С концом Римской империи христианство на время отступило из Англии и Германии. В Галлии, Италии и Испании церковная организация сохранилась. Неожиданным приобретением христианской церкви стала Ирландия, где, впрочем, она развивалась в не совсем обычных формах. Главным церковным институтом на континенте оставался епископат. В силу авторитета церкви и ее святых епископы фактически оказались во главе местного управления. Не всегда находя для себя места возле новых правителей, магнаты римского происхождения охотно становились епископами. Обладание епископскими кафедрами стало новой социальной стратегией старых сенаторских семей. Так, семье епископа Григория Турского в VI в. систематически удавалось добиваться избрания своих родственников епископами Клермона, Тура, Лиона и других городов. Церковь была поделена между варварскими королевствами и находилась под их опекой. В утверждении епископов за королями оставалось последнее слово. Церковная и королевская казна, по выражению современной исследовательницы, действовала как «сообщающиеся сосуды». Апофеозом слияния церкви и государства стали уже упомянутые Толедские церковные соборы в готской Испании VII в. Они созывались для решения главных государственных вопросов.

Папы римские, остававшиеся под властью византийских императоров, не имели влияния на церковную жизнь варварских королевств. Один курьезный факт: о том, что готы в Испании в 589 г. отказались от арианской ереси, в Риме случайно узнали через несколько лет. Зато римские папы принимали живое участие в деле распространения христианства на землях «язычников». Так, новая христианизация Англии в конце VI в. была инициирована папой Григорием Великим.

История монашества в Западной Европе началась с опозданием. Вдохновляясь примером анахоретов Сирии и Египта, в V в. влиятельные монастыри возникают на юге-востоке Галлии. Начав с подражания, западное монашество быстро создало новые формы монашеской жизни. На Востоке монашество было скорее движением, чем институтом, в Европе же оно приобрело строгие организационные формы и стало важной общественной силой. Около 530 г. для монастыря Монтекассино близ Неаполя Бенедикт Нурсийский составил монастырский устав, получивший затем широкое распространение. Особая форма монашества сложилась в Ирландии. Там монастыри оказались влиятельнее епископов. Аббаты являлись фактическими лидерами церковных диоцезов, а на должность епископа назначался один из монахов. Монастырские уставы в ирландском монашестве не играли заметной роли, а заменялись живым примером. Идея монашеской жизни соединялась у ирландцев с идеей паломничества во имя Христа. Такие паломничества зачастую не были движением к конкретной цели, а осмыслялись как особая аскетическая практика, род христианского подвижничества. Ирландские монахи, в частности св. Колумбан, активно действовали на континенте, вдохнув в монашеское движение новую жизнь. Появление ирландских монахов в Галлии и других странах в то же время вылилось в конфликт с бенедиктинским монашеством. Он разворачивался вокруг животрепещущего вопроса о подчинении монастырей верховной власти епископа, за что ратовала бенедиктинская традиция. Короли и магнаты завязывали с монастырями особые отношения. Первые видели в них противовес епископам и своего верного союзника. Вторые использовали монастыри в своих семейных интересах как место памяти о покойных представителях рода и молитвенного заступничества. Энтузиазм христианских подвижников спасал церковь от внутреннего разложения. Кричащей проблемой церкви в VI–VII вв. становился упадок церковной дисциплины, отход от установленных норм церковной жизни. Дело усугублялось тем, что в большинстве регионов церковные соборы не собирались.

