В создаваемой концепции рыцарства как «воинства Христова» церковь воздействовала на формирующуюся этику рыцарства, «христианизируя» пролитие чужой и собственной крови во имя защиты всех христиан. Этого требовало завершение процесса оформления рыцарства, и церковь сыграла в этом процессе огромную роль. Однако к концу XI в. высветились лишь первые шаги в этом направлении. Зато в наступающем столетии достаточно быстро удалось «христианизировать» ритуалы рыцарства: клятва верности приносилась с участием духовенства, выносившего раку с мощами, Библию или позже — причастие; передаваемое при посвящении в рыцари оружие освящалось; в рукоятку меча иногда вкладывались реликвии. Сформированный сословный идеал уже вполне отчетливо требовал от «христианского рыцаря, воина сильного и мудрого», служить не только земному, но и небесному господину, а значит, по требованию церкви браться за оружие. И Крестовые походы стали логическим завершением этого процесса. В наиболее полной форме сочетание монашеского и рыцарского идеалов проявилось в создании духовно-рыцарских орденов (госпитальеры, тамплиеры, Ордена Св. Лазаря и Св. Гроба Господня, Калатрава, Сантьяго, Алькантара, Ависский орден, а также Тевтонский, Меченосцев и другие). Бернар Клервосский в послании тамплиерам в 1136 г. прославляет «новое воинство», призванное обращать или истреблять язычников.

История церкви в XII в. изобиловала бурными конфликтами. Папам часто приходилось спасаться бегством из Вечного города; они вступали в распри с императорами и королями, раздоры в коллегии кардиналов приводили к избранию антипап, против тех или иных понтификов восставали жители Папской области и даже Рим. На пап зачастую ополчались епископы поместных церквей, которые, в свою очередь, нередко враждовали с канониками собственных капитулов, причем порой доходило до применения оружия, монашеские ордена резко критиковали друг друга и конфликтовали с епископами. Но все эти яркие перипетии не должны заслонять главного, а именно, поразительных успехов в строительстве церкви в качестве универсальной власти, способной обеспечить единство христианского мира во всем его многообразии, преобразовывая общество под руководством папы. Если в конце XI в. речь шла скорее о смелых декларациях, то в следующем столетии за заявлениями о том, что «только папа есть подлинный Император», уже стояла организационная мощь церкви, не знавшая себе равных.

Среди понтификов XII столетия не много встречалось личностей, столь же ярких, как деятели первого поколения «папской революции», но у них в руках уже находился такой важный инструмент, как каноническое право, сформировавшееся в период между появлением двух сборников: «Декрета» Иво Шартрского (1094 г.) и «Декрета» Грациана (1140 г.). Правоведение превратилось в согласованную дисциплину, и знатоки канонического права, канонисты, не просто примкнули к интеллектуальному движению, связанному с так называемой «рецепцией римского права», но стали важнейшей движущей силой этого процесса. Освоение логики Аристотеля позволяло примирять противоречия авторитетов, находить компромиссы, выносить четкие определения. Параллельно с этим шло развитие теологии, также применяющей рациональные методы. Теологи и канонисты были тесно связаны. Так, Иво Шартрский учился и преподавал в болонских школах права, но являлся и учеником Ансельма Кентерберийского, лучшего теолога своего времени.

В рамках обновленной теологии шла работа по уточнению догматов, составлению достаточно согласованной картины мира.

Помимо решения важнейших вопросов, без которых невозможно осуществить работу всего механизма церкви, и усилий по уточнению догматов, многое делалось для укрепления абсолютной власти папы. Его все чаще называют не только наместником св. Петра, но и викарием Христа. На символическом уровне подражание Спасителю получает развитие в ритуалах папской интронизации и явления народу. Для канонизации святого уже недостаточно было происходивших у его могилы чудес и исцелений и даже одобренного епископом народного почитания. Отныне такие вопросы могли решаться только в Риме, где к концу века формируется четкий порядок канонизации, все более напоминающий судебную процедуру. Появляется подразделение на «святых» и «блаженных», а между святыми устанавливается определенная иерархия.

