Значение этого небольшого восстания изменилось через три дня после появления военно-морских сил Соединенных Штатов, которые овладели Монтереем, как и в 1842 году, без кровопролития. Хотя официального уведомления не поступало, коммодор Слоут позаботился о том, чтобы уверить себя в начале войны, не желая повторить конфуз коммодора Джонса. Осторожничая в этом вопросе, Слоат проявил удивительную самонадеянность. Он провозгласил не просто военную оккупацию, а постоянное присоединение Калифорнии к Соединенным Штатам, на что у него не было законных полномочий. На следующий день, 8 июля, капитан Джон Б. Монтгомери с корабля USS Portsmouth совершил ту же церемонию в Йерба-Буэна (переименованном в Сан-Франциско в январе 1847 года). Таким образом Слоат прервал возможность создания независимой Калифорнийской республики. В Сономе звездно-полосатый флаг заменил флаг медведя, который развевался в течение трех недель. Когда 11 июля HMS Juno посетил залив Сан-Франциско, Королевский флот мог лишь наблюдать за американским свершившимся фактом.[1802]

В середине месяца прибыл Роберт Стоктон, только что закончивший попытки «развязать войну» в Техасе, и сменил заболевшего Слоата на посту командующего Тихоокеанской эскадрой. Стоктон сумел убедить Фремонта, что морской коммодор (эквивалент бригадного генерала) выше армейского капитана, а затем, признав родственную душу, делегировал ему тактическое командование сухопутными силами США, в которые был включен и сброд «Медвежьего флага». Затем оба филистера, Стоктон и Фремонт, занялись завоеванием остальной Калифорнии. Они действовали оперативно, но при этом настолько бестактно, что полностью оттолкнули от себя большинство калифорнийцев, которые, долгое время пользуясь значительной автономией, могли бы приветствовать новый режим. 13 августа Стоктон занял Лос-Анджелес, город с населением в пятнадцать сотен человек, который заменил Монтерей в качестве мексиканской гражданской столицы Калифорнии. 17 августа в Сан-Педро прибыл корабль с официальным известием об объявлении войны США. Генерал Кастро и губернатор Пио Пико уехали с восемью сотнями сторонников, и Стоктон с Фремонтом решили, что война в Калифорнии окончена.

Но в конце сентября 1846 года калифорнийцы подняли восстание против американской оккупации, используя то оружие, которое смогли найти. В отличие от той легкости, с которой были изгнаны мексиканские власти, подчинение этих решительных людей потребовало упорных боев. Они окружили американский гарнизон в Лос-Анджелесе под командованием лейтенанта Гиллеспи, который затем капитулировал. Шведский иммигрант по имени Йохан Брауне («Хуан Флако», или Худой Джон) за пять дней доставил весть о восстании за пятьсот миль на север, в Сан-Франциско; в какой-то момент ему пришлось пробежать двадцать семь миль между лошадьми.[1803] После этого Стоктон отправился обратно на юг на корабле. Хотя он был морским офицером, он начал действовать на суше со смешанными силами армии, флота, морской пехоты и местных добровольцев. Тем временем калифорнийцы вновь захватили Санта-Берберу и Сан-Диего и взяли в плен Оливера Ларкина. Стоктон оказался не в состоянии отвоевать южную Калифорнию и ждал подкрепления под командованием Стивена Уоттса Керни, прибывшего через пустыню из Нью-Мексико. В Сан-Паскуале 6 декабря 1846 года самоуверенный Керни атаковал калифорнийцев под командованием Андреса Пико; в завязавшейся битве импровизированные копья всадников Пико оказались как минимум равны саблям американской кавалерии. Оказалось, что Стоктон должен был спасать Керни, а не наоборот. Однако после того как Стоктон и Керни соединились, их объединенные силы смогли выиграть битву при Лос-Анджелесе 8 января (они кричали «Новый Орлеан!», так как это была годовщина победы Джексона) и вернуть столицу. Через несколько дней появился «Калифорнийский батальон» Фремонта — смесь американских солдат с добровольцами-поселенцами и союзниками из числа коренных американцев, проделавших путь из северной Калифорнии. Оставшиеся в меньшинстве повстанцы поняли, что игра проиграна. Фремонт, игнорируя двух старших офицеров, подписал с калифорнийцами региональный мирный договор в Кахуэнга 13 января 1847 года, который обещал им права американских граждан и прекращал боевые действия в Альта-Калифорнии.[1804]

