Трибунал инквизиции был не только обвинителем, судьей и присяжными; он также издавал декреты о вере и морали и устанавливал градацию наказаний. Во многих случаях он проявлял милосердие, освобождая от части наказания по причине возраста, невежества, бедности, опьянения или общей хорошей репутации кающегося. Самым мягким наказанием был выговор. Более тяжким было принуждение к публичному отречению от ереси, которое оставляло клеймо даже на невиновном до конца его дней. Обычно осужденного кающегося обязывали регулярно посещать мессу, надевая «санбенито» — одежду с изображением пылающего креста. Его могли провести по улицам раздетым до пояса и со знаками отличия. Он и его потомки могут быть навсегда лишены права занимать государственные должности. Его могли изгнать из своего города, а в редких случаях и из Испании. Его могли бичевать одной или двумя сотнями плетей до «предела безопасности»; это относилось как к женщинам, так и к мужчинам. Его могли заключить в тюрьму или осудить на галеры, что Фердинанд рекомендовал как более полезное для государства. Он мог заплатить значительный штраф или конфисковать свое имущество. В некоторых случаях в ереси обвиняли умерших людей, их судили посмертно и приговаривали к конфискации, в этом случае наследники лишались завещанного имущества. Доносчикам на умерших еретиков предлагали от 30 до 50 процентов выручки. Семьи, опасавшиеся подобных приговоров задним числом, иногда платили инквизиторам «композиции» в качестве страховки от конфискации наследства. Богатство становилось опасностью для его владельца, соблазном для доносчиков, инквизиторов и правительства. По мере того как деньги текли в казну инквизиции, ее чиновники становились менее ревностными в сохранении ортодоксальной веры, чем в приобретении золота, и коррупция благочестиво процветала.31

Высшей мерой наказания было сожжение на костре. Этому наказанию подвергались те, кто, будучи признан виновным в серьезной ереси, не исповедовался до вынесения приговора, а также те, кто, исповедовавшись вовремя и получив «примирение» или прощение, вновь впадал в ересь. Сама инквизиция утверждала, что никогда не убивала, а лишь передавала осужденного светским властям; однако она знала, что уголовный закон делает сожжение на костре обязательным при всех приговорах за крупную и нераскаянную ересь. Официальное присутствие церковников на auto-da-fé откровенно показало ответственность Церкви. Акт веры» — это не просто сожжение, это вся впечатляющая и страшная церемония вынесения приговора и казни. Ее целью было не только устрашение потенциальных преступников, но и назидание народа как предвкушение Страшного суда.

