Недооценив сложность этой затеи, президент Полк и его советники не решались навязать Мексике войну. Они знали, что мексиканские вооруженные силы плохо оснащены, Калифорния и Нью-Мексико удерживаются слабо, а мексиканское правительство, по сути, банкрот, не имеет перспектив исправить эти недостатки. В результате американская администрация рассчитывала, что война будет короткой, легкой и недорогой. Но это отражало слабое знание географии Мексики, опасности болезней для армии вторжения или решимости мексиканского народа. Война длилась всего несколько месяцев, когда администрация Полка начала пытаться заключить мирный договор, полагая, что её противники быстро поймут тщетность сопротивления. По иронии судьбы, победителем в этой войне оказалась та сторона, которая больше стремилась её закончить; привлечь мексиканцев к мирному столу оказалось непросто.

За исключением одной роты техасских рейнджеров, небольшая армия, победившая в Пало-Альто и Ресака-де-ла-Пальма, состояла из регулярных, то есть профессиональных солдат. (Среди лейтенантов были будущие генералы Гражданской войны Джордж Гордон Мид, Улисс Грант и Джеймс Лонгстрит). Большинство добровольцев, прибывших впоследствии для пополнения армии Тейлора, прибыли с Юга и Запада, сначала из-за близости к театру военных действий, а затем из-за быстрого охлаждения энтузиазма к войне на Северо-Востоке. Хотя добровольцы быстро превзошли регулярные войска по численности, их польза была ограничена не только отсутствием подготовки и дисциплины, но и тем, что они были призваны на службу всего на один год, по истечении которого они могли свободно уйти и часто так и делали. Добровольческие подразделения часто создавались местными политиками, уполномоченными на это; они могли предпочесть набрать лояльных политикам людей и закрыть глаза на других желающих служить. Тейлор быстро пришёл к выводу, что вся система набора добровольцев не годится.[1784] Короткий срок призыва помогал пополнять ряды и отражал излишнюю самоуверенность американской общественности и администрации Полка; в конце концов, однако, правительство осознало, что должно просить добровольцев служить на протяжении всей войны. Опыт войны с Мексикой показал ценность профессиональной армии, особенно профессионального офицерского корпуса; разговоры об упразднении военной академии в Вест-Пойнте прекратились.

Президент не приветствовал улучшение имиджа регулярной армии. Большинство кадровых армейских офицеров были вигами. Они ожидали, что армия мирного времени, как и внутренние улучшения, выиграет от сильного правительства вигов; действительно, инженерный корпус тогда, как и сейчас, играл видную роль в строительстве внутренних улучшений. Кроме того, индейская политика Демократической партии — Устранение и Семинольская война — стала непопулярной среди армейских офицеров, которые воочию убедились в её последствиях.[1785] Полк нуждался в победах, но боялся, что они могут привести к появлению ещё одного военного героя из числа вигов, такого как Уильям Генри Гаррисон. Как с сарказмом писал один из знающих людей, президент хотел «маленькой войны, достаточно большой, чтобы потребовать заключения мирного договора, и недостаточно большой, чтобы сделать военную репутацию опасной для президентства».[1786] Два самых успешных генерала в войне, Закари Тейлор и Уинфилд Скотт, стали предметом сильной ревности и подозрений президента из-за их политических связей с вигами; как только они послужили его целям, он сделал все возможное, чтобы принизить их достижения и разрушить их карьеру. Полк стремился нивелировать партийную принадлежность регулярных войск, назначая «генералов-добровольцев». Каждый из тринадцати генералов, которых назначил Полк, был демократом, большинство из них — бывшие офицеры. (Другие офицеры для добровольческих подразделений выбирались губернаторами штатов или избирались людьми, которыми они командовали). Президент даже предложил, чтобы общее командование армией перешло к сенатору-демократу Томасу Харту Бентону, хотя Конгресс так и не утвердил назначение миссурийца генерал-лейтенантом, а Бентон, как и большинство демократов Ван Бюрена, в итоге полностью рассорился с Полком.[1787]