Церковные приходы в это время только возникают. В деревне продолжали практиковаться нехристианские обряды, которые церковь третировала как «язычество». Некоторые пастыри кажутся этим озабоченными, но далеко не все. Примером активной пастырской деятельности епископа в VI в. являются проповеди Цезария Арльского, которых сохранилось свыше двухсот. Впрочем, из их содержания следует, что даже такой заинтересованный епископ не собирается посвящать паству в тонкости христианского учения, а требует формального соблюдения немногих обрядов и норм и признания своей пастырской власти. Неглубокий и формальный характер христианизации в начале Средних веков некоторые историки относят на счет трудности распространения христианского учения, которое осуществлялось в условиях культурного конфликта между миром ученой и «народной» культуры. В этот же период укрепляется культ святых, в особенности почетание святых мощей, а также уходит в прошлое характерное для Античности отторжение «города мертвых» от поселения живых. Могилы устраивают прямо в церквах, вблизи святых реликвий. Это явилось результатом сложного взаимодействия культурных традиций. Возможно, это только одна сторона дела. Скорее всего церковь в своем общении с паствой просто не желала поднимать серьезные вопросы. Знание деталей христианской доктрины она оставляла за собой. В целом христианство в начале Средневековья стоит понимать не как «переходный этап» к его, так сказать, более глубокой форме, требующей времени — оно было таким, потому что многих устраивало.

В период варварских королевств налаживаются некоторые формы религиозной жизни, которые определяют лицо христианства с тех пор. В частности, это касается практики покаяния. В древней церкви исповедь и покаяние в грехах были публичными. Покаяние предполагало временное исключение из общины верующих. Эти практики были слишком тяжелы для исполнения. В Испании VII в. их называли причиной волны самоубийств. Они вступали в противоречия с нормами социальной жизни и были заменены частной исповедью и тайным покаянием.

Первый большой теологический спор в Западной церкви касался христианской антропологии и учения о благодати. Камнем преткновения сначала явилась вероучительная деятельность Пелагия, который проповедовал в Риме в конце IV — начале V в. Пелагий стремился отстоять аскетический идеал христианства. По его мнению, подлинное следование Христу и тем самым надежда на спасение — удел тех, кто способен на подвиг безупречной нравственной жизни. Все другие христианские представления были подчинены этому. Проповедь Пелагия были призвана «растолковать, на какое благо способна человеческая природа», «раскрыть ее скрытые богатства». Согласно проповеднику, человек питает естественную склонность к добру и наделен душевной способностью самостоятельного и ответственного выбора между добром и злом — свободой воли «быть тем, чем он захочет». Благая природа человека, по мысли Пелагия, не была уничтожена грехопадением. В греховности люди скорее похожи на Адама и Еву, нежели унаследовали их грех. Они «долго выучивались злу, не приобретая никакой привычки к добру».

Взгляды Пелагия, рискованно развивавшие христианскую мысль, встретили организованное противодействие в лице лидеров африканской церкви, которые добились осуждения пелагианства как еретического учения. Вместо традиционного представления о церкви как сообществе праведных епископ Гиппона Августин предложил идею двух церквей — земной и небесной. По Августину, земная церковь неизбежно состоит из грешников. Это отвечает природе человека, которого после грехопадения его прародителей может повести к добру только Господь Бог. Церковь должна принять в свое лоно людей такими, какие они есть. Мечта видеть их поголовными праведниками не просто утопия. Она ведет к церковному расколу и хуже того — к ереси отрицания роли провидения, участия Бога в земных делах и божественной благодати, нисходящей на христиан.

Теологические позиции, занятые Августином в споре с Пелагием и его последователями, вызвали новый виток полемики. Суждения Августина о предопределении и благодати расценивались некоторыми в качестве проповеди пассивности и фатализма. Его отдельные формулировки можно было понять даже так, что Бог способен отталкивать от себя людей, совершающих добрые дела, и побуждать их ко злу. Нарастающее недовольство Августином вылилось в выступление Иоанна Кассиана, духовного лидера монастырей Марселя и Лерена. В частности, Кассиан утверждал, что первый шаг по дороге добра человек способен сделать самостоятельно и благодать не может не воспоследовать. Ответ почитателей Августина во главе с обосновавшимся при папской канцелярии Проспером Аквитанским обнаружил всю меру пристрастности и намерение уличить оппонента в скрытой ереси. Стараниями Цезария Арльского конец спору кладут постановления церковного собора в Оранже в 529 г. Собор отверг идею предопределения ко злу и, не осудив никого поименно, последовал за Августином в строгом утверждении первенствующей и основополагающей роли благодати в обретении веры и свершении добрых дел. Этот теологический вопрос оказался для Католической церкви миной замедленного действия. В эпоху Реформации он разрушит единство Запада.