Осенью 1537 года Лойола, Фабер и Лейнес отправились из Венеции в Рим, чтобы попросить папского одобрения своих планов. Всю дорогу они шли пешком, выпрашивали еду и жили в основном на хлебе и воде. Но по дороге они радостно пели псалмы, словно знали, что из их небольшого числа вырастет мощная и блестящая организация.

Прибыв в Рим, они не сразу попросили аудиенции у Папы, поскольку Павел III был погружен в важнейшую дипломатию. Они служили в испанском госпитале, ухаживали за больными, учили молодежь. В начале 1538 года Павел принял их, и на него произвело впечатление их желание отправиться в Палестину и жить там как примерные монахи; он и некоторые кардиналы пожертвовали 210 крон ($5,-250?) на оплату проезда группы Когда посвящённым пришлось отказаться от этой идеи как неосуществимой, они вернули деньги жертвователям.36 Оставшиеся на севере члены группы были вызваны в Рим, и теперь в ней насчитывалось одиннадцать человек. Павел назначил Фабера и Лейнеса профессорами в Сапиенце (Римском университете), а Игнатий и остальные посвятили себя делам благотворительности и образования. Особой миссией Лойолы было обращение проституток; на средства, собранные со своих сторонников, он основал Дом Марфы для приема таких женщин; а его горячая проповедь против сексуальных проступков нажила ему много врагов в Риме.

По мере того как в компанию принимались новые кандидаты, возникла необходимость определить ее принципы и правила. К обетам целомудрия и бедности был добавлен обет послушания; избранный ими «генерал» должен был подчиняться только Папе. Был дан четвертый обет: «служить Римскому понтифику как наместнику Бога на земле» и «исполнять немедленно, без колебаний и оправданий все, что правящий папа или его преемники могут предписать им на благо душ или для распространения веры» в любой точке мира. В 1539 году Лойола попросил кардинала Контарини представить эти организационные статьи Павлу III и попросить папу утвердить компанию в качестве нового ордена. Папа был благосклонен; некоторые кардиналы не согласились, считая группу неуправляемыми экстремистами, но Павел преодолел их возражения и буллой Regimini militantis ecclesiae («Для правления Воинствующей Церкви») официально учредил то, что в булле называлось Societas Jesú:, «Общество Иисуса» (27 сентября 1540 года). Члены Общества правильно назывались «Регулярными клерками Общества Иисуса»; название «иезуит» появилось только в 1544 году, и то в основном как сатирический термин, использовавшийся Кальвином и другими критиками;37 Сам Игнатий его никогда не употреблял. После его смерти успех нового ордена лишил этот термин его раннего жала, и в XVI веке он стал почетным знаком.

17 апреля 1541 года Игнатий был избран генералом. В течение нескольких дней после этого он мыл посуду и выполнял самые скромные обязанности.38 В оставшиеся годы (ему было уже пятьдесят) он сделал Рим своим домом, а город стал постоянной штаб-квартирой общества. Между 1547 и 1552 годами, после долгих размышлений и экспериментов, он составил Конституции, которые с небольшими изменениями являются правилами иезуитов сегодня. Высшая власть в ордене должна была принадлежать полностью «исповеданным» членам. Они выбирали двух делегатов от каждой провинции, и эти делегаты — вместе с главами провинций, генералом и его помощниками — должны были составлять «Генеральную конгрегацию». Когда потребуется, она изберет нового генерала, а затем передаст ему свои полномочия, пока он не совершит серьезного проступка. Ему были приданы «адмонитор» и четыре помощника, которые должны были следить за каждым его поступком, предупреждать его о серьезных проступках и, если возникнет необходимость, созывать Генеральную конгрегацию для его низложения.

