Чингизиды периодически сталкивались с тем, что ханская казна оказывалась пустой. Именно поэтому, когда после возвращения из похода в Среднюю Азию выяснилось, что на складах нет ни зерна, ни шелка, сторонники провоенной партии предложили Угедею уничтожить все население Северного Китая, а земледельческие поля превратить в пастбища. Однако сторонники другой группировки, которую возглавлял Елюй Чуцай, придерживались мнения, что гораздо выгоднее обложить завоеванное население налогами. Елюй Чуцай произнес знаменитые слова: «Хотя [Вы] получили поднебесную, сидя на коне, но нельзя управлять [ею], сидя на коне». Увидев, какие это может дать результаты, Угедей назначил Елюя Чуцая председателем государственного секретариата (кит. чжун-шу шэн). Фактически киданин стал главным советником в имперском правительстве. Здесь вырабатывались наиболее важные решения и готовились указы для распространения их на места, выдавались пайцзы, печати и другие атрибуты имперской власти. Однако вплоть до воцарения Хубилая этот орган не имел четкой организационной структуры.
На первых порах Елюю Чуцаю удалось наладить устойчивую налоговую систему. Помимо стандартных поземельных налогов были введены различные повинности и дополнительные поборы. Большим бременем стала обязанность снабжать пищей монгольских гонцов и должностных лиц, передвигающихся по просторам страны. В немалой степени успехи были обусловлены тем, что Чуцай стал активно формировать государственный аппарат из числа конфуцианских бюрократов. Он объяснял Угедею это тем, что они обладали большими знаниями и административным опытом. Для оптимизации налогообложения в 1233 и 1234 гг. на территории Северного Китая были проведены переписи.
Когда Елюй Чуцай предлагал ввести налоги, он думал не только о наполнении ханской казны, но и о восстановлении экономики страны. К концу жизни Угедея влияние конфуцианца упало. Зимой 1239/40 г. мусульманский купец Абд ар-Рахман предложил отдать ему налоги на откуп, пообещав удвоить поступления в казну. Несмотря на яростное противодействие Чуцая, Угедей и его окружение согласились. В 1236 г. под давлением кочевой аристократии Угедей роздал значительную часть завоеванной территории Северного Китая в уделы (фэнь ди). Елюй Чуцай также не смог воспрепятствовать этому. Ему удалось добиться лишь того, чтобы приставить для надзора к каждому из монгольских вождей специальных контролеров. Щл-
По приказу Угэдея в завоеванные страны были направлены должностные лица (баскаки) и сопровождавшие их писцы (битикчи). Слово «баскак» тюркского происхождения (тюрк, бас — «давить»). Это калька монгольского термина даргучи (монг. дару — «давить»). Дословно оба слова обозначают человека, который ставит печать от имени хана. Судя по всему, в функции даргучи входил достаточно широкий круг административных, военных и судебных полномочий. Для укрепления инфраструктуры империи в 1235 г. была создана ямская служба. От каждой тысячи должны быть выделены смотрители почтовых станций (ямов). Они обеспечивали гонцов и других должностных лиц свежими лошадьми, пищей и кровом.
Пришло время перенести ставку из Восточной Монголии в новое место. Было принято решение о строительство в долине Орхона столицы, которая получила название Каракорум (монг. Хархорин). Местоположение новой столицы было обусловлено в первую очередь геополитическими преимуществами. Отсюда было гораздо удобнее контролировать и Китай, и торговые пути через Ганьсу, и совершать походы на Джунгарию и Восточный Туркестан. Важное место в создании столицы сыграла необходимость концентрации в одном месте ремесленников из завоеванных стран. В течение первых десятилетий существования империи монголы провели масштабную мобилизацию человеческих ресурсов. После захвата Хорезма в Монголию было угнано 100 тыс. ремесленников. Следующая волна насильственной депортации мастеров была связана с походами на государство Цзинь, в результате чего в Каракорум привезли много искусных ремесленников и мастерового люда, которые занимались украшением внутренних покоев дворца и производством для него утвари и различных украшений.
