Между Древним и Средним, а также Средним и Новым царствами пролегают I и II Переходные периоды (соответственно XXII–XXI в. до н. э.: IX — начало XI династии; и конец XVIII — начало XVI в. до н. э.: XIV–XVII династии) — эпохи, на протяжении которых в Египте распадалось единое государство; помимо этого, на основании все того же критерия, в III Переходный период выделяется эпоха XXI–XXV династий (начало XI — середина VII в. до н. э.).

История Египта до его объединения Менесом делится на ряд периодов по археологическим критериям; кроме того, IV тысячелетие до н. э. (эра зарождения и становления государств в долине Нила) в целом обозначается как «додинастическое время» (с его делением на Первый и Второй додинастические периоды и объединением ряда правителей — предшественников Менеса — в так называемую «0-ю» династию.

На сегодняшний день датировки отдельных событий истории Египта династического времени установлены для III тысячелетия до н. э. с точностью примерно до 50 лет, для последующего времени — с точностью, как правило, до одного-двух годов; применительно к событиям I тысячелетия до н. э., отразившимся, помимо египетских источников, также в ближневосточных клинописных текстах, Библии, античных и других источниках, эта точность часто бывает абсолютной. При этом в современной египтологии существуют три системы датировок событий второй половины II тысячелетия до н. э., имеющие каждая свои обоснования и различающиеся одна от другой примерно на 20 лет каждая (например, сообразно им, вступление на престол величайшего царя XIX династии Рамсеса II может датироваться 1304, 1290 либо 1279/1276 гг. до н. э.

Земледелие и скотоводство зарождаются на территории Египта около X–IX тысячелетий до н. э. Возможно, эти занятия, а также используемые в них виды растений и животных проникают сюда из Восточного Средиземноморья: археологическая культура Хелуана — первая культура производящего хозяйства в Египте — считается ответвлением натуфийской культуры с центром в Сирии и на юго-востоке Малой Азии. В это время и позднее, вплоть до V тысячелетия до н. э., климат Египта был более влажным, чем в историческую эпоху: у Нила имелись притоки, в его долине водились крупные животные и росли деревья, почва Египта увлажнялась дождями. Соответственно, хозяйство тогдашних обитателей Египта еще не полностью зависело от разливов Нила и не было ирригационным; наряду с земледелием, сохраняли свою роль в качестве основных, а не вспомогательных занятий охота и рыбная ловля.

Трудно сказать, к какой этнической группе принадлежали обитатели Египта этого времени: носители натуфийской культуры с наибольшей вероятностью входили в так называемую «ностратическую общность», еще в XIV–XIII тысячелетиях до н. э. обретавшуюся в Центральной и Восточной Малой Азии (ее дальнейший распад породил общности, развившиеся далее в целый ряд языковых семей, включая индоевропейскую). Однако связь культуры Хелуана с натуфийской совершенно не обязательно означает миграцию носителей последней из Азии в Африку.

В VI–V тысячелетиях до н. э. климат Египта и вообще Северной Африки становится суше (начинается первая за время существования у человечества производящего хозяйства эпоха аридизации — наступления более засушливого климата). В частности, Сахара, где в IX–VIII тысячелетиях до н. э. обитала общность людей, ставшая основой всех народов афразийской (семито-хамитской) семьи, начинает превращаться из саванны в пустыню. Распад этой общности из-за невозможности сохранения в условиях аридизации ее прежнего образа жизни, скотоводства с развитым подсобным земледелием, привел к появлению на территории Египта (вероятно, в V тысячелетии до н. э.) предков египтян исторической эпохи. Облик их хорошо известен по многочисленным изображениям на памятниках Древнего Египта. Египтяне отличались стройным телосложением, смуглой кожей (более светлыми тонами изображались женщины, возможно, избегавшие загара). В классификации человеческих рас египтяне принадлежат к европеоидам.