По мере движения за обновление церкви растет число известий о еретиках. Мы мало что знаем о них в XI в., когда папы объявляли еретиками и «николаитов» (женатых священников), и «симониаков», принявших инвеституру из рук императора. Известно лишь, что в 1022 г. клирики Орлеанского диоцеза отрицали таинство евхаристии и подверглись сожжению по распоряжению короля. Но преподаватель логики Беренгарий Турский, осужденный поместным собором за трактовку пресуществления, продолжал свою деятельность, несмотря на новые осуждения.

В середине XI в. в Милане возникло движение патария (по названию одного из рынков, где проповедовали его сторонники). «Патарены», чьи имена нам известны, были местными аристократами. Они осуждали архиепископа и его прелатов за алчность и симонию, отказываясь принимать из их рук причастие. Александр II и Григорий VII использовали недовольство патаренов для борьбы с имперским епископатом Ломбардии. Однако после победы папства патарены были объявлены Урбаном II еретиками, чье учение противоречит догматам о таинствах. Церковь настаивала, что действенность таинства не зависит от личности священника.

В XII в. полемике с еретиками уделяют значительно больше внимания. Аббат Клюни Петр Почтенный посвятил им в 1139 г. трактат, где описал основные «заблуждения еретиков». К ним он относил невежественных людей, которые, согласно аббату, слишком буквально поняли Евангелие, а потому не считали, что местом служения Богу должны быть исключительно храмы, отрицали таинства и заупокойные службы, не желали почитать крест как орудие пытки.

В 1174 г. лионский купец Пьер Вальдо раздал имущество бедным и, заказав перевод Библии на провансальский язык, взялся проповедовать народу, утверждая, что церковь должна быть бедной. Архиепископ Лионский поддержал это движение, надеясь направить его против своих соперников — богатых лионских каноников. В Риме в 1178 г. Петр Вальдо встретился с папой Александром III, вызвав у него некоторый интерес, но члены комиссии курии, проэкзаменовав проповедников, прогнали их с глаз долой. После того как их отлучили от церкви и подвергли гонениям, они укрылись в горах Пьемонта и Люберона, где общины вальденсов существовали до XVI в.

О взглядах новых еретиков, катаров, появившихся на юге Франции во второй половине XII в., известно очень мало. Предполагают, что их учение могло быть связано с ересью византийских богомилов, в которой сохранялись элементы манихейского дуализма. Катары объявляли весь плотский мир порождением диавола и поэтому считали воплощение Христа невозможным. Отрицая материальный мир, они отвергали и церковную организацию как утратившую духовность ради земного богатства.

Папство боролось с ними как репрессиями, так и убеждением. Позднее Иннокентий III, организовавший крестовый поход против катаров-альбигойцев, пытаясь ответить на их критику «богатой церкви», поддержал Франциска Ассизского, проповедовавшего бедность. Почему же понтифик Александр III не оценил в свое время пользы, которую могла бы принести поддержка вальденсов? Дело в том, что они не только проповедовали бедность, но отрицали «таинство пресуществления» (евхаристию), а в этом вопросе церковь оставалась непреклонна.

Именно этот догмат выступал основной мишенью самых разных еретиков, и именно по его поводу велись горячие споры теологов. Победила крайняя точка зрения, узревшая в евхаристии отнюдь не напоминание о жертве Спасителя и тем более не ее символ, но реальную «плоть и кровь Христову», превращаемые из вина и хлеба при помощи чуда, каждый раз творимого священником. На пути к этому убеждению надлежало преодолеть немалые логические трудности и отучиться верить своим глазам. Конечное решение было выработано позднее Фомой Аквинским в догмате о транссубстанции, в соответствии с коим присутствие Христа в вине и хлебе реализуется не материально и зримо, но духовно и невидимо, на уровне не акциденции (внешнего проявления), но субстанции (сущности).