Из-за трудностей в принудительном наборе рабочих, в получении материалов, из-за наступления сезона дождей, опасности воздушных налетов и по другим обстоятельствам сооружение авиационных баз проходило не всегда гладко. Доставка подкреплений и материально-техническое обеспечение войск не укладывались в запланированные сроки из-за увеличения потерь в транспортных судах, усилившихся налетов и по другим причинам.

В связи с изменениями в военной обстановке на Тихом океане, происшедшими к весне 1944 года, насущной задачей стало упрочить обороноспособность собственно Японии. Приказом от 5 мая Ставка пересмотрела организацию командования сил, расположенных в Японии.

По существовавшим до сих пор правилам все силы, находившиеся в Японии, подчинялись непосредственно императору, а командовал ими главнокомандующий силами обороны. В соответствии с произведенными изменениями отныне Восточная, Центральная и Западная армии, основу которых составляли наземные войска, и военно-воздушные силы, оборонявшие собственно Японию, а именно: 10-я авиационная дивизия (Токио), 18-я авиационная группа (Осака) и 19-я авиационная группа (северная часть о. Кюсю) под общим руководством командующего 1-й воздушной армией заново отдавались в подчинение главнокомандующему силами обороны. Вопросами обороны Кореи ведал по-прежнему командующий войсками, расположенными на Корейском п-ове. Кроме того, 32-я армия на Окинаве, находившаяся до сих пор в непосредственном подчинении Ставки, была передана в подчинение командующего западной армией.

Руководство обороной собственно Японии осуществляли:

главнокомандующий обороной — генерал принц Хи-гасикуни Нарухико;

командующие:

Восточной армией — генерал Фудзиэ Кэйсукэ,

Центральной армией — генерал-лейтенант Иида Сёдзиро,

Западной армией — генерал-лейтенант Симомура Садаму,

армией в Корее — генерал Итагаки Сэйсиро,

1-й воздушной армией — генерал-лейтенант Ли Ван Ын;

командиры:

10-й авиационной дивизии — генерал-майор Ёсида Кихатиро,

18-й авиационной группы — генерал-майор Китадзима Кумао,

19-й авиационной группы — генерал-майор Коя Кэндзо.

В тот же день, 5 мая, Ставка издала приказ относительно круга обязанностей, возлагаемых на главнокомандующего обороной.

Главнокомандующему силами обороны безотлагательно усилить военные приготовления во взаимодействии с военно-морским флотом и защищать территорию империи, основываясь на нижеследующем:

1) считать делом первостепенной важности отражение воздушных атак противника и в первую очередь прикрыть важные районы основной территории страны;

2) усилить оборону изолированных островов и морского побережья основной территории и в случае вторжения противника разгромить его;

3) в целях обеспечения морских коммуникаций в пределах возможного взаимодействовать с военно-морским флотом;

4) тщательно подготовить противовоздушную оборону.

Восточной армии было поручено силами авиационных частей (10-я авиадивизия — около 400 самолетов) и силами зенитно-артиллерийских частей (восточная зенитно-артиллерийская группировка — около 300 зенитных орудий) прикрывать политические и промышленные центры в районе Токио, Иокогама и в первую очередь резиденцию императора; кроме того, часть подразделений расположить в Татикава, Ота, Хитати и Камаиси и охранять промышленные объекты в этих районах. В прибрежной полосе в первую очередь и безотлагательно усилить военные приготовления на о-вах Идзу, затем в районах, прилегающих к равнинам Хатинохе, Сендай, Мито, к п-ову Босо и к равнине Сагами, причем основное внимание уделить о-вам Идзу, равнине Хатинохе и району Босо.

Центральной армии было поручено силами авиационных частей (18-я авиационная группа — около 200 самолетов) и зенитно-артиллерийских частей (центральная зенитно-артиллерийская группировка — около 150 зенитных орудий) прикрывать промышленные объекты в На-гоя, Хирохата и Киото. В прибрежной полосе усилить военные приготовления, в первую очередь в районе, прилегающем к равнине Хамамацу, а также в районах Тоёхаси, п-ова Кии и равнины Коти.

Западной армии было поручено силами авиационных частей (19-я авиационная группа — около 150 самолетов) и силами зенитно-артиллерийских частей (западная зенитно-артиллерийская группировка— около 150 зенитных орудий) прикрывать важные промышленные объекты в районах Явата и Кокура, включая Каммон (Симоносаки и Модзи); кроме того, разместить часть подразделений в Нагасаки, Фукуока и Омута и охранять промышленные объекты в этих районах. В прибрежной полосе в первую очередь и безотлагательно усилить военные приготовления на Нансэ и в равнине Миядзаки, а затем — в районах, прилегающих к о. Танэгасима, к равнине Каноя и к п-ову Сацума.

Армия, расположенная на Корейском п-ове, силами противовоздушной обороны в составе около 20 самолетов и примерно 50 зенитных орудий должна прикрывать в первую очередь военные объекты в районах Пусана и Сеула, а также промышленные объекты в Пхеньяне и Супхуне. В прибрежной полосе усилить приготовления на изолированных островах и на побережье Японского моря к северу от Вонсана. Надежно прикрыть важнейшие коммуникационные линии, проходящие через Корею.

Во время перемещения с о-вов Палау на Филиппины погиб на своем посту основной командный состав штаба Объединенного флота, о чем подробнее будет сказано ниже. С этого времени и до начала мая, когда новым главнокомандующим был назначен адмирал Тоёда Соэму, командование Объединенным флотом временно осуществлялось из Сурабаи командующим Юго-Западным флотом вице-адмиралом Такасу Сиро.

В этот период 1-й воздушный флот прилагал энергичные усилия к тому, чтобы завершить военные приготовления в районе Марианских и Каролинских о-вов, а Центральный тихоокеанский флот, осуществляя оперативное руководство 4-м флотом, 14-м воздушным флотом (22-я и 26-я воздушные флотилии) и 31-й армией, укреплял оборону в центральной части Тихого океана. Главные силы 1-го маневренного флота, сформированного 1 марта, находились в Сингапуре и на о. Линга, а часть сил проходила переформирование в Японии.

В начале мая положение противника, по оценке начальника морского генерального штаба, выглядело в общих чертах следующим образом.

Главные операции противника будут развертываться в сторону Филиппин из центральной части Тихого океана и с юго-восточного направления. Противник попытается прорвать нашу линию обороны, заманить и уничтожить наш военно-морской флот. В дальнейшем, используя базы на территории Китая, он предпримет налеты на собственно Японию и примет меры к тому, чтобы перерезать ее коммуникации с южными источниками сырьевых ресурсов. Тем самым противник намеревается истощить наш военный потенциал и вернуть себе оставленные южные территории.

Ставка исходила из того, что боеспособность японского военно-морского флота постепенно понижалась, а в соотношении военных потенциалов противник обладал значительным преимуществом. В этих условиях единственной мерой, которая может сдержать наступление противника и в один прием резко изменить обстановку, по мнению Ставки, являлось решающее сражение. Для этого требовалось безотлагательно привести вооруженные силы в готовность, сосредоточив и приведя их в действие, навязать наступающему противнику генеральное сражение и уничтожить его. С первой декады апреля военно-морской отдел Ставки совместно с военным отделом приступил к изучению вопроса и предварительной подготовке необходимых мер.

В конце апреля верховное командование сухопутных и военно-морских сил закончило составление проекта. Он был рассмотрен 2 мая на заседании совета. Начальники генеральных штабов Симада и Тодзио давали разъяснения императору.