В 1235 г. был возведен дворец Угедея, называвшийся Ваньангун — «Дворец мира на десять тысяч лет». Все представители элиты получили приказание построить в городе дворцы и дома. Перед этим дворцом находилось знаменитое винное дерево, сделанное мастером Вильгельмом из Парижа. Перед деревом стояли четыре серебряных льва, из пасти которых подавался кумыс. От ствола дерева отходили четыре трубы в форме позолоченных змей. Из этих труб лились вина. Ветки и листья были сделаны из серебра. На самом верху находился ангел с трубой.
Дворцовый комплекс был пристроен с юга к городским стенам. Сам город имел форму, близкую к прямоугольнику (в южной части — к равнобедренной трапеции). Длинные стороны (около 2,5 км) были ориентированы по линии северо-восток — юго-запад. С северной стороны длина вала равнялась 1,6 км, с южной стороны — около 1,3 км. Стены были невысоки и не предназначались для серьезной обороны. Город разделялся на несколько участков. В одной зоне располагались усадьбы аристократии и ханский дворец, в другой были расселены чжурчжэньские и китайские ремесленники, третья была занята мусульманскими купцами. В городе существовало не менее четырех рынков, церкви и кумирни различных конфессий.
Сам Чингисхан и его ближайшие потомки не отдавали предпочтения ни одной из мировых религий, с уважением относясь ко всем существующим. Во многих государствах религиозные служители (даосы, буддисты, православные) были освобождены от налогов. Возможно, отчасти это было продиктовано прагматическими задачами, чтобы обеспечить свое правление в завоеванных странах. Нельзя исключать и другое обстоятельство — таким способом Чингизиды стремились максимально застраховать себя от вреда со стороны любых потусторонних сил.
Несмотря на наличие столицы, монгольские ханы большую часть свободного времени проводили если не в военных походах, то в сезонных перекочевках. Угедей путешествовал на север от Каракорума, где в окрестностях Дойтын-балгаса развлекался соколиной охотой. С началом лета он переезжал к югу от столицы под защиту прохлады Хангайских гор. С наступлением зимних холодов Угедей перебирался на юг ближе к Гоби. Ранней весной он возвращался в Каракорум для решения государственных дел. Общая протяженность маршрута составляла около 450 км.
В общих чертах создается впечатление, что в период между 1229–1241 гг. складывается государственный аппарат Монгольской империи. Данные тенденции получили развитие при последующих ханах. При Гуюке канцелярия продолжала функционировать. В период его краткого царствования, а также после его смерти было выдано множество ярлыков и пайцз «без числа».
После этого власть перешла к потомкам младшего из сыновей Чингисхана Толуя. Ханом был избран сын Толуя Мунке (1251–1259). Большую поддержку ему оказал наиболее могущественный и старейший из потомков Чингиса Бату (рус. Батый). Мунке был вынужден потратить много сил на упорядочивание создавшейся административной чехарды и отменил многие из выданных ярлыков. Он назначил главой своей канцелярии Булгаака (Булгай Ака), повелев ему «писать его указы и повеления и составлять копии». Булгааку подчинялись писцы, владевшие уйгурским, персидским, китайским, тибетским и тангутским письмом. К 1260 г. в составе чжуншу шэн насчитывалось уже около 100 переводчиков разных национальностей.
Мунке возобновил войну против династии Сун. Он полагал, что китайских бюрократов можно использовать на службе в завоеванных районах Китая, однако не видел никакой надобности в них в центральном аппарате степной империи. Видимо, и в реальности потребность монгольской ставки в китайских аппаратчиках была не очень велика. Фактически до воцарения Хубилая на завоеванных китайских и чжурчжэньских территориях не были созданы специальные бюрократические институты. В этот период не существовало в Монгольской империи столь строго иерархизированного дворцового церемониала, как это было принято в китайских царствах.