Кандидаты на вступление должны были пройти двухлетний курс послушничества, в ходе которого их обучали целям и дисциплине общества, они проходили духовные упражнения, выполняли рутинные обязанности и подчинялись начальству в абсолютном «святом послушании». Они должны отбросить свою индивидуальную волю, позволить приказывать себе, как солдатам, и передвигаться «как трупы»;39 Они должны научиться чувствовать, что, повинуясь начальству, они повинуются Богу. Они должны согласиться сообщать начальству о проступках своих товарищей и не обижаться на то, что на них самих доносят.40 Эта дисциплина была строгой, но разборчивой и гибкой; она редко ломала волю или уничтожала инициативу. Очевидно, готовность подчиняться — это первый шаг в обучении командованию, ведь такое обучение породило множество способных и предприимчивых людей.

Те, кто пережил это испытание послушничеством, давали «простые», не подлежащие отмене обеты бедности, целомудрия и послушания и вступали во «второй класс». Некоторые из них останутся в этом статусе в качестве братьев-мирян; некоторые, как «сформированные схоласты», стремящиеся к священству, будут изучать математику, классику, философию и теологию, а также преподавать в школах и колледжах. Те, кто прошел дальнейшие испытания, переходили в третий класс — «образованных коадъюторов»; а некоторые из них могли подняться в четвертый класс — «исповедуемых» — всех священников, специально обязавшихся взять на себя любое задание или миссию, порученную им Папой. Исповедуемые» обычно составляли незначительное меньшинство — иногда едва ли больше десятой части всего общества.41 Все четыре класса должны были жить общей жизнью, как монахи, но в связи с многочисленными административными и педагогическими обязанностями они были освобождены от монашеского обязательства читать канонические часы. Никаких аскетических практик не требовалось, хотя в отдельных случаях они могли быть рекомендованы. В еде и питье должна была быть умеренность, но не строгий пост; тело, как и разум, должно было быть в форме для выполнения всех задач. Член ордена мог сохранить за собой право собственности на то имущество, которым он владел при вступлении в орден, но все доходы от него должны были поступать в общество, которое надеялось стать конечным наследником. Каждое владение и действие иезуита должно быть посвящено ad majorem Dei gloriam — во славу Божью.

Редко какой институт несет на себе столь явную печать одной личности. Лойола прожил достаточно долго, чтобы переработать Конституции в успешно функционирующее правило. Из своей маленькой, голой комнаты он с суровым авторитетом и большим мастерством руководил передвижениями своей маленькой армии во всех уголках Европы и многих других частях земного шара. С возрастом задача управления обществом, а также создания и управления двумя колледжами и несколькими благотворительными фондами в Риме оказалась слишком тяжелой для его характера; и хотя он был добр к слабым, он стал жестокосердным к своим ближайшим подчиненным.42 Он был самым суровым к себе. Многие блюда он готовил из горсти орехов, куска хлеба и чашки воды. Часто он оставлял для сна всего четыре часа в сутки и даже ограничивал до получаса ежедневный период, который он позволял себе для небесных видений и озарений.43 Когда он умер (1556), многие римляне почувствовали, что резкий ветер перестал дуть, и, возможно, некоторые из его последователей смешали облегчение с горем. Люди не могли понять, что так скоро этот неукротимый испанец окажется одним из самых влиятельных людей в современной истории.

К моменту его смерти общество насчитывало около тысячи членов, из которых около тридцати пяти были «исповедующими». 44 После споров, в которых проявилась значительная воля к власти у иезуитов, якобы сломленных волей, генералом был избран Диего Лейнес (1558); тот факт, что у него были еврейские предки в четырех поколениях, сделал его неприемлемым для некоторых испанских грандов, имевших определенное влияние в ордене.45 Папа Павел IV, опасаясь, что должность генерала иезуитов из-за пожизненного срока пребывания в ней может стать соперником папства, приказал пересмотреть Конституции, чтобы ограничить срок пребывания генерала тремя годами; но Пий IV отменил это распоряжение, и генерал стал (как последующие поколения будут называть его за его черную рясу) «Черным Папой». После того как Франциск Борджиа, герцог Гандии, вступил в орден и одарил его своим богатством, общество стало быстро расти в размерах и могуществе. Когда он стал третьим генералом (1565 год), в нем насчитывалось 3500 членов, проживавших в 130 домах в восемнадцати провинциях или странах.