Несмотря на грозный характер сил, находившихся под его командованием, Керни предпочел избежать сражения. В то время как армии обычно стараются держать свои силы и диспозицию в тайне от противника, Керни намеренно раскрыл свои, намереваясь убедить нуэвомексиканцев в бесполезности сопротивления. В этом он следовал приказам, поскольку его гражданское начальство надеялось как можно меньше нарушить прибыльную торговлю между Санта-Фе и Сент-Луисом. За поколение, прошедшее с тех пор, как Мексика открыла свои рынки в 1821 году, тропа Санта-Фе стала главной торговой артерией Запада, и американцы торговали даже южнее Сальтильо и Чиуауа. В самом Санта-Фе некоторые купцы, как испаноязычные, так и англоязычные, считали, что захват власти Соединенными Штатами облегчит их коммерческие отношения; их называли «американской партией». Однако большинство населения, включая католическое духовенство, расценили эту перспективу как навязывание чужеземного правления. Четыре тысячи нуэвомексиканцев вызвались защищать суверенитет Мексики от захватчиков. Губернатор собрал их в каньоне Апачи — идеальном месте для обороны, через которое должна была пройти армия Керни, чтобы достичь Санта-Фе.[1811]

Мануэль Армихо, бизнесмен-самоучка, был эффективным губернатором Нью-Мексико. В 1841 году его солдаты захватили экспедицию Техасской республики против Санта-Фе и с триумфом отправили пленников в Мехико. Однако на этот раз армия Керни превосходила техасскую. 12 августа делегация захватчиков прибыла под флагом перемирия. Армихо долго беседовал наедине с Джеймсом Магоффином, гражданским агентом Керни. Через несколько дней Армихо распустил своё ополчение и бежал в Чиуауа. Многие мексиканцы обвиняли его в том, что он взял взятку у гринго. Армихо действительно казался при деньгах, и Магоффин позже потребовал от американского казначейства возмещения пятидесяти тысяч долларов, из которых тридцать тысяч были выплачены. Тем не менее губернатор мог решить, что его добровольцы с их примитивным оружием не смогут долго оттягивать неизбежное, и хотел избежать кровопролития. Мотивы Армихо, как и Санта-Анны, давно стали предметом спекуляций.[1812]

18 августа 1846 года армия Запада прошла через каньон Апачи, вошла в Санта-Фе без единого выстрела и подняла звездно-полосатый флаг. С июня солдаты прошли 856 миль. В следующее воскресенье генерал Керни посетил мессу, надеясь, что сантафечиньос воспримут это как примирительный жест. Американцы построили форт с помощью местных каменщиков; два офицера и ученый рядовой составили новый юридический кодекс для Нью-Мексико. По замыслу испанской короны, её северные пограничные территории должны были стать барьером против вторжения, но Калифорния, Нью-Мексико и Техас оказались воротами для него.[1813]

Восемнадцатилетняя Сьюзен Магоффин (невестка секретного агента Джеймса) вела дневник, который рассказывает многое из того, что мы знаем о жизни в оккупированном Санта-Фе и о трудностях, связанных с разбором правдивых и ложных слухов о событиях в других местах. Керни отправил отряды, чтобы показать апачам, навахо и юте, что отныне они будут делить свою страну с более грозным белым присутствием. Ожидалось, что большая часть Западной армии продолжит путь из Нью-Мексико, чтобы принять участие в завоевании Калифорнии. Поэтому 25 сентября Керни отправился в Сан-Диего со знаменитым Китом Карсоном в качестве проводника, хотя, узнав, что Стоктон и Фремонт покорили Калифорнию, он решил взять с собой всего сотню драгун. Только позже Керни понял, что его экспедиции придётся сражаться с калифорнийцами.

