Вслед за созданием Ставки было сформировано совместное совещание правительства со Ставкой (совет по связи правительства со Ставкой). В задачу этого совещания входило согласование вопросов государственной и военной политики. Эти совместные совещания созывались на основе договоренности правительства и верховного командования и не были законодательно утверждены, как, например, заседания кабинета.

Правительство перед принятием какого-либо решения выносило его на обсуждение кабинета министров, и только после одобрения последним оно считалось принятым. Однако при существовавшей в то время практике пункты, имеющие отношение к военным вопросам, из решения кабинета исключались.

Что касается военных мероприятий, то они разрабатывались генеральным штабом и морским генеральным штабом самостоятельно, хотя начальники этих штабов с необходимым аппаратом были представлены в едином органе — Ставке.

Таким образом, совместные заседания правительства и Ставки никакими юридическими правами не обладали. Их решения носили характер простой договоренности. Наиболее важные докладывались императору, и он давал свое согласие на проведение намеченных мероприятий. Часто случалось, что императору докладывали раздельно: премьер-министр — вопросы государственной политики, а начальники генеральных штабов — вопросы военной политики.

Состав совещания не был постоянным. От правительства присутствовали: премьер-министр, министры иностранных дел, военный и военно-морской. От военного руководства — начальники генеральных штабов. Кроме того, в качестве непостоянных членов принимали участие министр финансов и начальник главного управления планирования, а в случае необходимости и другие члены кабинета министров.

При совещании имелся секретариат. Это был рабочий орган, который готовил проекты документов для обсуждения. Проекты, выносимые на обсуждение, докладывались в зависимости от обстановки от имени правительства или Ставки. Если проект вносился от имени Ставки, он предварительно должен был получить одобрение представителей Ставки от армии и флота. В свою очередь, проекты Ставки должны были быть одобрены также военным и военно-морским министрами на заседании Ставки. Следовательно, фактически проекты Ставки носили характер совместных документов министерств армии и флота и верховного командования сухопутных сил и военно-морского флота. Для предварительного согласования разработанных проектов мероприятий требовалось много времени, к тому же обычно шли горячие споры по отдельным пунктам подготовленных документов.

Таким образом, в Японии хотя и считалось, что мероприятия по руководству войной разрабатываются совместно армией, флотом и правительством, фактически же единства и согласованности в этих вопросах не было.

В правительстве были также образованы советы четырех и пяти министров. Эти советы были представлены наиболее влиятельными членами кабинета и обсуждали особо важные вопросы государственной политики, после чего они согласовывали их с министрами армии и флота, приходили к единому мнению, а министры уже должны были эти решения отстаивать на заседаниях Ставки.

Так, например, в ноябре 1940 года вновь назначенные на руководящие посты представители верховного командования армии и флота созвали экстренное совещание и предложили выработать единое мнение по государственным и военным вопросам. 20 ноября 1940 года на совете пяти министров обсуждалось требование верховного командования. Было решено еженедельно, по четвергам, проводить традиционные совещания не в императорском дворце, а в резиденции премьер-министра. Было также решено, что на очередном совещании следует обсудить вопросы руководства войной. Наряду с такими совещаниями проводились традиционные еженедельные совещания Ставки и правительства по обмену информацией. На них кроме членов совещания присутствовали начальники отделов информации (разведки) генеральных штабов армии и флота и ответственные сотрудники министерства иностранных дел.

В июне 1941 года, когда с началом войны Германии с Советским Союзом обострилась внутренняя и международная обстановка и был сформирован третий кабинет Коноэ, совещания активизировались и вновь были перенесены в императорский дворец.

В положении о совете по связи правительства со Ставкой говорилось, что он существует до тех пор, пока обстановка не будет свидетельствовать о приближении окончания войны. В июле 1944 года был сформирован кабинет Коисо. Совет переименовали в Высший совет по руководству войной и внесли соответствующие изменения в положение о нем. Более того, премьеры Коисо и Судзуки, как бывшие военные, пользовались на совете особыми привилегиями, как военный и военно-морской министры, они присутствовали на совещаниях Ставки, где обсуждались вопросы использования вооруженных сил в войне, и на оперативных совещаниях представителей Ставки от армии и флота.

Как уже отмечалось, важные решения совещания докладывались императору и получали его санкцию. Особо ответственные решения, как правило, должны были обсуждаться на совете с участием императора. На этих заседаниях присутствовали те же высокопоставленные лица, что и на советах по связи правительства со Ставкой. Правда, на заседаниях совета с участием императора бывали обычно заместители главнокомандующих армии и флота, а также председатель Тайного совета. Присутствие последнего определялось тем, что требовалось зачастую давать разъяснение на запросы императора по отдельным важным вопросам государственной политики. Кроме того, присутствие председателя Тайного совета придавало больший вес заседанию.

На заключительных заседаниях совета с участием императора проводился обмен мнениями между председателем Тайного совета, представителями правительства и верховного командования.

Участие императора на заседаниях совета ограничивалось его разрешением на обсуждение проекта после того, как заседание официально открывалось. Исключением явилось заседание 6 сентября 1941 года, а также заседание, на котором император сделал заявление об окончании войны.

Наличие плана национальной обороны является непременным условием существования любого государства. В современных условиях план национальной обороны должен включать мероприятия в области политической и военной стратегии, то есть предусматривать политическую, экономическую и военную стороны деятельности государства по укреплению своей обороны. Следовательно, это дело не только военного руководства. Это вопрос общегосударственный, решением которого занимаются еще в мирное время.

Япония в силу специфики государственной структуры не имела общего плана национальной обороны. Военное руководство разрабатывало программу национальной обороны, общие принципы боевого использования войск и ежегодные оперативные планы.

После русско-японской войны в 1907 году японское верховное командование впервые приняло «Программу национальной обороны империи». Она разрабатывалась начальником генерального штаба и начальником морского генерального штаба, получила санкцию императора; о ней был поставлен в известность премьер-министр. Программа предусматривала защиту интересов Японии на континенте, имелось в виду, что потенциальным противником Японии будет Россия. Она предусматривала использование сухопутных войск и военно-морского флота. Последний должен был действовать против флота России, а также флотов Америки и Франции.

Впоследствии в 1919, 1923 и 1936 годах с изменением международной обстановки вносились соответствующие изменения и в программу. В качестве ее составной части разрабатывались основы боевого использования сухопутных войск и военно-морского флота.

Ежегодные оперативные планы начали разрабатываться верховным командованием видов вооруженных сил с 1907 года. В этих планах конкретизировались мероприятия программы национальной обороны и общие принципы боевого использования войск. Ежегодно планы корректировались. Разработка их заканчивалась к октябрю текущего года. В плане предусматривались мероприятия по укреплению и использованию войск на следующий финансовый год (с апреля по март). Эти планы обычно докладывались императору. Особое место в них уделялось военным действиям против России, а с 1917 года против Советского Союза.