В июне Санта-Анна в послании, отправленном через британцев, намекнул, что может заключить мир в обмен на взятку в миллион долларов, причём десять тысяч он получит вперёд. Скотт и представитель Госдепартамента Николас Трист, уполномоченный вести переговоры с мексиканцами, после колебаний и обсуждения с другими американскими генералами решили отправить десять тысяч. Деньги исчезли без всякой видимой цели. Санта-Анна вполне мог быть готов продать интересы своей страны; мексиканский конгресс подозревал это и 20 апреля принял закон, согласно которому несанкционированные мирные переговоры считались государственной изменой. Готовность Скотта добиваться мира любыми путями, после того как об этом стало известно американской общественности и администрации (возможно, об этом стало известно благодаря Гидеону Пиллоу), вернётся и будет преследовать его.[1869]

Потребовался весь военный гений Скотта и долгие упорные бои его армии, прежде чем американцы достигли цели своей кампании. 7 августа 1847 года 10 738 человек отправились в путь через горные перевалы высотой в десять тысяч футов, намереваясь захватить метрополию с населением в двести тысяч человек. Город Мехико, расположенный в долине Мехико, занимал остров посреди болот, к которому можно было подойти только по определенным дорогам. Санта-Анна, подобно фениксу, оправился от позора поражения при Серро-Гордо и возглавил оборону своей столицы. Снова собирая войска и снаряжение, он сумел обойти морскую блокаду, импортируя оружие через Гватемалу.[1870] Этот непревзойденный торговец всегда лучше умел собирать армии, чем содержать или использовать их. Санта-Анна предполагал, что Скотт будет наступать по самому прямому маршруту, и строил укрепления соответственно. Но американские инженерные офицеры — в частности, полковник Джеймс Дункан и, опять же, капитан Роберт Э. Ли — указали другие маршруты, и Скотт повел свою армию на юг, причём войска под руководством Ли даже пересекли труднопроходимый пласт высохшей лавы под названием Педрегаль. При Контрерасе 20 августа армия Скотта одержала победу над армией генерала Габриэля Валенсии, что стало результатом ревности между мексиканскими генералами; Валенсия не подчинился приказам Санта-Анны в надежде самому одержать победу, после чего Санта-Анна отказался подкрепить Валенсию. Чтобы прикрыть свой отход после битвы, Санта-Анна разместил около пятнадцати сотен местных национальных гвардейцев и санпатрициев во францисканском монастыре Сан-Матео, защищавшем мост через реку Чурубуско (названную, соответственно, в честь ацтекского бога войны). Скотт, надеясь разбить отступающих мексиканцев, когда они будут переправляться через Чурубуско, приказал взять монастырь. Далее последовал один из самых ожесточенных боев за всю войну — демонстрация героизма простых солдат с обеих сторон. Снова и снова нападавшие прорывались через кукурузные поля, но были отбиты стойкими защитниками. Только после того, как у ополченцев закончились боеприпасы, мексиканцы были побеждены; Санта-Анна отверг их просьбы о пополнении запасов, ошибочно посчитав их дело безнадежным и лишь средством выиграть время. Санпатрики сражались с мужеством, порожденным отчаянием, зная о вероятной участи, которая ожидает их в плену. В конце концов восемьдесят пять из них попали в руки своих бывших товарищей; около шестидесяти пяти погибли в бою, а сотне или более удалось бежать.[1871]

В этот момент Скотт мог войти в Мехико. Он решил этого не делать, полагая, что его голодные войска, временно дезорганизованные битвой, будут грабить и жечь. В таком беспорядке, объяснил он военному секретарю, все мексиканское правительство может распасться, не оставив никого, с кем он мог бы заключить договор.[1872] Целью Скотта было не создание городской пустоши, а «завоевание мира» (по выражению того времени), поэтому он остановился у городских ворот и предложил переговоры. Секретные сообщения вновь дали Скотту повод надеяться, что непредсказуемый Санта-Анна пойдёт на уступки. Перемирие началось 21 августа, но переговоры, которые оно позволило провести, ни к чему не привели, поскольку мексиканцы оказались не готовы уступить столько территории, сколько требовали американские переговорщики. Тем временем Санта-Анна укреплял свою оборону, а Скотт закупал провизию у своих врагов. (Вместо того чтобы купить ещё больше, он отдал на свободу около трех тысяч мексиканских пленных). К 6 сентября обе стороны были готовы возобновить войну. Санта-Анна призвал жителей города «беречь ваши алтари от позорного посягательства, а ваших дочерей и жен — от жестокого оскорбления».[1873]

