В 1206 г. на берегу Онона Чингисхан был провозглашен правителем Монгольской державы (Ёке Монгол Уле). Он попытался разрушить традиционную племенную систему и создать принципиально новую структуру, основанную на фундаменте личной преданности. В результате была введена десятичная система (деление воинских подразделений на десятки, сотни и тысячи). Всего первоначально было создано 95 «тысяч». Они являлись как военными, так и административными подразделениями имперской конфедерации. Старую родовую структуру сохранили племена давних сподвижников Чингисхана, а также те вождества, которые добровольно вошли в состав имперской конфедерации. Остальные были перетасованы и включены в новые «тысячи». Правым крылом в 38 тыс. воинов командовал Боорчу. Левое крыло находилось под руководством Мухали, вместе с центром оно составляло 62 тыс. чел.

Чингисхан также создал дружину (кеьиик) в 10 тыс. воинов, которой была поручена охрана ханских покоев, имущества и ставки, руководство дворовой челядью, обеспечение ханского стола продовольствием, участие в ханских облавных охотах и т. д. Дружина являлась своеобразной кузницей кадров для будущей имперской администрации.

Родственники оказались обделенными. Матери на пару с младшим родным братом Чингисхан выделил 10 тыс. юрт, брату Хасару — 4 тыс., сыновьям: Джучи — 9 тыс., Чагатаю — 8 тыс., Угедею и Толую — по 5 тыс. При этом к ним были приставлены специальные наместники, которые должны были докладывать Чингисхану о каждом их шаге. Причина этого коренится в уже упомянутых событиях далекого детства, когда он столкнулся с изменой родственников, бросивших его семью после смерти отца. Помня об этом, Чингисхан неизменно старался опираться не на родственников, а на своих верных нукеров.

Судебные дела были поручены Шиги-Хутуху. Чингисхан также провозгласил новые правила поведения, которые обычно называют Ясой. Среди современных исследователей нет единства относительно того, что представляла собой Яса. Ее подлинник не известен, имеются только различные пересказы и упоминания восточных авторов Джувейни, Рашид ад-Дина, Макризи, Ибн Баттуты. По всей видимости, Яса не являлась писаным сводом законов. Она представляла собой компиляцию различных установлений, правил и табу, установленных Чингисханом с некоторыми дополнениями в правление Угедея. Данный текст был недоступен для общего пользования. Согласно Джувейни, «эти свитки называются Великой Книгой Ясы и лежат в казне старших принцев. Когда хан садится на трон, или будет собирать великое войско, или соберутся принцы и [станут советоваться] о делах государства и управления, то приносят те свитки и в соответствии с ними осуществляют все решения; и к построению войска или разрушению стран и городов, как там предписано». С течением времени значение Ясы упало по причине разделения Монгольской империи на несколько самостоятельных частей, в которых определяющую роль имели местные юридические традиции.

Постепенно термин «монголы» распространился на все племена и вождества, вошедшие в степную державу. Налицо случай создания этнических общностей, когда один из этнонимов становится названием одного народа и постепенно разрозненные племена начинают осознавать себя единой этнической общностью. Этот исторический факт был подмечен еще в XIV в. составителями знаменитого «Сборника летописей» Рашид ад-Дина: «[Разные] тюркские племена, подобно джалаирам, татарам, ойратам, онгутам, кераитам, найманам, тангутам и прочим, из которых каждое имело определенное имя и специальное прозвище, — все они из-за самовосхваления называют себя [тоже] монголами, несмотря на то, что в древности они не признавали этого имени. Их теперешние потомки, таким образом, воображают, что они уже издревле относятся к имени монголов и именуются [этим именем], — а это не так, ибо в древности монголы были [лишь] одним племенем из всей совокупности тюркских степных племен».

В 1210 г. чжурчжэньские посланники потребовали от Чингисхана уплаты дани. Теоретически монголы оставались вассалами империи Цзинь. Однако реальное соотношение сил между Севером и Югом сильно изменилось, и этот эпизод был использован в качестве повода к войне. На следующий год монголы вторглись в границы Цзинь сразу двумя армиями. С этого времени началась эпоха великих монгольских завоеваний. Чжурчжэни располагали 1 млн 200 тыс. бойцов. Чингисхан имел 139 «тысяч». Следовательно, соотношение сил было примерно 1:10. Однако чжурчжэньская армия была рассредоточена по отдельным гарнизонам, а монголы могли использовать эффект концентрации сил на главном направлении удара. Они перешли за Стену и взяли Западную столицу. Первые же победы привели к увеличению численности монгольского войска за счет перебежчиков.

Обычная тактика монголов сводилась к следующему. Монгольское войско выстраивалось в несколько линий. Первые линии составляли тяжеловооруженные всадники, сзади находились конные лучники. В начале битвы легкая кавалерия с флангов или через интервалы между передовыми подразделениями выезжала вперед и начинала засыпать противника стрелами. Сплошной поток из сыплющихся с неба стрел был хорошим психологическим приемом (особенно если часть стрел снабжалась специальными свистунками) и мог принести вред плохо вооруженной пехоте. Однако эффективность такой стрельбы была достаточно невысока для вооруженного защитной броней противника.

Коронной тактической уловкой монголов было знаменитое ложное отступление, когда они высылали вперед несколько подразделений, которые должны были имитировать столкновение с врагом, а потом сделать вид, что отступают. После того как враг бросался в преследование в надежде поживиться легкой добычей, монголы растягивали его коммуникации. После этого в дело вступали лучники, которые засыпали противника тучей стрел. Монголы предпочитали тактику дистанционного боя до получения решающего преимущества над противником. Возможно, это обусловливалось тем, что основную часть войска составляли легковооруженные лучники. Завершала сражение снова тяжелая кавалерия, которая сначала выдвигалась на легких рысях, а потом сминала уставшего и расстроившего ряды противника.

Каждый монгольский воин должен был иметь с собой полный комплект снаряжения, включая защитное и наступательное вооружение, веревки, транспортных животных и прочее. Если при осмотре войска обнаруживалась недостача, виновный сурово наказывался вплоть до смертной казни. Чингисхан ввел жесткую дисциплину и круговую поруку. Если с поля боя убегал один человек, карали весь десяток. Эта система была жестокой, но оказалась очень эффективной.

Монголы исповедовали тактику тотальной войны, масштабное запугивание противника с целью подавления его боевого духа и деморализации. Если города не сдавались им без единого выстрела, они не брали никого в плен, кроме искусных ремесленников. Для осадных работ использовалось местное население (хашар, букв, «толпа»), которое заставляли приводить в действие гигантские механизмы, собирать камни, заготавливать деревья, строить осадные сооружения.

В начале военных действий против чжурчжэней монголы испытывали недостаток опыта и специальных средств при осаде городов. В ходе первой кампании против тангутов они так неудачно пытались затопить водой столицу тангутского государства, что в результате вода прорвала построенную плотину и затопила монгольский лагерь. Однако монголы были хорошими учениками в военном деле. Они стали использовать на военной службе чжурчжэньских, китайских, а позже — мусульманских инженеров и ремесленников, что быстро привело к ощутимым результатам. Очень скоро они освоили самые передовые военные технологии — строительство осадных башен, в том числе с катапультами, а также различных метательных орудий, стреляющих стрелами, камнями и пороховыми зарядами, стали проводить крупномасштабную подготовку перед штурмом, осуществлять возведение плотин для затопления вражеского города и рытье подкопов под вражеские стены и т. д.