31 октября 802 г. произошел дворцовый переворот, организованный чиновными лицами, недовольными полным расстройством государственных дел. Императором был провозглашен логофет геникона (главный чиновник по финансовой части) Никифор I (802–811). Монахи во главе с Феодором Студитом оплакивали свержение Ирины, но ни население столицы, ни патриарх не заступились за нее: переворот не означал перехода власти к иконоборцам. Представитель столичных верхов, Никифор выступал в качестве иконопочитателя. После смерти Тарасия он посадил на патриарший престол такого же иконопочитателя Никифора. Подобно Тарасию, Никифор до патриаршества был мирянином, образованным константинопольским аристократом. Этому назначению, однако, сильно противился Феодор Студит, за что вскоре отправился в ссылку, как и другие монахи его монастыря.

Не покушаясь на почитание икон, Никифор проявил строгость в отношении монастырей. За время господства Ирины финансы империи оказались расстроены. Для срочного пополнения казны были отменены налоговые смягчения, предоставленные Ириной монастырям. Обложены были и церковно-благотворительные учреждения, которые в провинциях превратились в настоящие вотчины. Конфискованные или полученные в уплату налогов церковные сокровища Никифор приказывал переплавлять в монету. Церковные круги выказали этому сильное недовольство, но громче всего возмущались тем, что император прекратил преследование еретиков.

Мероприятия Никифора были направлены на укрепление фемного войска и создание слоя земельных собственников-крестьян, которые подчинялись бы непосредственно столичному чиновничеству. Однако императора преследовали военные неудачи. В 806 г. арабы вторглись в Византию, и только опасность на Востоке удержала халифа от дальнейших действий. В 811 г. император предпринял масштабный поход против болгар и даже захватил их столицу Плиску. Но на обратном пути византийцы попали в засаду: болгары окружили войска Никифора в горной теснине. Император пал в битве, и болгарский хан Крум приказал сделать из его черепа чашу для пиров. В результате Болгария надолго стала наиболее опасным противником Византии.

После гибели Никифора его преемники правили лишь недолгое время. Один из них, Михаил I, вернул из ссылки монахов Студийского монастыря. Под влиянием Феодора Студита отношения с папой обрели дружественный характер, а к Карлу Великому было отправлено посольство, приветствовавшее его в Ахене как императора, на что ранее Византия не соглашалась. Но война с Болгарией оставалась безуспешной для Византии. Военные поражения дискредитировали правительство иконопочитателей, и в конце концов оно было сброшено армией. Императором провозгласили стратига Льва, выходца из армян, переселившихся в Византию под угрозой арабских нашествий. Власть и государственный аппарат вновь оказались в руках фемной знати.

Лев V Армянин (813–820), иконоборец по убеждениям, был вынужден скрывать свои взгляды во времена предшествующих императоров. Но как только он укрепился на престоле, начал открыто проводить иконоборческую политику. С его правления начинается второй период иконоборчества.

Пришедшая к власти фемная знать стремилась снова подчинить себе церковь и монашество, которое при Михаиле I заняло весьма влиятельное положение. Патриарх Никифор, воспротивившийся иконоборческой политике Льва V, был смещен и на его место возведен представитель иконоборческой знати Феодот. В 815 г. в храме Св. Софии собрался очередной церковный собор, который предал анафеме каноны собора 787 г. и подтвердил решения иконоборческого собора 754 г.

Но иконоборцы встретили серьезное противодействие. Особым упорством отличался Феодор Студит. Он готов был признать авторитет римского папы в делах всей церкви, требовал подчинения императорской власти священству и настаивал на автономии монастырей. Разгневанный деятельностью Феодора император вновь отправил его в далекую ссылку. Политика Льва V по отношению к иконопочитателям отличалась жесткостью. Недовольные методами его правления сгруппировались вокруг Михаила, прозванного Травлом, что значит «косноязычный». Он был родом из простых стратиотов и являлся почти неграмотным, но проявил себя опытным военачальником. Заговор был раскрыт, Михаил арестован и осужден на сожжение. Однако в ночь перед Рождеством 820 г. произошел дворцовый переворот. Лев был убит, а Михаил прямо из тюрьмы в цепях возведен на престол. Новый император происходил из столицы фемы Анатолик Амория, почему и его династия, давшая трех представителей, называется Аморийской (820–867).

