Расширявшийся процесс исламизации народов завоеванных стран имел серьезные последствия и для самих арабов, поскольку подрывал их монополию на власть в государстве, в котором они составляли абсолютное меньшинство населения. Этот объективный процесс усугублялся еще и тем, что с течением времени разрушалось единство самих арабов, территориально разобщенных и раздираемых межплеменными противоречиями.

Омейяды понимали задачу халифов в первую очередь как предводителей мусульманской армии, главной целью которых было завоевание новых земель и подавление соперников внутри страны. Правительственные учреждения и местная администрация оставались при них сравнительно простыми и сохраняли в себе много патриархальных черт, унаследованных от эпохи первых завоеваний. Управление провинциями полностью находилось в руках наместников, которые назначались непосредственно халифом, опиравшимся на знать арабских племен. Наместники являлись прежде всего военачальниками, отвечавшими за порядок на подведомственной им территории и своевременную отправку в столицу части военной добычи. Их влияние на повседневную хозяйственную деятельность и социальные отношения на управляемых землях ощущалось незначительно.

Постепенно в провинциях Халифата стала укрепляться местная элита, недовольная неравноправным положением мусульман, не являвшихся этническими арабами, прежде всего тем, что именно тем доставались все сколько-нибудь значимые посты в государстве. Поэтому в первой половине VIII в. Омейяды, которые управляли государством как империей арабов, занимавших господствующее положение по сравнению с другими входившими в Халифат народами, столкнулись с широким недовольством своей политикой.

Халифат при Омейядах оставался конгломератом разнородных провинций, естественные различия между которыми усугублялись неравноправием арабов и остального населения, пусть даже и частично перешедшего в ислам. Рассматривая Халифат как империю арабов, Омейяды не прилагали усилий для выработки единой исламской идеологии, которая могла бы сыграть консолидирующую роль в государстве. Между тем нараставшие социальные противоречия в разных частях Халифата, приобретавшие форму религиозных движений, побуждали их сторонников к идеологическому осмыслению новых проблем.

Шиитское движение, которое проявляло чрезвычайную активность в эпоху Омейядов, после гибели Хусейна и подавления восстания ал-Мухтара стало все больше и больше приобретать религиозный характер и как таковое развивалось в двух направлениях. Согласно одному из них, имам не умер, но пребывает в «скрытом состоянии» (ал-гайба) до своего возвращения (ар-раджа) в качестве «ал-Махди» (араб, «ведомый верным путем»), при котором наступит торжество справедливости. Это представление сложилось среди кайсанитов, сторонников имамата Мухаммада ибн ал-Ханафии (ум. в 700 г.), и впоследствии получило распространение среди различных шиитских течений — имамитов, исмаилитов и др. Приверженцы другого направления считали, что каждый имам, прежде чем умереть, назначал себе преемника, который, чтобы себя раньше времени не обнаруживать, действовал через своего представителя. Эта идея широко эксплуатировалась при подготовке аббасидского восстания.

В хариджитском движении помимо азракитов во второй половине VII в. выделилось умеренное течение ибадитов — последователей басрийца Абд Аллаха ибн Ибада, который отказался поддержать вооруженное выступление азракитов против Омейядов. Ибадиты отстаивали выборность имама советом шейхов и допускали одновременное существование нескольких имамов в разных частях исламского мира. В начале VIII в. большинство ибадитских вождей за свою политическую деятельность были высланы из Басры в Оман.

Шиитам и хариджитам противостояли сторонники компромисса с Омейядами. Это идейное течение зародилось в алидской среде в конце VII в. и было впервые сформулировано ал-Хасаном ибн Мухаммадом в его послании к приверженцам Алидов. Ал-Хасан выступал за лояльное отношение к Омейядам и призывал «отсрочить» суждение о действиях мусульманина, так как вера выше любых деяний и никто не может предвидеть решение, которое Аллах примет в Судный день относительно грехов верующих. По термину ирджа («откладывание», «отсрочивание») последователи этого течения называются мурджиитами.

В конце периода Омейядов появилось движение, которое оказало большое влияние на исламскую мысль и религиозно-политическую жизнь Халифата VIII–IX вв., — мутазилизм (от араб. ал-му‘тазила — «обособившиеся», «отделившиеся»). Мутазилиты отделились от проповедника Хасана ал-Басри (642–728) и основали первую в исламе дискурсивную школу, призванную дать рациональное объяснение (калам) основным положениям ислама.