Заселял этот народ долину Нила, по-видимому, с запада, с территории будущей Ливийской пустыни (позднее на их место пришли племена собственно ливийцев, также принадлежавших к афразийской семье, причем они были еще ближе к исконно европеоидному облику афразийцев, нежели более смуглые египтяне). В V тысячелетии до н. э. неолитические поселения появляются сначала в Фаюмском оазисе, а затем перебираются к долине Нила (в районах совр. Меримде-Бени-Саламе на юге Дельты, а позднее Тасы и Бадари в Среднем Египте). Таким образом, в Египте с этого времени и вплоть до возникновения единого государства в конце IV тысячелетия до н. э. прослеживается последовательность археологических культур, непрерывность и внутренняя взаимосвязь которых и позволяет с уверенностью отождествить уже обитателей Фаюмского оазиса V тысячелетия до н. э. с афразийцами-египтянами.

В то же время земли к югу от Египта заселялись предками нубийцев — народами кушитской группы афразийской семьи: они принадлежали к другой части исходной афразийской общности, которая мигрировала из района прародины на юг (к озеру Чад, где осели и ассимилировали местных негроидов афразийцы-чадцы), а затем на восток, где кушиты отделились от ушедших в Азию через Баб-эль-Мандебский пролив семитов и, миновав Эфиопское нагорье, расселились в верхнем течении Нила. Понятно, что за время длительных миграций через просторы Африки кушиты, в отличие от египтян и тем более ливийцев, восприняли целый ряд расовых черт негроидов, которые и сохраняют до сих пор.

На рубеже V–IV тысячелетий до н. э. пересыхание притоков Нила заставило египтян окончательно спуститься в самую его долину, а сокращение осадков — начать создание системы речной ирригации, которая в целом складывается в так называемый Первый додинастический период, или время археологической культуры Амра/Нагада I; первая половина IV тысячелетия до н. э. На протяжении этого времени египтяне, очевидно, жили достаточно многочисленными сельскими общинами, которые, благодаря успехам в освоении ирригационной техники, становились все более зажиточными. В этих общинах уже имелись освобожденные от труда в полях профессиональные ремесленники, которые давно освоили производство керамической посуды и теперь изготавливали мелкие орудия (иглы, рыболовную снасть) из меди. Однако серьезного имущественного расслоения в обществе этого времени еще не прослеживалось.

Мощный скачок в развитии древнеегипетского общества происходит с началом Второго додинастического периода (ок. XXXVI–XXXI вв. до н. э.; время археологических культур Герзе/Нагада II и Семайна/Нагада III). Поселения людей этого времени укрупняются, достигая уже размеров ранних городов (городища Иераконполя — егип. Нехен, совр. Ком эль-Ахмар; Нагады — древн. Коптос и др.). Погребения начинают различаться по богатству помещаемого в них инвентаря, что ясно указывает на выделение в обществе имущественной элиты. На некоторых предметах обнаруживаются знаки, которые позднее встречаются в древнеегипетской иероглифике; следовательно, внутренняя жизнь общества настолько усложнилась, что потребовала фиксации определенной информации с помощью письма.

Многие находки этого периода (цилиндрические печати, керамические сосуды с так называемыми «волнистыми ручками», изображения особого типа ладей) имеют столь четкие аналогии в археологических комплексах Азии, что наводили некоторых исследователей на мысль о завоевании Египта вторгнувшимся с Востока более развитым народом (или «династической расой», якобы создавшей египетское государство). В действительности, эти аналогии объясняются интенсивными торговыми контактами и обменом опытом между Египтом, Восточным Средиземноморьем и вообще Азией. В основе их лежала элементарная нехватка в долине Нила многих необходимых материалов (примером того, насколько далеко заводили такие контакты, служат обнаруженные в Египте предметы из среднеазиатского лазурита). Кроме того, наличие в инвентаре Месопотамии и Египта предгосударственного времени сходных предметов объясняется попросту независимым параллельным (конвергентным) их появлением.