Грозный и жестокий царь таким, каким он формировался с детства, был нужен не только недалеким эгоистам, попадавшим к нему в родню и фавор, но и широким слоям мелкого дворянства, страдавшим от своеволия крупных феодалов. Идеологом их был профессиональный воин-наемник Иван Пересветов, подавший царю две челобитные, в которых была изложена обширная программа реформ. Пересветов мечтал о сильной военной монархии, устроенной по образцу Османской империи турок. Царь должен больше всего заботиться о благополучии воинского сословия. «Мудр царь, что воинам сердце веселит». Ленивых богатеев, отвращающих царя от воинов, надо, не дожидаясь каких-либо улик («лица»), «огнем жещи» и «лютой смерти» предавать. Царь должен быть «на царстве грозен и мудр» (Пересветов 1956). Пересветов умер в безвестности, но царь фактически осуществлял многое из его программы. Природные свойства царя совпали с неким социальным идеалом.
С расформированием Избранной рады 13-летний период сравнительно благостного правления окончился. После 1560 г. начались кровавые расправы с родственниками и друзьями Адашева. Одновременно после короткого траура по умершей жене царь, и при ее жизни изменявший ей, пустился во все тяжкие. Он всячески распутствовал, утоляя свое любострастие, веселился на пирах с обильными возлияниями и грубыми забавами. Вокруг него собралась ватага новых приятелей и советников взамен Избранной рады: Алексей Басманов-Плещеев, Василий Грязной, князь Афанасий Вяземский, Малюта (Григорий Лукьянович) Скуратов-Бельский. Басманов взял на себя воеводские функции, Скуратов — карательные, и все поддерживали безудержное веселье и распутство царя. Видя на пиру, как царь, упившись, плясал со своими любимцами в масках, старый князь Михаил Репнин заплакал. Иван стал надевать на него маску («мошкару»). Князь вырвал ее из рук царя и растоптал, сказавши: «Государю ли быть скоморохом?» Иван выгнал его взашей и приказал прикончить — убили старика прямо в церкви, куда он отправился молиться о чистоте нравов.
После начала войны с Ливонией и бегства в Литву ряда знатных людей — князей Вишневецкого, Курбского, Черкасских — царь, опасаясь боярских измен, собрал всю казну, оставил Кремль и зимой 1564 г. со всеми родичами и приближенными выехал длинным обозом в Александровскую слободу, заявив, что из-за боярских измен отказывается от царства. В испуге москвичи и духовенство били челом царю и умоляли вернуться. Через месяц Иван вернулся в Москву, но на определенных условиях. Этими условиями было введение опричнины. Земскому управлению царь оставил лишь часть земель, кроме (опричь) ряда центральных земель, которые присвоил себе. В том числе двадцать самых богатых городов и лучшие улицы в Москве. С опричных земель князья и бояре-вотчинники, владевшие имениями наследственно (от отцов), были согнаны, переселены в отдаленные земли, а территория разбита на участки, на кои пожизненно помещались верные царю дворяне — помещики, целиком зависевшие от царя.
Болезненная подозрительность и жестокость Ивана Грозного, происходившие от дурной наследственности и небрежного воспитания, к этому времени под воздействием стечения обстоятельств вылились в подлинную психическую болезнь. Обстоятельства эти — постоянные войны, действительные измены и потакание дурным инстинктам царя со всех сторон — при полных его бесконтрольности и всевластии. Мания величия сочеталась в его болезненной психике с манией преследования (убежденность во всеобщих изменах, заговорах, злых чарах). Царь твердо верил, что надо пресекать эти измены и заговоры в зародыше. Ряд потрясений, заливаемых алкоголем, привел к резкому изменению здоровья царя, выраженному ясно даже в его внешности. Из Александровской слободы Иван вернулся другим — он сразу облысел и борода стала редкой, темно-серые глаза потухли, на лице были написаны ярость и свирепость. Последовала вторая волна казней. Бояр и их людей сажали на кол, вешали, рубили им головы и т. д. Шести тысячам опричников была дана полная воля бесчинствовать.
