Центробежные тенденции стали особенно очевидными во время «Войны годов Онин» (1467–1477), в ходе которой два самых могущественных клана Хосакава и Ямано боролись за влияние на правительство сёгуна и другие влиятельные роды. Военные действия начались как уличные бои в Киото (отстроенном во времена Ёсимицу), который после десяти лет ожесточенной борьбы вновь превратился в развалины. Война охватила большую часть Японии, в нее оказались втянуты практически все «военные дома».

Победителей в конфликте не оказалось… Власть Асикага была подорвана окончательно, но ни одному из кланов не удалось установить прочный контроль над сёгунатом. Многие из кланов потеряли контроль даже над собственными владениями, власть над которыми оспаривали их вассалы. Именно с событий «Войны годов Онин» начался период, известный как сэнгоку дзидай («эпоха воющих провинций» — 1467–1573), в течение которого сохранялась номинальная власть Асикага, но фактически центрального правительства не существовало. Власть на местах принадлежала выдвинувшимся в ходе междоусобной войны — главам могущественных кланов (даймё), превратившимся в территориальных князей. Наиболее могущественными среди них были Такэда, Оути, Миёси, Имагава, Симадзу, Уэсуги, Ходзё, Датэ.

Сохранявшая свое значение на протяжении XIII в. система сёэн (частных земельных владений) в XIV в. претерпела значительные изменения. Пользуясь слабым контролем со стороны центральной власти, вотчинные администраторы (дзито), назначаемые в качестве управляющих сёэн, а также военные губернаторы провинций сюго сконцентрировали в своих руках значительное количество захваченных у прежних владельцев земель. Таким образом, постепенно происходил распад системы сёэн, в ходе которого осуществилось перераспределение земельного фонда и усилились экономические позиции новой аристократии, сформировавшейся главным образом из представителей военного сословия. Если в предшествующий период земельные владения кланов распределялись по нескольким провинциям, в XIV–XV вв. происходит процесс формирования территориальных княжеств даймё, сосредоточивших в своих руках значительные массивы расположенных рядом друг с другом земель.

В XV в. формируется новая сельская община, представлявшая собой хорошо организованный коллектив, способный эффективно отстаивать свои интересы в условиях постоянных войн. Период характеризовался многочисленными крестьянскими восстаниями, превратившимися в новую форму социального протеста. Наиболее ярким из них стало восстание в 1485 г. в районе Кинай, вызванное междоусобицей внутри одного из военных домов, в ходе которого крестьянское ополчение, а также некоторые местные самураи, заставили обе воюющие стороны покинуть пределы провинции Ямасиро и создали собственную «республику».

Первоначально японские ремесленники проживали на территории земельных владений и обеспечивали необходимые поставки разнообразных изделий, получая взамен участки земли или доходы с них. В XII в. появились первые торгово-ремесленные корпорации дза, обладавшие монополией на производство одного вида продукции. Также существовали поставщики различных продуктов, которые одними из первых начали торговать на появляющихся повсюду рынках. Занимавшиеся перевозками и торговлей наряду с военным делом вассалы Ходзё — миутибито — играли значительную роль в структуре бакуфу конца XIII — начала XIV в.

Несмотря на политическую нестабильность периода Асикага, в это время начался экономический подъем страны, связанный как с внедрением новых сельскохозяйственных технологий, благодаря которым удавалось получать до трех урожаев в год, так и с расцветом ремесла, торговли и распространением монетного обращения. Это привело, в том числе, к усилению в середине XV в. роли богатых торговцев в структуре управления городов-портов Сакаи и Хаката. Ослабление политической власти способствовало также расцвету контрабандной торговли и пиратства.

В XIII–XV вв. в Японии появляются многочисленные новые буддийские учения, среди которых стоит выделить направления амидаизма: основанную в 1175 г. Хонэном школу «Чистой земли» и созданную его учеником Синран «Истинную школу Чистой земли»; школу Нитирэн (уделявшую особое внимание «Сутре Лотоса»), а также распространение с конца XII в. нескольких направлений дзэн-буддизма. В XIV–XV вв. самой сильной буддийской школой стала «Риндзай дзэн», монастыри которой получали поддержку со стороны сёгуната Асикага, став также важными образовательными центрами.

Широкое распространение получил жанр гунки — самурайского романа. Среди произведений этого жанра выделяется «Повесть о доме Тайра» (период Камакура) и «Повесть о Великом мире» (период Муромати). Восприятие перемен, происходивших в начале правления Минамото, отражено в «Ходзёки» («Записках из кельи», 1212 г.), написанных ставшим отшельником буддийским монахом Камо Тёмэй.

В живописи периода Камакура большое распространение получают сюжеты, связанные с войной, а также бытовые зарисовки. В период Муромати развивается парковое искусство, например Золотой павильон, построенный для сёгуна Ёсимицу в Киото, был размещен в гармонии с ландшафтным садом и небольшим озером. Начиная с правления Асикага, появляются каменные замки представителей могущественных родов, ставшие особенно распространенными в эпоху сэнгоку дзидай.

Дальними предками монголов были отуз-татары (кит. шивэй). Они обитали на территории Восточной Монголии и Забайкалья. Среди названий шивэйских племен упоминаются такие этнонимы, как татань (дадань), мэньу (мэнгу). После крушения Уйгурского каганата в середине IX в. монгольские номады постепенно заселили большую часть монгольских степей. На рубеже I–II тысячелетий в китайских летописях они выступают под обобщенным этнонимом цзубу. Существует легенда о прародине, согласно которой когда-то предки монголов бежали в недоступную местность Эргуне-кун («Крутой хребет», возможно производное от Аргунь). Постепенно они там размножились и приобрели славу мастеров кузнечного дела. Собрав много дров и принеся жертвы, они расплавили гору и смогли выйти в степи.

На рубеже ХІІ-ХІІІ вв. в монгольских степях обитали самые различные народы. В восточной части территории современной Монголии в долинах Онона и Керулена кочевали племена, которые условно можно назвать монголами. В их числе были дарлекины, нируны, тайджиуты, кунгираты и другие группы. К востоку от них в Забайкалье и Внутренней Монголии обитали татары. В Центральной Монголии в предгорьях Хангая и в долинах Орхона и Толы проживали кереиты. Их вождество во главе с ханом Тоорилом (Ван-ханом) было одним из наиболее могущественных объединений кочевников в указанный период. В Северной Монголии по берегам Селенги жили меркиты. Западную часть Монголии занимали найманы, которых многие исследователи относят не к монголоязычным, а к тюркоязычным кочевникам.

Быт и культура средневековых кочевников монгольских степей мало чем отличались от образа жизни номадов более раннего времени. Особенно большое значение имела облавная охота, которая являлась хорошим способом выработки военных навыков: номады разделялись на две группы и охватывали в кольцо многокилометровую территорию; постепенно сжимая кольцо, они загоняли в круг множество диких животных. В обязанности мужчин входило наблюдение за домашними животными, изготовление стрел, луков и прочей утвари. Остальное время они занимались охотой, стрельбой из лука, ходили в военные походы. На женские плечи выпадала вся остальная ноша — работа по дому, воспитание детей. Когда мужчины отсутствовали, они выполняли и их работу. Однако роль женщины в монгольском обществе не сводилась к положению домашней рабыни. Женщины могли иметь большее значение в публичной жизни. Особенно высока была роль вдовы после смерти мужа. Достаточно напомнить, какое влияние на сыновей имела Оэлун, жена Есугай-баатура и мать Чингисхана, а также впоследствии другие ханши.