Овладение Одессой в 1144 г. было первой победой мусульман в цепи последующих событий, которые разыгрались на Ближнем Востоке. Атабеки Мосула постепенно возродили джихад и установили контроль над Сирией. Сын Занги Нур ад-Дин продолжил политику своего отца. Чтобы обороняться от внешних врагов, правители латинских государств вынуждены были заключить союз с Византийской империей. Они также пытались играть на соперничестве между Фатимидами и сирийцами.

Мусульманская коалиция стала представлять для латинского Запада серьезную угрозу, когда сопротивление крестоносцам возглавил талантливый полководец Салах ад-Дин. Ему удалось стать везиром последнего представителя династии Фатимидов; в 1169 г. он восстановил суннизм, а после смерти Нур ад-Дина в 1174 г. стал султаном Египта, таким образом создав союз Сирии и Египта. Затем Салах ад-Дин пытался изолировать латинян и для этого заключал альянсы с Сельджукидами в 1179 г., с Византийской империей и Кипром в 1180 г. Салах ад-Дин извлек пользу из дипломатических побед и закрепил контроль над Алеппо и Мосулом. В то же время, когда Иерусалимскому королевству угрожали внешние враги, его раздирали и внутренние противоречия. Правитель королевства Бодуэн IV, страдавший проказой, был более не в состоянии удерживать власть. После его смерти Сивилла, сестра покойного короля, и ее муж Ги де Лузиньян стали править королевством, получив короны из рук Иерусалимского патриарха. Их главный враг и один из претендентов на власть, граф Триполитанский Раймунд, которого устранили придворные группировки, с целью борьбы за власть просил помощи у Салах ад-Дина, но тот поначалу отказал ему, заключив перемирие с Иерусалимским королевством. Но известный крестоносец Рено Шатийонский ограбил купеческий караван мусульман в Дамаске в 1187 г. и, несмотря на требование нового короля, отказался вернуть добычу. Это обстоятельство стало для Салах ад-Дина поводом для объявления джихада. Его наступление на позиции крестоносцев завершилось блистательной победой в битве при Хитине 4 июля 1187 г. В результате король Иерусалимского королевства Ги де Лузиньян, великий магистр тамплиеров Жерар де Ридфор и многие другие вожди крестоносцев попали в плен.

В течение 1187 г. Салах ад-Дину удалось овладеть большей частью Палестины, а также Акрой и после длительной осады Иерусалимом. Рено Шатийонский, 200 рыцарей (тамплиеров и госпитальеров) были убиты, и многие рыцари взяты в плен. Салах ад-Дин завоевал одна за другой все крепости Иерусалимского королевства. Проявив щедрость, он разрешил всем христианским воинам собраться в Тире, чтобы оттуда на кораблях вернуться в Европу. В Иерусалиме знатный рыцарь Балин д’Ибелин добился от Салах ад-Дина почетной капитуляции, по которой трети населения было разрешено выкупиться. 2 октября 1187 г. всему мусульманскому миру были посланы известия о взятии святого для исповедующих ислам города (алькудс). В результате победоносных походов Салах ад-Дина все владения крестоносцев на Ближнем Востоке оказались сведены к городу Тиру и крепости Бофор в Иерусалимском королевстве, а также к крепости Крак-де-Шевалье в Антиохии и к замку Маргат на севере.

Когда весть о взятии Иерусалима Салах ад-Дином достигла Запада, папа Григорий VIII начал проповедовать новый крестовый поход. Владетельный сеньор Ришар де Пуату, будущий Ричард Львиное Сердце, принял крест первым, за ним последовали английский король Генрих II Плантагенет и французский король Филипп II Август, которые предпочли морской путь через Мессину. Германский император Фридрих I Барбаросса с крупным крестоносным войском, по меньшей мере в 20 тыс. рыцарей, покинул Регенсбург в апреле 1189 г. Он избрал сухопутный маршрут. Как и в предыдущих крестовых походах, Константинополь остался важным транзитным пунктом на их пути к Иерусалиму, и опять по прибытии западных рыцарей в Византию резко обострились противоречия между византийцами и крестоносцами. Переговоры императора Исаака Ангела и крестоносцев закончились подписанием мирного договора, по которому византийский император обязался переправить крестоносную армию через Босфор. Тем временем немецкая армия завершила переход через Анатолию, где Фридрих I Барбаросса бесславно утонул в водах р. Селеф (Малая Азия). Большая часть немцев вернулась в Европу, и лишь несколько сотен немецких рыцарей достигли Акры. В 1190 г. паломники из Любека и Бремена создали Орден тевтонских рыцарей госпиталя ев. Марии в Иерусалиме, имевший резиденцию в Акре (Тевтонский орден). Что касается английских и французских крестоносцев, то конфликт между ними задерживал отправление Генриха II Плантагенета и Филиппа II Августа. В 1189 г. английский король умирает (на престоле его сменяет Ричард Львиное Сердце), а французский государь в 1190 г. отправляется в путь. Погрузившись на корабли в Генуе и Марселе, войска крестоносцев провели зиму на Сицилии в постоянных раздорах. Взятие Кипра Ричардом Львиное Сердце в 1191 г. стало причиной их дальнейших разногласий.