Сначала процедура была проста: приговоренных к смерти выводили на публичную площадь, связывали в ярусы на костре, инквизиторы восседали на помосте перед ним, произносили последний призыв к признанию, зачитывали приговоры, зажигали костры, завершали агонию. Но по мере того как сожжения становились все более частыми и несколько утрачивали свою психологическую силу, церемония становилась все более сложной и впечатляющей, а ее постановка осуществлялась со всей тщательностью и затратами, свойственными крупному театральному представлению. По возможности ее приурочивали к восшествию на престол, бракосочетанию или визиту испанского короля, королевы или принца. На них приглашались, а фактически были обязаны присутствовать, муниципальные и государственные чиновники, сотрудники инквизиции, местные священники и монахи. Накануне казни эти высокопоставленные лица присоединялись к мрачной процессии по главным улицам города, чтобы возложить зеленый крест инквизиции на алтарь собора или главной церкви. Последние усилия были направлены на то, чтобы добиться от приговоренных признания; многие из них уступили, и приговор был заменен на тюремное заключение на срок или пожизненно. На следующее утро заключенных плотной толпой вели на городскую площадь: самозванцев, богохульников, двоеженцев, еретиков, новообращенных, в более поздние времена — протестантов; иногда в процессию включали чучела отсутствующих осужденных или ящики с костями приговоренных после смерти. На площади, на одном или нескольких возвышенных помостах, сидели инквизиторы, светское и монашеское духовенство, городские и государственные чиновники; иногда председательствовал сам король. Была произнесена проповедь, после чего всем присутствующим было велено произнести клятву повиновения Священной канцелярии инквизиции и обещание обличать и преследовать ересь во всех ее проявлениях и повсюду. Затем одного за другим заключенных вели перед трибуналом, и им зачитывали приговоры. Не стоит представлять себе мужественное сопротивление; вероятно, на этом этапе каждый узник был близок к духовному истощению и физическому краху. Даже теперь он мог спасти свою жизнь признанием; в этом случае инквизиция обычно довольствовалась бичеванием, конфискацией имущества и пожизненным заключением. Если признание задерживалось до вынесения приговора, заключенный получал милость быть задушенным перед сожжением; а поскольку такие признания в последнюю минуту случались часто, сожжение заживо было относительно редким явлением. Тем, кто был признан виновным в крупной ереси, но отрицал ее до конца, было отказано (до 1725 года) в последних таинствах Церкви, и они, по замыслу инквизиции, были преданы вечному аду. Теперь «примирившихся» возвращали в тюрьму, а нераскаявшихся «расслабляли» под мирскую руку, с благочестивым предостережением, чтобы не пролилась кровь. Их вывели из города между толпами, собравшимися со всей округи ради этого праздничного зрелища. Прибыв на место, приготовленное для казни, исповедавшихся душили, а затем сжигали; непокорных сжигали заживо. Костры разжигали до тех пор, пока от мертвецов не остался лишь пепел, который был развеян над полями и ручьями. Жрецы и зрители вернулись к своим алтарям и домам, убежденные, что была принесена умилостивительная жертва Богу, оскорбленному ересью. Человеческое жертвоприношение было восстановлено.

Первые инквизиторы были назначены Фердинандом и Изабеллой в сентябре 1480 года для округа Севилья. Многие севильские конверсо бежали в сельскую местность и искали убежища у феодалов. Те были склонны защищать их, но инквизиторы пригрозили баронам отлучением от церкви и конфискацией имущества, и беженцы сдались. В самом городе некоторые конверсо планировали вооруженное сопротивление; заговор был раскрыт, причастных арестовали, и вскоре темницы были переполнены. Суды следовали со злобной поспешностью, и первое авто-да-фе испанской инквизиции было отпраздновано 6 февраля 1481 года сожжением шести мужчин и женщин. К 4 ноября того же года было сожжено 298 человек; семьдесят девять были заключены в пожизненную тюрьму.

В 1483 году по просьбе Фердинанда и Изабеллы папа Сикст IV назначил доминиканского монаха Томаса де Торквемаду генеральным инквизитором всей Испании. Это был искренний и неподкупный фанатик, презиравший роскошь, лихорадочно работавший и радовавшийся возможности послужить Христу, преследуя ересь. Он упрекал инквизиторов в снисходительности, отменил множество оправдательных приговоров и потребовал, чтобы раввины Толедо под страхом смерти доносили на всех иудаизирующих конверсо. Папа Александр VI, поначалу высоко оценивший его преданность своему делу, был встревожен его суровостью и приказал ему (1494) разделить свои полномочия с двумя другими «генеральными инквизиторами». Торквемада отстранил этих коллег, сохранил решительное руководство и превратил инквизицию в imperium in imperio, соперничающую с властью государей. Под его руководством инквизиция в Сьюдад-Реаль за два года (1483–84) сожгла 52 человека, конфисковала имущество 220 беглецов и наказала 183 кающихся. Перенеся штаб-квартиру в Толедо, инквизиторы в течение года арестовали 750 крещеных евреев, конфисковали пятую часть их имущества и приговорили их к покаянным шествиям по шести пятницам с поркой себя пеньковыми шнурами. Еще два ауто-да-фе в том же году (1486) в Толедо привели к дисциплинарной ответственности 1650 кающихся. Аналогичные работы проводились в Вальядолиде, Гваделупе и других городах Кастилии.