19 января Стоктон готовился вернуться в море и назначил Фремонта «губернатором территории Калифорния», хотя у коммодора не было никаких полномочий для установления гражданского правления.[1805] На самом деле Керни обладал надлежащими полномочиями из Вашингтона для создания правительства в Калифорнии, но Стоктон и Фремонт отказались признать это. После месячного противостояния Керни, к счастью, одержал верх; непостоянный и конфликтный Фремонт не стал бы хорошим губернатором.[1806] Стоктон был заменен коммодором Брэнфордом Шубриком, а Фремонт — полковником Ричардом Мейсоном в качестве военного губернатора. Вернувшись на восток, Керни обвинил Фремонта в неподчинении, несмотря на давнюю дружбу между ними. Военный трибунал, привлекший внимание всей страны, признал Фремонта виновным, но приговор об увольнении со службы был отменен президентом. Разгневанный Следопыт все равно уволился из армии и стал популярной знаменитостью. Возможно, Полк поступил бы иначе, если бы знал, что Фремонт будет баллотироваться в президенты от демократов в 1856 году на платформе, выступающей за ограничение рабства.[1807]

На втором месте после Калифорнии по важности в качестве объекта войны президента Полка была Нью-Мексико. Это приобретение он тоже тщательно и заблаговременно спланировал. В 1845 году Полк отправил две крупные военные разведывательные экспедиции на Запад: одну — в Скалистые горы, другую — через Индейскую территорию в Санта-Фе. Они вернулись с полезными сведениями, как географическими, так и человеческими, касающимися коренного американского населения обширного региона, в котором армии предстояло действовать в ближайшие годы.[1808]

После объявления войны в мае 1846 года Полку не потребовалось много времени, чтобы собрать так называемую Армию Запада, первой целью которой было завоевание Нью-Мексико. Командующим он назначил бригадного генерала Стивена Уоттса Керни (произносится «Карни»), жесткого, способного офицера с большим опытом работы в пограничных войсках. 5 июня передовой отряд Керни выступил из форта Ливенворт на территории современного восточного Канзаса. Армия Запада включала 648 регулярных войск и 1000 миссурийских волонтеров, 16 пушек и огромные поезда снабжения, состоявшие из 1556 повозок, 459 лошадей, 3658 мулов и 14 904 волов и крупного рогатого скота. Это крупнейшее военное соединение, когда-либо появлявшееся в этой части света, продемонстрировало необычайные материально-технические ресурсы, которыми располагали Соединенные Штаты. Чтобы облегчить выпас такого количества животных, армия передвигалась отдельными отрядами.[1809] Заглядывая в послевоенный период, в состав армии Керни входил лейтенант Уильям Эмори из топографических инженеров, которому поручили составить карту территории в расчете на её аннексию. (По предложенному им маршруту должна была пройти одна из трансконтинентальных железных дорог). В тылу вторжения находились ещё 1000 миссурийских добровольцев и, прибывший из Совет-Блаффс, штат Айова, батальон мормонов из 500 мужчин и 70 женщин-последователей лагеря.[1810]

Мормонский батальон представлял собой сделку, заключенную между Джеймсом Ноксом Полком и Бригамом Янгом. Янгу нужна была добрая воля федерального правительства, особенно когда стало казаться, что предполагаемый пункт назначения будет аннексирован Соединенными Штатами; Полк мог использовать войска. Это был тяжелый налог на рабочую силу общины, но жалованье солдат помогло бы миграции, испытывавшей финансовые трудности. Брат Бригам предложил мужчинам записаться в добровольцы и выбрать ротных офицеров; Керни выбрал подполковника Филипа Кука, язычника, в качестве командира батальона.