Разведка донесла до Скотта, что мексиканцы переделывают церковные колокола в пушки на мукомольной мельнице под названием Молино дель Рей. Генерал приказал совершить быстрый налет на мельницу ранним утром 8 сентября. К сожалению, собственная разведка Санта-Анны вовремя предупредила его, подготовив теплый приём для нападавших, и вылазка переросла в крупное сражение. Прежде чем американцам удалось уничтожить мельницу, они понесли почти восемьсот потерь, потеряв четверть своих войск, что стало пирровой победой для армии, имевшей в своём распоряжении всего около восьми тысяч бойцов для наступления на столицу противника. Хуже того, разведданные, на которых основывалась атака, оказались ошибочными: В Молино не было оружия массового поражения.

В пределах видимости от Молино-дель-Рей возвышалась гора Чапультепек с замком на вершине, первоначально построенным для вице-короля Новой Испании, а ныне — Colegio Militar, мексиканская военная академия. Этот опорный пункт защищал юго-западный вход в Мехико, и Скотт сразу же обратил внимание на его уменьшение. Замок выглядел очень грозно, и американцы со всей серьезностью взялись за его разрушение. Четырнадцатичасовая бомбардировка 12 сентября предшествовала штурму утром тринадцатого. Санта-Анна не обеспечил должного гарнизона позиции. В самом замке находилось всего около двухсот мексиканских солдат, а также пятьдесят девять кадетов в возрасте от тринадцати до девятнадцати лет, которые попросили разрешения принять участие в обороне своего колледжа. Ещё около шестисот мексиканских солдат заняли холм у здания. В фургоне американского десанта шли добровольцы из бригады Франклина Пирса, хотя сам бригадный генерал Пирс был ранен, упав с лошади. (Его отсутствие в бою не помешало Пирсу быть избранным президентом США в 1852 году). В штурме участвовали капитан Роберт Андерсон и лейтенанты Улисс Грант, Джеймс Лонгстрит и Джордж Пикетт, чьи имена в последующие годы станут знакомы всем американцам. С помощью лестниц нападавшие забрались в крепость. Защитники решили дорого продать свои жизни. Среди погибших было шестеро молодых кадетов, которых сегодня в Мексике называют Los Niños Héroes и увековечивают в памятнике возле Военного колледжа.

Поднятие звездно-полосатого флага над замком стало славным моментом для армии США, но оно стало мрачным посланием для тридцати бывших санпатрициев, захваченных в плен в Чурубуско и осужденных военным трибуналом за дезертирство. Привязанные к индивидуальной виселице, они были вынуждены стоять и смотреть на замок на горизонте в течение четырех часов, пока появление американского флага не послужило сигналом к их казни. Двадцать других санпатрициев уже были повешены. Однако генерал Скотт, рассматривая приговоры военного трибунала, умерил справедливость и милосердие. Он помиловал пятерых из семидесяти осужденных и заменил приговоры пятнадцати другим более мягким наказанием — пятьюдесятью ударами плетью и клеймом в виде буквы «D» на щеке. К гневу многих в армии, Джон Райли был в числе тех, чьи жизни генерал пощадил. Самый известный отступник дезертировал ещё до объявления войны, и Скотт отметил, что смертная казнь не применяется к дезертирству в мирное время. Удивительно, но широко разрекламированные наказания санпатрициев не помешали ещё примерно сотне американских солдат перейти на сторону мексиканцев в оставшиеся месяцы войны. Многие дезертиры просто растворились в мексиканском населении; сам Райли вернулся в мексиканскую армию, носил длинные волосы, чтобы скрыть шрамы от клеймения, и после повышения в звании до полковника вышел в отставку. Ни он, ни кто-либо другой, судя по всему, не получил обещанных мексиканских земель. Хотя армия США и, в частности, лояльные американцы ирландского происхождения считали санпатрициев позором (в течение нескольких десятилетий в конце XIX века военное министерство отрицало их существование), в Мексике установлен памятник им и ежегодно проводятся памятные мероприятия.[1874]