Полк не собирался захватывать все население Мексики, но терпимо относился к движению «Вся Мексика» в Демократической партии; по сравнению с ним его собственные планы обширных территориальных приобретений казались скромными. В составе его кабинета сторонник экспансии Роберт Уокер симпатизировал «Всей Мексике», а Джеймс Бьюкенен пытался использовать это движение для продвижения своих президентских перспектив.

Недовольство основной массы вигов президентом нашло горячее выражение в сорокапятиминутной речи Авраама Линкольна 12 января 1848 года. Он утверждал, что право техасцев на революцию распространяется только на те районы, где они пользуются поддержкой населения и фактически контролируют ситуацию, а это очень мало к юго-западу от реки Нуэсес. Оправдание Полка для войны, возмущенно заявил Линкольн, «от начала и до конца является чистейшим обманом». Честность была так же необходима историческому Линкольну, как и Честному Эйбу из народной мифологии. Полк должен «помнить, что он сидит там, где сидел Вашингтон», и говорить правду о причинах войны. «Как нация не должна, и Всемогущий не будет уклоняться, так пусть и он не пытается уклоняться — не будет двусмысленности». Обращаясь к президенту в тонах, достойных обращения пророка Натана к царю Давиду, Линкольн заявил, что Полк должен «глубоко осознать свою неправоту», что он должен понять, что «кровь этой войны, как кровь Авеля, взывает к небесам против него». Не будучи правдивым в отношении начала войны или её целей, Полк не мог руководить её завершением. В рукописи речи Линкольна говорится следующее:

Недоумение и беспокойство Полка по поводу того, как закончить войну, которые чувствовал Линкольн, были вполне реальными. Столкнувшись с непримиримой враждебностью мексиканского народа к передаче Соединенным Штатам любой части своей страны, как он мог добиться заключения договора об уступке? Президент сообщил Конгрессу, что армию Скотта сопровождал комиссар, уполномоченный подписать мирный договор, если мексиканцы захотят это сделать, и что после провала переговоров в сентябре 1847 года он отозвал комиссара. Он не сообщил Конгрессу — да и сам ещё не знал, — что эмиссар отказался уехать и вместо этого возобновил переговоры с мексиканским правительством. В тот же день, когда собрался Конгресс (6 декабря 1847 года), дипломатический представитель Полка в Мехико отправил в Вашингтон меморандум из шестидесяти пяти рукописных страниц, объясняющий его неповиновение.

Николас Трист, протеже Томаса Джефферсона, управлял имуществом патриарха и женился на его внучке Вирджинии Рэндольф. Он служил личным секретарем Эндрю Джексона во время отсутствия Эндрю Донелсона. Проведя девять лет в качестве консула США в Гаване при Джексоне и Ван Бюрене, Трист в совершенстве владел испанским языком. Теперь он был главным клерком Государственного департамента, и секретарь Бьюкенен безоговорочно доверял его лояльности, позволяя ему иногда исполнять обязанности секретаря. Когда президент Полк решил направить в Мексику комиссара по вопросам мира, Николас Трист казался надежной парой рук.