Тем временем в Святой земле король Иерусалимский Ги де Лузиньян начал осаждать Акру с небольшим войском в августе 1188 г. На помощь ему туда же прибыли французский и английский короли с большой франкской армией. 12 июля 1192 г. после двухлетней осады Акра перешла к христианам. После взятия Акры Филипп II Август возвратился во Францию. Ричард Львиное Сердце, оставшись один, одержал блистательную победу над мусульманами у Арсуфа. В сентябре 1192 г. он прибыл в Яффу и провел целый год в Южной Палестине, где восстанавливал Аскалон с целью укрепления южных границ Иерусалимского королевства. Подписав с Салах ад-Дином договор, согласно которому за франками оставалась береговая полоса от Яффы до Тира (Иерусалим находился в руках мусульман), Ричард Львиное Сердце отправился в Англию в октябре 1192 г.

В результате III Крестового похода образовалось так называемое Второе Иерусалимское королевство со столицей в г. Акре — его территория ограничивалась прибрежной полосой, в его жизни значительную роль играют итальянские общины. После этого английский и французский короли перестали активно участвовать в политике крестоносцев. Лишь сын Фридриха I Барбароссы Генрих VI попытался использовать крестовый поход в своих целях. Его войска взяли Бейрут и Сид он в 1197 г. и восстановили территориальный континуитет между Акрой и Триполи, но неожиданная смерть Генриха VI в 1198 г. помешала закреплению достигнутых результатов.

В 1198 г. папой римским стал Иннокентий III. Он планировал воодушевить рыцарей на новый поход в Святую землю, желая стать во главе него и тем самым восстановить авторитет Рима, который был подорван неудачами крестоносцев в предыдущих экспедициях. Разослав легатов во все католические страны с требованием отдать сороковую часть имущества на новый поход, папа начал сбор средств.

В своем послании о крестовом походе Иннокентий III обещал всем рыцарям, которые примут участие в войне за Святую землю, освобождение от налогов и долгов и защиту церковью их имущества. Этот призыв привлек на сторону папы многочисленных бедняков, которые надеялись улучшить свое имущественное положение за счет крестового похода. Однако сеньоры и короли не проявили особого энтузиазма. Папа рассылал в разные города священников, которые убеждали рыцарей помочь освободить Святую землю. Наибольшую известность из проповедников получил Фульк из Нейи, который привлек к походу несколько тысяч воинов воинов и собрал огромные денежные средства.

Предводителем крестоносцев в новом походе стал Бонифаций Монферратский. Летом 1202 г. отряды рыцарей собрались в Венеции. Поскольку у вождей крестоносцев не нашлось средств заплатить за транспортировку по морю в Палестину, они согласились на требование венецианцев принять участие в военном походе против враждовавшего с Византией христианского города в Далмации Задара. В конце ноября 1202 г. после успешной осады крестоносцы захватили и разграбили город. Иннокентий III отлучил крестоносцев от церкви, пообещав, однако, снять отлучение, если они продолжат поход к Святой земле. В начале 1203 г., по просьбе бежавшего на Запад византийского царевича Алексея Ангела, сына императора Исаака И, свергнутого в 1195 г. его братом Алексеем III (1195–1203), крестоносцы решили вмешаться в борьбу политических группировок в Византии. С этой целью в конце июня 1203 г. они осадили Константинополь. В середине июля, после бегства Алексея III, они восстановили на престоле Исаака II Ангела, а его сын Алексей стал соправителем нового императора под именем Алексея IV. Поскольку Ангелы не смогли уплатить крестоносцам обещанную им огромную сумму в 200 тыс. дукатов, отношения их с крестоносцами начали ухудшаться, и в ноябре 1203 г. между ними вспыхнул конфликт. 5 апреля 1204 г. в результате народного восстания Исаак II и Алексей IV были свергнуты, и новый император Алексей V Мурзуфл вступил с рыцарями в открытую конфронтацию. 13 апреля 1204 г. крестоносцы захватили Константинополь и разграбили его. В результате на территории бывшей Византийской империи возникло несколько государств. На северо-западе Малой Азии греками была создана Никейская империя, куда были перенесены столица Византии и резиденция Константинопольского патриарха. Крестоносцы поделили обширные земли завоеванной Византии, включавшие значительную часть Балканского полуострова, часть Малой Азии и о-ва Эгейского и Ионического морей, и создали Латинскую империю (1204–1261), от которой зависели другие владения — королевство Фессалоникийское (1204–1224), Афинское герцогство (1205–1454), Морейское (Ахейское) княжество (1205–1432). Латинская империя (Романия), главное государство крестоносцев, представляло собой феодальную монархию французского типа, но с некоторыми чертами византийского государственного устройства. В социальном строе других государств крестоносцев также сочетались черты западноевропейские (в основном французские) и византийские. Греческая знать также частично вошла в состав социальной элиты. Отношения внутри господствующих общественных слоев регулировались «Ассизами Романии» и строились по принципу феодальной иерархии. Экономику этих государств в основном контролировали венецианцы. Высшие церковные иерархи в Латинской империи и ряде других государств принадлежали к католикам, а рядовое духовенство — к православным. Крестьянство было по преимуществу греческим, и на него распространялась византийская податная система, сохраненная завоевателями. Симбиоза латинской и греческой культур не наблюдалось, а в сфере политики отношения между греками и латинянами оставались напряженными.