6 декабря 1847 года Тридцатый конгресс, которого так боялся президент Полк, наконец собрался, причём в Палате представителей доминировало антивоенное большинство вигов. Президент приветствовал Конгресс своим Третьим ежегодным посланием — пространным документом, в котором ещё раз перечислялись причины войны и утверждалось, что мексиканцы «начали войну», «проливая кровь наших граждан на нашей собственной земле». Чтобы опровергнуть позицию вигов, утверждавших, что Соединенные Штаты не должны отвоевывать территорию в результате войны, Полк заявил, что Мексика должна Соединенным Штатам «возмещение ущерба» не только за свои довоенные долги, но и в качестве частичной компенсации за расходы, связанные с ведением войны, которую начала Мексика, и что единственным способом выплаты такого возмещения Мексика может быть территория. Кроме того, слабость контроля Мексики над своими северными провинциями предполагала опасность того, что если Соединенные Штаты не захватят их, то это может сделать какая-нибудь другая держава. Таким образом, принцип доктрины Монро, утверждал Полк, диктовал существенную территориальную передачу как часть любого мирного договора.[1890]

Ежегодное послание Полка оправдывало отъем территории у Мексики в качестве компенсации за мексиканскую агрессию. Виги, которые не хотели никаких территорий, в ответ поставили под сомнение его утверждение о том, что Мексика фактически начала войну. Они имели лишь шаткое большинство в Палате представителей: 115 вигов, 108 демократов, 4 других. Потребовалось три голосования, чтобы избрать спикером умеренного вига Роберта Уинтропа из Массачусетса, поскольку два северных радикала и три южных империалистических вига отказались поддержать его.[1891] Лидерство в противостоянии обоснованию войны президентом и территориальные выгоды, которые он хотел получить в результате войны, появились в маловероятной личности долговязого конгрессмена из Спрингфилда, штат Иллинойс, по имени Авраам Линкольн. 22 декабря, пробыв в Вашингтоне всего три недели, Линкольн представил ряд резолюций, оспаривающих утверждение Полка о том, что война началась на территории США. Со свойственной ему логической организованностью этот представитель-первокурсник перечислил свои пункты: «место», где произошло вооруженное столкновение, было признанной частью Новой Испании и Мексики со времен договора Адамса-Ониса 1819 года, местное население не признавало верности Соединенным Штатам и бежало до подхода Тейлора, а американские граждане, чью кровь пролили мексиканцы, были солдатами армии вторжения. Палата представителей не приняла четкие «точечные резолюции» Линкольна, но 3 января в результате голосования по партийной линии 85 против 81 в резолюцию, благодарившую генерала Тейлора за его заслуги, была внесена поправка о том, что война была начата президентом Полком «без необходимости и неконституционно».[1892] (Разумеется, контролируемый демократами Сенат не согласился с этой поправкой).

Другими действиями Палата представителей дала понять президенту, что ему будет трудно затянуть войну. Она отказалась принять акцизный налог и меры по продаже земли, которые, как надеялся Полк, позволят собрать деньги на продолжение войны, и не приняла никаких мер по его двум просьбам о предоставлении дополнительных войск. Палата представителей также одобрила более низкий потолок федеральных займов, чем он просил. С другой стороны, радикальное предложение вигов в одностороннем порядке прекратить войну и просто вернуть войска домой получило поддержку лишь половины членов палаты и потерпело поражение со счетом 41 против 137. Тем временем администрация проводила свою собственную политику: оказывала давление на Мексику, чтобы та подписала договор об уступке значительной территории, оккупировала столицу и порты, лишив мексиканское правительство доходов от тарифов. Оккупационная власть собирала пошлины, но конфисковывала деньги и использовала их для компенсации расходов на оккупацию. Конгресс не санкционировал эту практику; президент просто отдал приказ в качестве главнокомандующего оккупационной армией. К настоящему времени таким образом было получено около полумиллиона долларов — меньше, чем ожидалось, поскольку в военное время мексиканцы не потребляли столько импортных товаров, сколько обычно. Дэниел Уэбстер назвал это просто «грабежом и разбоем». Но то, что оккупация Мексики хотя бы частично окупилась, помогло администрации отбиться от аргументов, что недавно сниженные американские тарифы должны быть снова повышены, чтобы получить больше доходов.[1893]

Администрация широко намекнула, что чем дольше мексиканцы будут медлить с подписанием приемлемого договора, тем более карательной будет их оккупация и тем более жесткую цену в виде территории им придётся заплатить в качестве компенсации. Действительно, аппетиты Полка в отношении мексиканской территории росли с течением времени. К осени 1847 года его амбиции включали Баха Калифорнию (захваченную в июле) и право транзита для строительства канала через Техуантепекский перешеек.[1894] В 1846 году его посланник уже заключил подобное соглашение по Панамскому перешейку с правительством Новой Гренады (современная Колумбия), которому тогда принадлежала Панама. Уже 29 апреля 1848 года, когда мир с Мексикой был практически заключен, президент направил в Конгресс специальное послание с призывом к интервенции в Юкатан. Там майя восстали против белого меньшинства. Утверждалось, что Полк хотел защитить белых и предотвратить вмешательство Великобритании, но демократы надеялись, а виги опасались, что на повестке дня исполнительной власти может оказаться возобновление войны и аннексия Юкатана. В итоге мексиканское правительство восстановило свой контроль над Юкатаном.[1895]

Два других возможных сценария окончания войны нашли сторонников среди демократов, не входящих в администрацию. Кэлхун предлагал отступить к какой-нибудь легко обороняемой линии, например, по Рио-Гранде. Земли к северу от выбранной линии будут аннексированы, и (по его мнению) не будет иметь особого значения, подпишет ли остальная Мексика мирный договор или нет, поскольку она не сможет отвоевать потерянные провинции.[1896] Администрации не понравился план Кэлхуна, поскольку он, казалось, допускал спорадические партизанские бои вдоль границы, даже в течение нескольких поколений в будущем. Самое радикальное предложение исходило от некоторых диких империалистов из числа северных демократов, таких как Роберт Стоктон, Льюис Касс и некоторые редакторы пенни-прессы северных демократов. Они призывали к аннексии всей Мексики Соединенными Штатами. Как и план Кэлхуна, этот план также позволял избежать трудностей с заключением мирного договора, поскольку не осталось бы Мексиканской республики, которая могла бы его подписать. Природные ресурсы Мексики, особенно её серебряные рудники, имели большую привлекательность. Но большинству южан была противна идея «Всей Мексики», которая, вобрав в себя миллионы мексиканцев, в основном смешанной расы, и предположительно предоставив им гражданство, серьёзно поставила бы под угрозу природу Соединенных Штатов как исключительно белой республики. «Наше правительство — это правительство белых людей», — протестовал Кэлхун, выступая против присоединения всей Мексики.[1897] Пенни-пресса пропагандировала идею присоединения всей Мексики среди читателей-иммигрантов, которые не видели никаких трудностей в этническом плюрализме; грандиозное предложение казалось логическим следствием национального возвышения, которое газеты превозносили как манифестную судьбу. Некоторые редакторы утверждали, что аннексия всей Мексики Соединенными Штатами «возродит» мексиканский народ.[1898]