В рамках этого церковно-духовного правления ведущие семьи Женевы организовали Совет шестидесяти для принятия муниципальных постановлений, а Совет выбирал четырех синдиков в качестве исполнительных чиновников. Обычно Совет собирался в епископском соборе Святого Петра; религиозная и гражданская юрисдикция настолько смешались, что пока епископ чеканил монету и руководил армией, Совет регулировал нравы, выносил отлучения и выдавал лицензии проституткам. Как и в Трире, Майнце и Кельне, епископ был также князем Священной Римской империи и, естественно, брал на себя функции, от которых епископы теперь свободны. Некоторые гражданские лидеры во главе с Франсуа де Бонниваром стремились освободить город как от епископальной, так и от герцогской власти. Чтобы укрепить это движение, патриоты заключили союз с католическим Фрибургом и протестантским Берном. Приверженцев союза называли немецким термином, обозначавшим конфедератов — Eidgenossen, товарищей по клятве; французы превратили его в гугенотов. К 1520 году женевские лидеры были в основном бизнесменами, ведь Женева, в отличие от Виттенберга, была торговым городом, посредничавшим в торговле между Швейцарией на севере, Италией на юге и Францией на западе. Женевские бюргеры создали (1526) Большой совет из двухсот человек, а тот выбрал Малый совет из двадцати пяти, который стал реальным правителем муниципалитета, часто попирая власть как епископа, так и герцога. Епископ объявил город мятежным и призвал на помощь герцогские войска. Они схватили Боннивара и заточили его в Шильонском замке. На помощь осажденной Женеве пришла бернская армия; войска герцога были разбиты и рассеяны; епископ бежал в Анси; герой Байрона был освобожден из темницы. Большой совет, возмущенный тем, что духовенство поддержало Савойю, провозгласил реформатскую веру и взял на себя церковную и гражданскую юрисдикцию во всем городе (1536), за два месяца до прибытия Кальвина.
Доктринальным героем этой революции стал Вильгельм Фарель. Как и Лютер, он был страстно набожен в юности. В Париже он попал под влияние Жака Лефевра д’Этапля, чей перевод и объяснение Библии расстроили ортодоксальность Фареля; в Писании он не нашел ни следа пап, епископов, индульгенций, чистилища, семи таинств, мессы, безбрачия духовенства, поклонения Марии или святым. Презрев рукоположение, он стал независимым проповедником, странствуя из города в город во Франции и Швейцарии. Небольшого роста, слабый, сильный голосом и духом, с бледным лицом, освещенным огненными глазами и огненно-рыжей бородой, он обличал папу как антихриста, мессу как святотатство, церковные иконы как идолы, которые должны быть уничтожены. В 1532 году он начал проповедовать в Женеве. Его арестовали агенты епископа, которые предложили бросить «лютеранского пса» в Рону; вмешались синдики, и Фарель спасся, отделавшись несколькими синяками на голове и плевком на пальто. Он привлек к своим взглядам Совет двадцати пяти, а с помощью Петра Вире и Антуана Фромана вызвал такую поддержку народа, что почти все католическое духовенство покинуло его. 21 мая 1536 года Малый собор постановил отменить мессу и удалить из церквей все изображения и реликвии. Церковное имущество было передано протестантам для использования в целях религии, благотворительности и образования; образование стало обязательным и бесплатным, а строгая моральная дисциплина — законом. Граждан призывали поклясться в верности Евангелию, а тех, кто отказывался посещать реформатские службы, изгоняли.26 Это была Женева, в которую приехал Кальвин.
Фарелю было уже сорок семь лет, и хотя ему суждено было пережить Кальвина на год, он видел в суровом и красноречивом юноше, на двадцать лет младше его, именно того человека, который нужен для консолидации и продвижения Реформации. Кальвин не хотел соглашаться; он планировал всю жизнь заниматься наукой и писательством; он был более спокоен с Богом, чем с людьми. Но Фарель, с видом громогласного библейского пророка, угрожал наложить на него святое проклятие, если он предпочтет свои частные занятия тяжелой и опасной проповеди неразбавленного Слова. Кальвин уступил; Совет и пресвитерий одобрили его, и, не имея другого рукоположения, он начал свое служение (5 сентября 1536 года), произнеся в церкви Святого Петра первую из нескольких речей по Посланиям Святого Павла. Повсюду в протестантизме, за исключением социально радикальных сект, влияние Павла затмевало влияние Петра, предполагаемого основателя Римского престола.