Перед отъездом Керни отправил 924 добровольца Первого Миссурийского полка под командованием полковника Александра Донифана в Чиуауа, более чем в пятистах милях к югу, чтобы удержать его торговлю в орбите Санта-Фе. С экспедицией отправились триста повозок с торговцами и товарами; Чиуауа «покупала американцев» под дулом пистолета. Донифан продемонстрировал своё мужество в Миссури как адвокат-язычник, готовый отстаивать права мормонов. В этой замечательной экспедиции он ещё раз продемонстрирует свои качества. Донифан и его отряд выполнили свою миссию, попутно выиграв два сражения и поживившись за счет страны, к гневу незадачливых мексиканских граждан, оказавшихся на их пути. Затем его суровые пограничники прошли ещё шестьсот миль на восток, чтобы соединиться с армией Тейлора, и когда они вернулись домой по окончании годичного срока службы, то обнаружили, что их подвиги стали легендарными, хотя и не оказали большого влияния на исход войны.[1814]

В октябре в Санта-Фе прибыли Второй Миссурийский полк и батальон мормонов. Миссурийцы остались в качестве оккупационной силы, но, отдохнув неделю, большинство мормонов продолжили путь в Калифорнию, следуя несколько иным маршрутом, чем Керни, чтобы увеличить географическую информацию, особенно для железнодорожного маршрута. Они прибыли в Сан-Диего 29 и 30 января 1847 года, оборванные и изможденные, немного опоздав к началу боевых действий. Они прошли две тысячи миль от Айовы и перенесли много трудностей, особенно на последнем этапе пути, когда им пришлось разбирать свои повозки, переносить их через горы и снова собирать. Эти пехотинцы были демобилизованы в июле 1847 года, так и не услышав ни одного выстрела в гневе. Бригам Янг обещал, что никто из них не погибнет от вражеских действий, и так оно и оказалось, хотя только 335 мужчин и 3 женщины добрались до Сан-Диего. После демобилизации некоторые из них взяли на себя долгий путь обратно в Айову, чтобы присоединиться к мормонам там; некоторые некоторое время работали в Калифорнии. Подавляющее большинство в конце концов добралось до Юты.[1815]

Вашингтон приказал Керни оставить на посту как можно больше мексиканских чиновников; вместо этого перед своим отъездом он назначил гражданское правительство Нью-Мексико, контролируемое купеческой фракцией «Американской партии» и возглавляемое Чарльзом Бентом, владельцем форта Бентс, который женился на представительнице знатной мексиканской семьи. Эти купцы приветствовали внезапное расширение торговли с Сент-Луисом (за первые несколько месяцев было продано товаров на сумму более 1 000 000 долларов, что втрое превышало все показатели предыдущего года).[1816] Хотя в это правительство вошли некоторые латиноамериканцы, старая элита Санта-Фе и римско-католическое духовенство чувствовали себя маргиналами, а те представители всех социальных слоев, которые хотели противостоять янки, оставались непримиримыми. Недисциплинированные и разгульные солдаты-добровольцы делали оккупацию непопулярной. Индейцы пуэбло, которые в прошлом восставали против испанской и мексиканской власти, возмущались вновь навязанной властью Соединенных Штатов. 17 января 1847 года пуэбло и мексиканцы объединились и подняли восстание против американской оккупации. Восстание произошло в Таосе, втором по значению городе Нью-Мексико и самостоятельном торговом центре. Губернатор Бент, находившийся там по делам, был убит вместе с другими членами «американской партии», а его скальп выставлен на всеобщее обозрение. Полковник Стерлинг Прайс, сменивший Керни, быстро принялся подавлять восстание там, где оно вспыхнуло, и пресекать его в зародыше там, где оно ещё оставалось заговором. Последняя группа повстанцев была захвачена 4 февраля в бою в церкви Таос Пуэбло, где они укрылись. Вместо того чтобы обращаться с ними как с военнопленными, шестнадцать пленников были преданы суду за убийство и государственную измену, осуждены и повешены. Гектор Льюис Гаррард, молодой американец, наблюдавший за судом над ними, писал: «Я вышел из комнаты с болью в сердце. Правосудие! Прочь это слово, когда его искаженное значение служит оправданием для убийства тех, кто до последнего защищает свою страну и свой дом». 26 июня 1847 года военный министр Марси постановил, что инсургенты не могут быть виновны в измене, поскольку не обязаны хранить верность Соединенным Штатам, но к этому времени все приговоры, кроме одного, были приведены в исполнение.[1817]