Обязательства великого князя татарам, ложившиеся тяжким бременем на население, стали поводом для заговора против него, возглавленного Дмитрием Шемякой. В феврале 1446 г. Василий II был схвачен и ослеплен. Шемяка отправил его вместе с семьей в ссылку в Углич, а затем в Вологду. Но вскоре многие московские служилые люди стали переходить на сторону бывшего великого князя. Он покинул место ссылки, найдя поддержку у тверского князя Бориса Александровича. В конце 1446 г. отряд сторонников Василия занял Москву. Дмитрий Шемяка вынужден был бежать за Волгу, в свой удельный центр Галич. Военные действия между соперниками продолжались еще несколько лет. В конце концов потерпевший поражение Шемяка бежал в Новгород Великий, где в 1453 г. был отравлен по приказу Василия II.

Междоусобная война ослабила внешнеполитические позиции Московского великого княжества. Были потеряны в пользу Литвы Козельск и на короткое время Ржев. Только в конце своего правления, когда власти Василия II уже ничего не угрожало, он сумел расширить московские владения, купив крупный массив рязанских земель на правом берегу Оки вплоть до верховьев Дона.

Правление Василия II пришлось на период, когда ордынские «замятни»-усобицы, в отличие от прежних времен, стали заканчиваться не временной консолидацией под властью того или иного сильного правителя, а складыванием на окраинных территориях Орды особых, практически независимых политических образований. В период его княжения возникли Казанское ханство (основанное Улуг-Мухаммедом), Крымское ханство, Ногайская Орда. «Центральная» часть, занимавшая пространство между Днепром и Волгой, в русских источниках начинает именоваться «Большей Ордой»; ее правитель формально считался сюзереном остальных ханов.

В правление Василия II русская церковь приобрела самостоятельность от Константинополя, стала автокефальной. Это произошло после того, как в конце 30-х годов XV в. константинопольский император и патриарх пошли на унию с Римом, надеясь на помощь католического Запада против наступавших на Византию турок; уния эта на Руси признана не была. В 1448 г. новый митрополит всея Руси Иона был избран по воле великого князя собором русских епископов.

При Василии II московский князь впервые начинает при жизни именоваться «царем», т. е императорским титулом. Первоначально этот титул по отношению к нему встречается в литературных произведениях той эпохи в связи с отказом великого князя от унии с Католической церковью. Но в начале 60-х годов, уже после гибели Византийской империи под ударами турок (1453 г.), глава русской церкви Иона называет Василия II «царем» уже вне связи с вопросом об унии церквей.

Таким образом, в середине XV в. делаются первые шаги на пути становления идеи о переходе к московским великим князьям царского достоинства от византийских императоров. Появление такой идеи было естественно, поскольку после падения Византии Московское великое княжество осталось единственным православным государством, представлявшим реальную силу (Болгария и Сербия пали к тому времени под ударами турок). Способствовало ее появлению и установление автокефалии русской церкви. Поставление ее главы, митрополита, зависело теперь только от воли великого князя, санкции константинопольского патриарха не требовалось; между тем верховенство в церковных делах считалось прерогативой только одного светского правителя — императора, «царя».

Идея о царском достоинстве московского великого князя неизбежно должна была прийти в противоречие с продолжавшимся признанием верховенства хана Орды (поскольку царь — правитель высшего ранга, полностью суверенный, он не может подчиняться другому царю).

После смерти Василия II (1462 г.) на престол вступил его старший сын 22-летний Иван. Уже на следующий год он присоединил (по договоренности с местными князьями) к московским владениям остававшееся формально самостоятельным Ярославское княжество. При этом великий князь не стал испрашивать ярлык на Ярославль у хана Большой Орды. Это вызвало ответную реакцию — в 1465 г. ордынский хан Махмуд двинулся походом на Москву. Но, находясь в верховьях Дона, он подвергся нападению со стороны соперника — крымского хана Хаджи-Гирея, был им разбит, и поход на Русь сорвался.

Следующим, и не имеющим аналогов по своим масштабам, стало присоединение Новгородской земли. Новгород со второй половины XIII в. признавал политическое верховенство великих князей Владимирских (т. е. в XV столетии фактически московских), но практически сохранял полную самостоятельность, являясь по сути боярской республикой. В 1470–1471 гг. часть новгородской знати склонилась к переходу под сюзеренитет великого князя Литовского (он же король Польши) Казимира IV. Тогда Иван III выступил в поход на Новгород и нанес новгородцам летом 1471 г. поражение на р. Шелони; по заключенному тогда мирному договору к великому князю отходили новгородские «части» Волока Дамского и Вологды, в остальном же договор соответствовал «старине». Ликвидация новгородской независимости произошла позже, в результате похода великого князя конца 1477 — начала 1478 г. Формальным поводом стал отказ новгородцев именовать великого князя не только «господином», но и «государем» (понятием, подразумевавшим более высокую степень зависимости). Поход окончился капитуляцией новгородского боярского правительства на условиях Ивана III, требовавшего, чтобы Новгород не отличался по своему положению от других составных частей его государства.

Одновременно с шагами по подчинению Новгорода происходило обретение Московским великим княжеством государственного суверенитета — освобождение от верховной власти хана Орды. Поражение, понесенное ханом Большой Орды Махмудом в 1465 г. от крымских татар, привело вскоре к захвату верховной власти его братом Ахматом. Москва продолжала в конце 60 — начале 70-х годов XV в. соблюдать отношения зависимости и отправлять в Орду дань. Но в 1472 г. Ахмат отправился в поход на Москву. Причиной этого послужило приведение Иваном III в покорность Новгорода (поскольку Ахмат поддерживал претензии на него Казимира IV).

29 июля хан с крупными силами подошел к г. Алексину на правом берегу Оки. Гарнизон Алексина оказал упорное сопротивление и задержал противника на два дня. Когда город был взят и сожжен, на левом берегу Оки появились московские войска. Попытка татар переправиться через реку была отбита. В ночь на 1 августа Ахмат поспешно отступил.

Именно после отражения похода 1472 г. Иван III перестал выплачивать дань и начал переговоры о союзе против Казимира и Ахмата с крымским ханом Менгли-Гиреем. Это означало фактически прекращение состояния зависимости от Большой Орды. Однако при этом московский князь стремился не обострять отношения с нею, рассчитывая оттянуть новое столкновение. В 1473–1475 гг. продолжался обмен послами с Ахматом. Но в 1476 г., когда пошел уже пятый год неуплаты дани, посол хана прибыл в Москву с требованием Ивану III явиться в Орду. Великий князь не поехал, и конфликт стал неизбежным. Памятуя о неудаче 1472 г., Ахмат не выступал во второй поход до 1480 г., пока не договорился о военном союзе с Литвой. Летом 1480 г. он наконец двинулся на Москву и произошло так называемое «стояние на Угре» — двухмесячное противостояние ордынского и московского войск на реке, отделявшей московские владения от литовских, противостояние, в ходе которого ни одна из сторон не предприняла решительных действий. Казимир IV так и не пришел на помощь Ахмату, и в начале ноября, с наступлением холодов, хан увел войска в степь.

Таким образом, фактическое прекращение отношений зависимости с Ордой произошло в 1472 г., после первого похода Ахмата на Москву. В 1480 г. имела место попытка хана восстановить власть над Московским великим княжеством, к тому времени уже не признаваемую. Поход хана был на сей раз основательнее подготовлен, но все равно не принес успеха. После отступления Ахмата и его скорой гибели (январь 1481 г.) в результате нападения сибирских татар и Ногайской Орды Большая Орда была уже не в силах претендовать на сюзеренитет.