В октябре Кальвин сопровождал Фареля и Вире в Лозанну и принял незначительное участие в знаменитом диспуте, благодаря которому этот город перешел в стан протестантов. Вернувшись в Женеву, старший и младший пасторы собора Святого Петра принялись за новое посвящение женевцев Богу. Искренне принимая Библию как буквальное Слово Божье, они чувствовали неизбежную обязанность следить за соблюдением ее морального кодекса. Они были потрясены, обнаружив, что многие из людей предаются пению, танцам и подобным развлечениям; более того, некоторые играли в азартные игры, пили до опьянения или прелюбодействовали. Целый район города был занят проститутками под властью их собственной Reine du bordel, королевы публичных домов. Для пламенного Фареля и совестливого Кальвина благодушное принятие этой ситуации было изменой Богу.
Чтобы восстановить религиозную основу действенной морали, Фарель издал «Исповедание веры и дисциплины», а Кальвин — популярный «Катехизис», который Большой собор одобрил (ноябрь 1536 года). Граждане, упорно нарушающие моральный кодекс, подлежали отлучению от церкви и изгнанию. В июле 1537 года Совет приказал всем гражданам прийти в церковь Святого Петра и поклясться в верности «Исповеданию» Фареля. Любое проявление католицизма — например, ношение четок, почитание святых реликвий или празднование дня святого — подлежало наказанию. Женщин сажали в тюрьму за ношение неподобающих головных уборов. Бонниварда, слишком радовавшегося своей свободе, предупредили, чтобы он покончил с развратом. Азартных игроков сажали в колодки. Прелюбодеев гнали по улицам в изгнание.
Привыкшие к церковному правлению, но к мягкой моральной дисциплине католицизма, смягченного южным климатом, женевцы сопротивлялись новой диспенсации. Патриоты, освободившие город от епископа и герцога, реорганизовались, чтобы освободить его от своих ревностных служителей. Другая партия, требовавшая свободы совести и вероисповедания и потому называвшаяся либертинами или либералами, была вынуждена отказаться от этого,* объединилась с патриотами и тайными католиками; и эта коалиция на выборах 3 февраля 1538 года получила большинство в Большом совете. Новый Совет велел священнослужителям не вмешиваться в политику. Фарель и Кальвин осудили Собор и отказались служить Вечерю Господню, пока мятежный город не подчинится клятвенной дисциплине. Совет низложил обоих священнослужителей (23 апреля) и приказал им покинуть город в течение трех дней. Народ отпраздновал это увольнение всеобщим ликованием.27 Фарель принял вызов в Невшатель; там он проповедовал до конца своих дней (1565), и его память чтит общественный памятник.
Кальвин отправился в Страсбург, тогда еще свободный город, подчинявшийся только императору, и служил в L’Église des Étrangers, конгрегации протестантов, в основном из Франции. Чтобы прокормиться на пятьдесят два гульдена (1300 долларов?), ежегодно выплачиваемых ему церковью, он продал свою библиотеку и взял в пансион студентов. Считая холостяцкую жизнь неудобной в такой ситуации, он попросил Фареля и Буцера подыскать ему жену и перечислил характеристики: «Я не из тех безумных влюбленных, которые, будучи однажды поражены прекрасной фигурой женщины, принимают и ее недостатки. Меня привлекает только эта красота — чтобы она была целомудренной, услужливой, не привередливой, экономной, терпеливой и заботилась о моем здоровье».28 После двух неудачных попыток он женился (1540) на Иделетт де Бюре, бедной вдове с несколькими детьми. Она родила ему одного ребенка, который умер в младенчестве. Когда она скончалась (1549), он писал о ней с той частной нежностью, которая лежала в основе его публичной суровости. Оставшиеся пятнадцать лет своей жизни он прожил в домашнем одиночестве.