В 794 г. резиденция японского императора была перенесена в г. Хэйанкё (яп. «Столица мира и спокойствия»). Этот год принято считать началом нового периода японской истории — «эпохи Хэйан», которая закончилась в 1185 г. установлением власти военных правителей сёгунов. В период Хэйан распалась надельная система землепользования и распространилось частное землевладение, произошли значительные изменения в экономике, системе государственного управления и культуре.

Процесс образования частных земельных владений (сёэн) начался в VIII в. Согласно указу 743 г. было разрешено вечное частное владение вновь освоенными полями, поэтому большинство «ранних сёэн» возникло на новых землях. Такие владения не имели полного налогового иммунитета. Сёэн, которыми владела аристократия, обрабатывались крестьянами-арендаторами. Для возделывания владений, принадлежавших крупным буддийским храмам, привлекались крестьяне, исполнявшие таким образом трудовую повинность. «Ранний сёэн», как правило, представлял собой единый участок земли и находился в управлении непосредственного владельца (в случае храмового владения — в управлении специально созданной администрации).

Еще одной категорией крестьян, обрабатывавших частные земли, были беглецы с государственных наделов из-за высоких налогов. В результате массового бегства крестьян в конце VIII — начале IX в. резко сократился объем налоговых поступлений в столичную казну. Для фискального контроля над губернаторами в 824 г. на постоянной основе вводится система инспекторов кагэсюи. Двор и правительственные учреждения, стремясь обеспечить стабильное поступление налогов, создают собственные фонды земель. Так, в 823 г. учреждаются земли наместничества на Кюсю (куэйдэн), в 828 — земли императорского двора тёкусидэн), в 879 г. — земли правительственных учреждений (кандэн).

В то же время государство пытается восстановить контроль над расширением частного землевладения. В 896 г. запрещается владение сёэн чиновникам младше 5-го ранга. В 902 г. был издан ряд указов, призванных упорядочить земельные отношения, в частности запрещалось создавать сёэн без официального разрешения. После длительного перерыва был также проведен передел земель. Тем не менее реформы начала X в. не были направлены на восстановление надельной системы. Напротив, указами 902 г. признавалась возможность перевода наследственных частных владений в разряд сёэн.

В начале X в. проводится реформа местного управления, в результате которой значительно расширяются полномочия губернаторов. Теперь губернаторы полностью контролировали налогообложение в провинциях, но были обязаны перечислять в столичную казну определенную сумму налогов. Подушное налогообложение заменялось поземельным. Земельные участки объединялись в фискальные комплексы мё, за сбор налогов с которых отвечали богатые крестьяне мёсю.

В X в. начинает формироваться иерархическая земельная собственность: стремясь защититься от фискального гнета и административного произвола со стороны губернаторов, мелкие землевладельцы жертвуют свои сёэн в пользу столичных аристократов. Прежние владельцы земли, как правило, становились управляющими сёэн и получали как вознаграждение за службу, так и часть доходов с управляемых территорий. В домах патронов (хонкэ) создавались особые административные советы мандокоро, которые отвечали за все земли, коммендированные в собственность хонкэ. Система управления государственными землями фактически повторяла систему управления сёэн: в качестве управляющих выступали губернаторы, а в качестве патронов — высшие государственные чиновники.

В период Хэйан система государственной власти претерпела значительные изменения. Уже в первой половине IX в. были созданы учреждения, не предусмотренные законодательством рицурё и подчинявшиеся напрямую императору: личная канцелярия государя (куродо-докоро) и полицейское управление (кэбииси-но тё).