Приказ Триста, подготовленный в апреле 1847 года, предписывал ему прикрепиться к штабу Уинфилда Скотта и побудить мексиканское правительство к мирным переговорам с ним. В подробных инструкциях были указаны территориальные уступки, которые он должен был потребовать, и сумма, которую Соединенные Штаты заплатят Мексике за каждую из них. Миссия Триста должна была быть государственной тайной, поскольку администрация ещё не признала публично, что ведет войну за территорию. Полк заплатил своему комиссару из средств исполнительной власти и не представил его имя для утверждения в Сенате. Трист отправился в путешествие под вымышленным именем. Однако к тому времени, как он отплыл из Нового Орлеана, газеты уже пронюхали о его истории. Никто не знает, кто раскрыл Триста, но поскольку утечка информации произошла в демократических, экспансионистских газетах (New York Herald и Boston Post), Бьюкенен, возможно, сделал это, чтобы заискивать перед прессой и заручиться поддержкой для следующей президентской номинации. Поскольку администрация не доверяла вигу Скотту, они не полностью проинформировали его о миссии Триста и даже посоветовали своему эмиссару довериться генералу-демократу Гидеону Пиллоу, а не командующему армией. Неудивительно, что Скотт и Трист начали ссориться, как только Трист прибыл в Веракрус 6 мая 1847 года. Трист хотел, чтобы Скотт передал его приглашение к переговорам мексиканскому министру иностранных дел, но не сказал Скотту, что в этом послании содержится. Скотт, заподозрив двуличность администрации, отказался это сделать и пожаловался на самонадеянность Триста. Трист прибегнул к услугам нейтральных британцев, чтобы отправить письмо врагу, но дело продвигалось медленно. Полк и его кабинет ворчали, что отчуждение между Тристом и Скоттом мешает миссии Триста, хотя истоки проблемы лежали в их собственных договоренностях. К счастью, порядочность Триста и Скотта, а также их общее стремление к завоеванию почетного мира преодолели первоначальное недопонимание. Переломный момент наступил 6 июля, когда Трист почувствовал недомогание, и Скотт прислал ему банку мармелада из гуавы.[1900]

Во время перемирия, начавшегося 21 августа после битвы при Чурубуско, Трист наконец получил возможность проверить проект договора своего правительства в сравнении с предложениями противников. Полк поручил Тристу получить, по крайней мере, Альта Калифорнию и Нью-Мексико в дополнение к границе Рио-Гранде для Техаса; он также должен был попытаться получить Баха Калифорнию и маршрут канала через Техуантепекский перешеек. Мексиканцы с помощью своей эффективной разведывательной сети выяснили, что Баха и Техуантепек не имеют для Триста принципиального значения, и успешно отклонили его нажим на них. Они согласились продать Альта Калифорнию, включая залив Сан-Франциско, но только до Монтеррея. Они отказались продать территории с лояльным Мексике населением, такие как Нью-Мексико и регион между реками Нуэсес и Рио-Гранде. Трист предложил передать вопрос о границах Техаса на рассмотрение его правительства, если мексиканские переговорщики передадут вопрос о Новой Мексике на рассмотрение своего правительства.[1901] Этот раунд переговоров завершился 6 сентября тупиком. Санта-Анна получил противоречивые советы от мирных и военных фракций в своей столице и сделал выбор в пользу последних. Трист произвел впечатление на своих мексиканских коллег своей вежливостью и пониманием их позиции. Его собственное начальство с гневом отреагировало на его предложение о границе Техаса; они не могли позволить себе, чтобы граница по Рио-Гранде была поставлена под сомнение, поскольку от этого зависело само объявление войны.

Однако даже во время этих переговоров администрация пересматривала свою позицию. Полк решил, что военные победы США за последние шесть месяцев оправдывают отъем у Мексики большей территории, чем он предписал Тристу в апреле. Президент и его кабинет согласились включить в список «обязательных» территорий Баху и транзит через Техуантепек, а также приобрести значительную часть территории нынешней северной Мексики, возможно, вплоть до Тампико.[1902] Узнав, что переговоры в начале сентября не принесли плодов, Полк пришёл к выводу, что Трист не тот человек, который может быть жестким с мексиканцами, и решил отозвать своего уполномоченного. По его мнению, Соединенные Штаты совершили тактическую ошибку, показав, что стремятся закончить войну. Пусть мексиканцы ещё немного помучаются в условиях оккупации, и они придут просить мира. 6 октября 1847 года госсекретарь Бьюкенен отправил послание, в котором предписывал Тристу вернуться в Соединенные Штаты «при первой же удобной возможности». Бьюкенен не стал специально перечислять новые территориальные требования администрации, которые уже не должны были волновать Триста.[1903]