Свержение Льва V не вызвало сильного противодействия провинциальной иконоборческой знати, напуганной грозным восстанием Фомы Славянина, разгоревшимся в Малой Азии (820–825). Фома вышел из низов общества, но сделал карьеру в фемном войске и стал одним из видных византийских военачальников. Затем он бежал в Халифат, где выдал себя за чудесным образом спасшегося сына императрицы Ирины Константина. Арабы устроили в Антиохии торжественное венчание Фомы на царство и стали собирать ему армию из различных народов Востока. С этой армией самозванец двинулся в Малую Азию. К нему стекались крестьяне, стратиоты, городская беднота и рабы, а также иконопочитатели, монахи и часть провинциальной знати. Фоме удалось привлечь на свою сторону местный управленческий аппарат и получить крупные средства от налоговых поступлений. Восстание переросло в гражданскую войну, отличавшуюся страшным ожесточением и кровопролитием. По словам хрониста Феофана, она, словно «открывшиеся Нильские пороги, затопила землю не водой, а кровью». Фома, на сторону которого перешел также флот Эгейского моря, в течение года осаждал с суши и моря Константинополь, но потерпел поражение сначала от болгар, с которыми Михаилу удалось заключить союз, а затем и от сторонников императора. В среде восставших начался разброд, в конце 823 г. Фому выдали, и Михаил предал его мучительной казни. Но повстанцы продолжали свою борьбу еще два года.

Гражданская война до крайности ослабила империю. Гибель большей части флота в боях под Константинополем привела к тому, что арабы почувствовали себя хозяевами на море. В 826 г. арабским выходцам из Испании, нашедшим убежище в Египте, удалось захватить Крит. Этот узловой торговый пункт Восточного Средиземноморья превратился в гнездо пиратов, что наносило страшный ущерб политическим и экономическим интересам империи. Еще ощутимее оказалась потеря значительной части Сицилии, где прочно закрепились африканские арабы, постепенно расширявшие свои владения.

При сыне и преемнике Михаила II Феофиле (829–842) произошла последняя попытка осуществления иконоборчества в полном его объеме. Феофил был человеком, сведущим в теологических вопросах, ревностным почитателем Богородицы и автором нескольких церковных песнопений. Его учителем являлся будущий константинопольский патриарх, идеолог иконоборчества Иоанн Грамматик, считавший иконопочитание невежеством, а монахов смутьянами.

Внешнее положение империи продолжало оставаться напряженным. Арабы из Сицилии перебрались в Южную Италию, где положение византийских владений стало угрожающим. Около 840 г. арабы взяли Тарент, а в 842 г., уже после смерти Феофила, — Бари. На востоке продолжалось соперничество Византии и Халифата Аббасидов. В 838 г. халиф Мутасим снарядил большую армию, которая проникла далеко в глубь Малой Азии, захватив фемы, являвшиеся оплотом иконоборчества.

В этот период все более грозной силой становится ересь павликиан (ее название происходит от апостола Павла, ссылками на которого еретики аргументировали свое учение). Формулы Павловых посланий, превозносящих личный труд и необходимость зарабатывать на жизнь своими руками, вполне соответствовали мировоззрению общинного крестьянства. Первоначально пассивное учение, павликианство все более проникалось критическим духом, воспринимая идеи манихейства. Они отвергали почитание Богоматери и всех святых, считали крест не предметом поклонения, но наоборот, символом проклятия (ибо на нем был распят Христос), не принимали икон и церковной обрядности, не признавали таинств крещения и причащения. Сергий Тихик, которого называют «вторым основателем павликинства», признавал только внутренний духовный мир созданием Божественного Духа, а триипостасного Бога Отца — творцом небес, ангелов и духовного мира. Весь же материальный мир, в том числе и церковь, считался уделом сатаны