Усиление Фив стало беспокоить гиксосских царей: согласно легенде, записанной спустя несколько веков, один из них — Апопи II Аакененра — отправил к фиванскому царю Секененра посольство с причудливым требованием унять нильских гиппопотамов, которые своим шумом близ Авариса якобы не давали гиксосскому царю заснуть. Конец этой истории не сохранился: похоже, по общим закономерностям такого рода фольклорных историй Секененра придумал какой-то находчивый ответ на «загадку» Апопи, и тот был вынужден оставить Фивы в покое. Однако состояние найденной археологами мумии Секененра, которая несет на себе следы тяжелых ранений, показывает, что он погиб насильственной смертью, возможно, в ходе войны с одним из преемников гиксоса — героя легенды царем Апопи III Ааусерра, правившим с середины 80-х годов XVI в. до н. э.

В 70-е годы XVI в. до н. э. Камос, сын Секененра от брака с дочерью правителя Гермополя Яххотеп, перестал признавать верховную власть гиксосского царя и сам принял царский титул. С него реально начинается XVII царская династия, хотя позднее Манефоном к ней были причислены и предшественники Камоса начиная еще с XVII в. до н. э.; при этом уже не признававшиеся сакральными царями правители Авариса были приписаны к так называемой XVI династии.

Камос продолжил войну с гиксосами, добившись немалых успехов, — ему удалось даже осадить Аварис. Хотя, согласно сведениям так называемой «таблички Карнарвона» (деревянной дощечки с записью текста, видимо, нанесенного также на несохранившуюся победную стелу), в начале военных действий царю пришлось выдержать дискуссию со своими вельможами, предпочитавшими поддерживать с гиксосскими владениями на севере Египта мирные взаимовыгодные отношения. Камосу удается разрушить союз гиксосов с Кушем и переподчинить его себе.

После Камоса на престол вступает его младший брат Яхмос I (ок. начала 1560-х — конец 1540-х годов до н. э.), которому удается нанести гиксосам решительное поражение, захватить Аварис (во второй половине 50-х годов XVI в. до н. э.), изгнать иноплеменников в Азию и там овладеть их оплотом — крепостью Шарухен в Южной Палестине. Изгнание Яхмосом I гиксосов считается началом очередного периода истории Египта — Нового царства (до 1075 г. до н. э.), а сам он — родоначальником вновь объединившей Египет XVIII царской династии (середина XVI в. — 1334 г. до н. э.).

Самые подробные сведения о завоевании Египта гиксосами содержатся во фрагменте труда Манефона, подробно изложенном еврейским историком I в. н. э., также писавшим на греческом языке, Иосифом Флавием. Согласно этим данным, гиксосы сначала укрепились в восточной части Дельты Нила, где их центром и будущей столицей стал город Аварис, и, опираясь на этот район, завоевали всю страну. Археологическое изучение Восточной Дельты в XX в., а именно раскопки австрийского исследователя М. Битака в 60-х годах прошлого века, привели к отождествлению с гиксосским Аварисом городища в районе современного Телль эль-Даба. Однако оно существовало еще с эпохи XII династии, а завершило свою историю уже в период Нового царства.

Ряд исследователей, опираясь на археологический материал, предложил отвергнуть сведения Манефона и считать, что имело место не завоевание, а постепенное проникновение азиатов в Египет с эпохи Нового царства. На самом деле трудно представить себе, чтобы правители Среднего царства допустили настолько бесконтрольный приток азиатских племен в страну, что он обернулся ее покорением. Кроме того, само существование Авариса задолго до завоевания Египта гиксосами не только не противоречит сведениям Манефона о том, что они сначала укрепились в Восточной Дельте, но, напротив, им соответствует.

Еще одно «недоразумение», возникшее среди египтологов по поводу сведений Манефона о гиксосах, связано с пониманием самого переданного им именования этого народа. Манефон ясно говорит, что оно означает «цари-пастухи», и на основании этого первые исследователи еще в XIX в. соотнесли его с египетским словосочетанием хекау шасу («правители кочевников», или как раз «правители-кочевники»). Позднее, однако, в науке укрепилось мнение, что в основе именования «гиксосы» лежит словосочетание хекау хасут — «правители чужеземных стран».

Вернуться к прежнему истолкованию этого слова помогли сведения средневековых арабских авторов о том, что в истории Египта был период владычества династии так называемых амалекитов. Этот народ, хорошо известный и по Библии, обитал в районе Синайского полуострова, где, согласно египетским источникам Нового царства, как раз и жили племена шасу. Таким образом, именование «гиксосы», правильно истолкованное Манефоном, обозначает не просто «род занятий» этого покорившего Египет народа, но и его этническую принадлежность и место первоначального обитания.

Успешные войны Яхмоса I с гиксосами привели не только к ликвидации их владычества в Египте, но и к полному разгрому их государства на Ближнем Востоке и в Передней Азии, территории которого теперь перешли под руку египтян. Об этом можно судить по следующим данным: источники содержат сведения о взятии Яхмосом I столицы гиксосов Шарухена и одной кампании, проведенной им в Финикии. Сын этого царя Аменхотеп I (конец 40-х — конец 30-х (или 20-х) годов XVI в. до н. э.) вовсе не воевал в Азии; однако уже в начале правления следующего царя Тутмоса I (конец 30-х — конец 20-х годов XVI в. — 1503 г. до н. э.) сфера египетского влияния охватывает все Восточное Средиземноморье, и ее северной границей оказывается река Евфрат. Из этого можно сделать вывод, что уже в ходе войн Яхмоса I в Азии все зависевшие ранее от гиксосов мелкие государства Палестины, Финикии и Сирии признали отныне верховенство победоносного Египта.

Немалых успехов Египет достиг и в Нубии: еще до изгнания гиксосов, при Камосе, его влияние в этом районе распространилось до крепости Бухен у второго порога Нила, а при Аменхотепе I еще дальше на юг. Нубия (или Куш) превратилась теперь во владение Египта, которое находилось под его прямым управлением (в отличие от азиатских земель, где сохранялась автономия мелких государств, признавших свою зависимость от фараона и обязанность посылать ему дань). Без особых усилий с его стороны и почти в одночасье Египет превращается из страны, еще недавно раздробленной и ослабленной владычеством чужеземцев, в одну из великих держав Передней Азии.

Сын Яхмоса I Аменхотеп I не имел сына, которому он мог бы передать бразды правления. Выдав свою дочь по имени Яхмос за одного из полководцев, Тутмоса, он сделал его своим наследником. При Тутмосе I во внешней политике Египта в Азии наметились серьезные проблемы. Приход к власти в хурритском государстве Ханигальбат на северо-западе Месопотамии индоарийской династии (после этого оно стало называться Митанни) активизировало его внешнюю политику и превратило его в главного соперника Египта в борьбе за контроль над территорией Сирии.

Более того, местные правители Восточного Средиземноморья не могли не предпочитать митаннийское господство египетскому: Египет с его огромным государственным аппаратом требовал от покоренных стран больших размеров дани, чем Митанни, а через несколько веков — Хеттское царство, в социальной структуре которых преобладала самодостаточная община. Соответственно, Тутмосу I приходится в конце XVI в. до н. э. вести тяжелую войну против митаннийского царя Суттарны I, попытавшегося отвоевать у Египта Северную Сирию: боевые действия развернулись непосредственно у Евфрата. В Нубии Египту удается расширить свои владения вплоть до прежней столицы независимого кушитского царства Кермы у третьего порога Нила.