Во второй половине IX в. устанавливается система «правления регентов и канцлеров» (сэккан сэйдзи) из рода Фудзивара при, соответственно, несовершеннолетних и совершеннолетних императорах. В 858 г. на престол взошел малолетний император Сэёва, регентом (сэссё) при котором стал его дед Фудзивара-но Ёсифуса. В 887 г. Фудзивара-но Мотоцунэ стал канцлером (кампаку) при императоре Уда. После смерти Фудзивара-но Мотоцунэ в 891 г. новый кампаку назначен не был, и император Уда правил самостоятельно. В 897 г. Уда отрекся от престола в пользу своего сына — императора Дайго. Именно при Дайго был проведен пересмотр системы сёэн, а также военная реформа, в результате которой за губернаторами была закреплена обязанность содержать воинские формирования в провинциях. Губернаторы получили право применять вооруженную силу с целью поддержания порядка на местах без согласования со столицей.

В X в. усиливается воинское сословие. В 30-е годы X в. в восточных провинциях началось антиправительственное выступление под руководством Тайра-но Масакадо. В 939 г., захватив несколько провинций, Масакадо объявил себя императором, но спустя несколько месяцев погиб в сражении с войсками Тайра-но Садамори и Фудзивара-но Хидэсада, посланными для усмирения смуты. В 940 г. антиправительственный мятеж в западных провинциях поднял Фудзивара-но Сумитомо.

В XI в. дом Фудзивара достиг пика своего политического могущества. В 1016 г. Фудзивара-но Митинага стал регентом при императоре Гоитидзё, который приходился ему внуком. Сын Митинага, Фудзивара-но Ёримити, занимал посты регента и канцлера с 1017 г. до 1067 г.

В 1068 г. на престол взошел император Госандзё, не имевший прямых родственных связей с домом Фудзивара. Госандзё не стал назначать канцлера из рода Фудзивара и, заручившись поддержкой других аристократических родов, предпринял попытку усиления императорской власти. В 1069 г. был издан указ о ликвидации сёэн, возникших после 1045 г. Кроме того, было создано специальное ведомство, отвечавшее за проверку документов, подтверждавших права землевладельцев. Незаконные владения изымались в пользу императорского дома. В 1072 г. на престол взошел сын Госандзё император Сиракава. В 1086 г. Сиракава отрекся от престола в пользу своего сына Хорикава и после отречения принял буддийский монашеский постриг. При этом Сиракава сохранил политическую власть и фактически управлял страной до своей смерти в 1129 г. Таким образом, на смену «правлению регентов и канцлеров» пришла система «правления отрекшихся императоров» (инсэй).

Во второй половине XI в. между феодалами восточных провинций вспыхивали частые войны. В 1062 г. Минамото-но Ёриёси подавил мятеж управлявшего обширными территориями, населенными эмиси, могущественного дома Абэ, представители которого отказались подчиняться губернатору и платить налоги. В то время как Ёриёси и его соратники были щедро награждены двором, сын Ёриёси Минамото-но Ёсииэ, прославившийся в ходе «Трехлетней войны» 1083–1087 гг. с домом Киёхара, попал в опалу, так как двор опасался могущественного военачальника и его вассалов. В это время дом Минамото значительно расширил свои земли за счет участков, коммендированных мелкими землевладельцами.

Если отрекшийся император Сиракава стремился ограничить расширение владений феодальных домов и буддийских монастырей, то император Тоба, отрекшийся от престола после смерти Сиракава и правивший страной до 1156 г., не препятствовал образованию новых сёэн. При Тоба императорский дом стал крупнейшим землевладельцем. Сразу после смерти Тоба в 1156 г. между его сыновьями, отрекшимся императором Сутоку и императором Госиракава, взошедшим на престол в 1155 г., развернулась борьба за главенство в императорском доме. Бывший долгое время главой дома Фудзивара Фудзивара-но Тададзанэ и его сын Ёринага поддержали Сутоку. В 1156 г. в столице произошли вооруженные столкновения, которые получили название «Смуты годов Хогэн» (Хогэн-но ран). Сторонники Сутоку потерпели поражение, и отрекшийся император отправлен в ссылку. Победа императора Госиракава была во многом определена поддержкой наиболее могущественного в западных провинциях дома Тайра во главе с Тайра-но Киёмори.