Восстановить единство страны военным путем решился царь Верхнего Египта, вновь принявший «Хорово имя» Хасехем («Воссиявший жезлом»). Запись на основании его статуи свидетельствует о войне в Нижнем Египте, в ходе которой были истреблены (или уведены в плен) 47 209 человек; после этого царь характерным образом изменил свое имя на Хасехемуи («Воссиявший обоими жезлами») в честь сразу двух богов — Хора и Сета. Хасехемуи считается последним царем II династии; после этой необычайно кровопролитной по тем временам войны за воссоединение страны Египет вступает в новый период Древнего царства.

При I–II династиях египтяне поддерживают активные и разнообразные контакты с внешним миром. Египетские каменные сосуды того времени обнаруживаются по всему Восточному Средиземноморью; египтяне ввозят из Финикии и Сирии крупные породы дерева (прежде всего знаменитый ливанский кедр), доставляют с Синайского полуострова медную руду, малахит и бирюзу. При царе I династии Семерхете в Вади-Магхара на Синае впервые появляется рельеф, прославляющий победу этого царя над местными племенами.

Идет освоение торговых путей Ливийской и Аравийской пустынь, в том числе пути к Красному морю по долине Вади-Хаммамат, где обнаружено начертание имени царя I династии Джета. Сохраняется контроль Египта над Северной Нубией, установленный еще накануне воцарения I династии. Несколько царей той же династии (Атотис, Ден, Каа) вели на азиатских рубежах, возможно, непосредственно к востоку от Суэца или на Синае, войны, доставлявшие Египту пленников.

Первым значительным правителем III династии, заложившим основы государственности Древнего царства (XXVIII — рубеж XXIII–XXII вв. до н. э.) — самой блестящей, по мнению самих египтян, эпохи их истории, — был Джосер (ок. начала XXVIII в. до н. э.). При нем местопребывание двора и царский некрополь окончательно перемещаются в Мемфис. Об усилении царской власти свидетельствует введенный Джосером новый элемент титулатуры царя, предполагавший, что его тело, подобно плоти богов, сотворено из золота, — так называемое «золотое имя». У Джосера оно выглядело как «Солнце в золоте», что, кстати, свидетельствует о наличии уже в это время важнейшего в дальнейшем развитии царского культа представления о связи царя с солнечным диском. Показательно и «Хорово имя» Джосера — Нечерихет (букв. «Божественный плотью [своей]»).

Гробница Джосера была сооружена в районе Саккара его придворным архитектором и главным советником Имхотепом. Мы помним, что уже цари II династии возводили в этом месте к западу от Мемфиса свои погребения, однако гробница Джосера превосходила любое из них. В отличие от более ранних мастаб она была возведена из камня (известняка) и представляла собой первую в истории Египта пирамиду пока еще ступенчатой формы, состоявшую как бы из шести мастаб, поставленных одна на другую, и достигшую в высоту 60 м. Вокруг пирамиды Джосера был возведен целый комплекс культовых построек, редких по своей простоте и изяществу: считается, что в значительной мере этот комплекс был посвящен ритуалу обновления жизненных сил царя по миновании значительной части его правления (в норме 30 лет, хотя этот срок мог быть и меньше) — хеб-седу.

Имхотеп был не только талантливым архитектором, но и разносторонним ученым и опытным государственным деятелем, которому к тому же пришлось решать необычайно трудные задачи, связанные с выводом Египта из бедствия — семилетней засухи, вызвавшей снижение уровня нильского разлива. Согласно тексту, дошедшему от эпохи Птолемеев (II в. до н. э.), но, несомненно, передающему воспоминания куда более давнего времени, Джосер обратился к Имхотепу с вопросом, какое божество вызывает разлив Нила и, стало быть, ответственно за снижение его уровня; справившись со священными текстами, Имхотеп сообщил ему, что это бог Хнум, чтимый на крайнем юге Египта в Элефантине. Далее этот бог явился во сне самому Джосеру, и тот в итоге якобы повелел предоставить его святилищу доходы от обширной области к югу от Элефантины, через которую проходили контакты с Нубией.

Как раз в конце этого тяжкого периода засухи, длившегося с 11-го по 17-й годы правления Джосера, было замечено, что предвестием нового разлива Нила является гелиакальный восход Сириуса — 17 июля; именно с этого времени в Египте при содействии того же Имхотепа вводится система летосчисления, привязанная к восходу Сириуса (стало быть, именно на 18-й год царствования Джосера, в который завершилась засуха, падает начало первого «цикла Сотиса» — 2781 г. до н. э.). Мудрость Имхотепа сделала его одной из самых известных фигур египетской истории и привела в итоге к его обожествлению (древние греки сопоставляли с ним своего бога врачевания Асклепия).

Об истории Египта в период правления III династии после Джосера, ввиду скудости письменных данных, известно очень мало. Судя по всему, при преемниках Джосера завершилось формирование отлаженного и жестко подчиненного царской власти аппарата централизованного государства в Египте. Цари III династии, вслед за Джосером, воздвигают к западу от Мемфиса свои пирамиды (то ступенчатой, то почти правильной геометрической формы); кроме того, есть сведения о строительстве по всей стране святилищ, связанных с культом царя. Прекращаются церемонии «следования Хора», и ни о каких следах самостоятельности государств додинастического периода уже не идет и речи. Номархи превратились хотя и в высокопоставленных, но полностью зависимых от царя чиновников, которые успевали на протяжении своей карьеры побывать наместниками нескольких номов в разных частях Египта.