После смерти халифа Хишама в 743 г. на престоле за короткий срок сменилось три халифа — ими были племянник Хишама ал-Валид II (743–744), сын ал-Валида I Йазид III (944) и его брат Ибрахим (944). Одновременно претензии на власть заявил наместник Армении и прославленный полководец Марван ибн Мухаммад. В ноябре 744 г. в сражении у Айн ал-Джарр армия Марвана наголову разгромила войско Ибрахима, который отрекся от власти и сдал Дамаск. Марван II (744–750) стал последним халифом из династии Омейядов.

Конец правления Омейядов ознаменовался восстаниями шиитов, подавить которые удавалось с большим трудом. В 739 г. в Куфе вспыхнуло восстание Зайда ибн Али, внука ал-Хусайна. Оно продолжалось почти целый год и закончилось после того, как Зайд погиб в сражении в 740 г. После гибели Зайда его сторонники образовали особую религиозно-политическую группировку в шиитском движении. Зайдиты проповедовали вооруженное восстание в пользу любого Алида, готового бороться за власть с оружием в руках. Сын Зайда Йахьа бежал в Хорасан, но вскоре также был убит. Смерть Зайда и Йахйи усилила неприязнь иракских арабов к Омейядам и сделала их более восприимчивыми к разворачивавшейся Аббасидами пропаганде.

Ослабление центральной власти привело к росту сепаратизма на окраинах Халифата. В начале 40-х годов VIII в. вспыхнуло берберское восстание в Северной Африке. Мятежники захватили Танжер и разбили посланные против них войска. В 745 г. Кайруан и все территории к западу от Триполи отпали от Халифата. Тогда же Марвану пришлось отражать нападение нубийцев на Египет, во время которого они захватили Фустат. Однако самые масштабные военные действия развернулись на востоке империи. С 747 г. шиитские волнения охватили ее восточные провинции — Хорасан и Мавераннахр. Население этих областей, недовольное тем, что Омейяды опирались на знать арабских племен, игнорируя интересы местных землевладельцев, стало социальной опорой шиитов и вставших во главе движения Аббасидов.

Аббасиды вели свое происхождение от ал-Аббаса ибн Абд ал-Мутталиба ибн Хашима (ум. в 653 г.) — дяди Мухаммада и Али. Аббасиды полагали, что по сравнению с Омейядами они могут претендовать на верховную власть с большим основанием, поскольку Омейяды, хотя и были одним из родов племени курайшитов, но к роду Пророка, т. е. к хашимитам, не принадлежали.

Чтобы подчеркнуть свою близость также и к Алидам, Аббасиды утверждали, будто право на имамат было завещано им по линии сына Али Мухаммада ибн ал-Ханафии (637–700), которого крайние шииты объявили мессией (ал-махди). Впоследствии, уже после прихода к власти, Аббасиды перестали ссылаться на свою тесную связь с Алидами, но в период борьбы с Омейядами они прибегали к этому аргументу для того, чтобы использовать шиитское движение в своих интересах. Благодаря активной пропаганде, развернутой Аббасидами в восточных провинциях Халифата, в конечном итоге именно они, а не шииты возглавили борьбу против Дамаска. На начальном этапе пропаганды Аббасиды предпочитали сами держаться в тени, выдвигая шиитские лозунги и агитируя в пользу некоего не называвшегося ими по имени «имама из семьи Пророка».

В 747 г. в Хорасан прибыл посланец Аббасидов шиит Абу Муслим, который должен был координировать деятельность всех оппозиционных сил на востоке Халифата. Абу Муслим призывал к возрождению справедливости в мусульманском государстве, в котором все мусульмане, независимо от своего этнического происхождения и сословной принадлежности, будут равноправны. В 748 г. Абу Муслим занял Мерв, где находилась резиденция наместника, а затем принялся за устранение своих политических конкурентов в Хорасане и Мавераннахре. Одновременно с этим он отправил на запад своего полководца Кахтаба, который быстро взял Нишапур и Рей. 26 июня 749 г. армия Аббасидов одержала важную победу при Нехавенде, открывшую повстанцам дорогу на Ирак. Вскоре они захватили Куфу — один из главных центров аббасидского движения, где тайно находились его руководители.