Мексика имела постоянную армию, небольшую по европейским меркам, но значительно превосходящую по численности армию Соединенных Штатов. Помимо войны с Техасом, эта армия отражала вторжения Испании и Франции и усмирила несколько внутренних восстаний за поколение, прошедшее с момента обретения независимости. В результате офицеры часто имели боевой опыт; более того, многие из высших чинов сражались на стороне испанского короля во время Мексиканской революции. К сожалению, многие офицеры испытывали большую лояльность к армии как институту, чем к своим гражданским начальникам. В мексиканской армии кавалерия представляла собой элитное подразделение, славившееся превосходным наездничеством. Пехота даже в мирное время состояла из крестьян-новобранцев, часто индейцев, плохо знавших испанский язык и не имевших чувства мексиканской национальности, вооруженных старыми мушкетами, проданными британской армией как излишки после Наполеоновских войн. Устаревшая артиллерия была самым слабым звеном, за недостаток которого Мексика дорого заплатит в грядущих сражениях. Несмотря на то что официальная шкала жалованья в мексиканской армии выгодно отличалась от американской, на практике армия часто оставалась без зарплаты и снабжения и прибегала к наживе на местном гражданском населении. По мере того как война продолжалась, и мексиканская армия все чаще прибегала к помощи необученных солдат, которые могли вступить в бой, ни разу не выстрелив из своего оружия. Наконец, штаты Мексиканского союза контролировали местное ополчение, называемое отрядами национальной гвардии. Хотя отряды национальной гвардии не всегда были хорошо оснащены или обучены, они демонстрировали высокий дух корпуса и, защищая свои дома, стойко противостояли американской огневой мощи.[1788]

В войсках Закари Тейлора иммигранты составляли не менее половины рядового состава; это было типично для состава регулярной армии США. Только ирландцы составляли четверть, а немцы — 10%. Мексиканцы обращались к американским войскам с настоятельными призывами перейти на их сторону, в первую очередь к иммигрантам и католикам. В своих обращениях они подчеркивали несправедливость дела захватчиков в глазах «цивилизованных людей» и указывали на то, что общего между североамериканскими католиками и мексиканскими католиками. Ссылаясь на известные беспорядки протестантских нативистских толп в США, мексиканский памфлет спрашивал: «Можете ли вы сражаться на стороне тех, кто поджигает ваши храмы в Бостоне и Филадельфии?» Мексика также предлагала земельные гранты солдатам противников, которые дезертируют и заявят о себе: двести акров для рядового, пятьсот — для сержанта. В совокупности побуждения и пропаганда возымели действие. Первые выстрелы в войне прозвучали 4 апреля 1846 года, причём не между мексиканскими и американскими войсками, а американскими часовыми по иммигранту-дезертиру, переплывшему через Рио-Гранде на мексиканскую сторону. (Этот эпизод вызвал вопросы в Конгрессе.) Около трехсот американских дезертиров, подавляющее большинство из которых были католиками и/или иммигрантами, вступили в мексиканскую армию. Мексиканцы организовали их в собственное подразделение, названное Батальоном Святого Патрика, поскольку самой многочисленной национальной группой среди санпатрициев были ирландцы.[1789] В ответ армия США назначила двух первых католических капелланов (один из которых был убит на службе). Большинство из 9207 дезертиров из американских вооруженных сил не взяли в руки оружие против своих бывших товарищей, а просто исчезли. Процент дезертирства в войне с Мексикой — 8,3% — был самым высоким среди всех иностранных войн в истории Соединенных Штатов — в два раза выше, чем во Вьетнамской войне. Жестокие телесные наказания, сомнения в правоте американцев и предрассудки офицеров-нативистов — все это усугубляло проблему дезертирства. Иногда регулярные солдаты дезертировали, чтобы присоединиться к добровольческим подразделениям в поисках щедрот и более мягкой дисциплины.[1790]