Близкие отношения с Богом, установленные во времена Сильвестра, не были прерваны, но стали противоречивыми и неровными. Как царь отписывал Курбскому, «несть человека без греха, токмо бог един». А царю и вовсе не до святости, «ино же святительская власть, ино же царское правление». Подставлять ланиту бьющему — не царское дело. Вина за кровопролитие падает на тех, кто царю изменяет. Как всякий параноик, царь был удивительно хитроумен в изобретении моральных оправданий для своего нечестивого поведения, для его сочетания с религиозными убеждениями. Известный историк Казимир Валишевский на этом основании даже отрицает психическую болезнь царя — уж очень аргументированно и с эрудицией оправдывает свое поведение. Но таковы почти все параноики.
Пиры и распутство, пролитие крови и пытки совмещались с истовым замаливанием грехов. Александровская слобода была превращена в своеобразный монастырь. Припомнив, что принял монашеский чин (правда, когда был без сознания во время болезни), царь провозгласил себя игуменом, 300 самых приближенных опричников стали братией, все надели скуфьи и черные рясы, а под ними богатые кафтаны. Службы и молитвы перемежались с пирами и пытками. Присутствие на пытках взбадривало царя, после упоения ими он себя лучше чувствовал.
Теперь, чтобы выявить измену, царь сам спровоцировал тайные письма от литовского короля к своим воеводам и следил за их реакцией. Хоть они и отказались изменить царю, он не поверил. Пригласив в 1568 г. во дворец главного воеводу, Ивана Петровича Федорова, царь велел ему одеться в царские одежды и воссесть на царский трон. Преклонившись перед ним и сказав, что дал ему насладиться той властью, о которой Федоров якобы тайно мечтал, царь воскликнул, что как он его вознес, так и низвергнуть волен — и ударил его в сердце ножом. Затем были преданы казни его родичи, а также родные и единомышленники митрополита Филиппа (Колычева), не одобрявшего царских расправ.
Четвертая волна казней, 1569 года, сопровождала расправу над двоюродным братом Владимиром Андреевичем Старицким. Он был обвинен в умышлении отравить царя через царского повара. Владимиру и его жене было велено самим испить яда, и царь со сладострастием наблюдал, как они корчились в смертных муках. Тогда же Скуратовым по велению царя был задушен в своей монашеской келье сосланный бывший митрополит Филипп. Последовал разгром Твери, затем Новгорода Великого — оба сопровождались массовыми казнями жителей и разграблением их усадеб. После разгрома царем собственных городов по всей стране заговорили о том, что Бог покарал царя душевной болезнью — «болети неисцелно ему сотворити». Отмечали припадки бешенства, во время которых царь приходил «как бы в безумие», на губах выступала пена, и он «бесился на встречных».
Царь же выискивал тайное сочувствие Новгороду. В 1570 г. в заговоре были обвинены хранитель печати Иван Михайлович Висковатый и казначей Никита Фуникович Курцев, а им были подысканы сотни сторонников. Пятая волна казней была не слабее предшествующих. Как описывают австриец Альбрехт Шлихтинг и другие свидетели, в Москве было поставлено 18 широких виселиц, зажжен был высокий костер, а над ним повешен огромный чан с водой. На площадь для публичной казни было выведено несколько сот человек, измученных пытками. Висковатого, раздетого догола, повесили вверх ногами, и царь повелел своим приспешникам доказывать свою верность, отрезая куски тела подвешенного. Малюта Скуратов первым отхватил ему нос, кто-то другой — ухо. Затем прочие стали отсекать кто что горазд. Когда же подьячий Иван Реутов отсек половые части, Висковатый испустил дух. Негодующий царь в гневе велел подвергнуть Реутова самого тому же наказанию, раз он так необдуманно сократил мучения Висковатого (выполнить не успели, царь передумал). Курцева обливали попеременно кипятком и ледяной водой, пока кожа с него не слезла, как с угря, и он умер.
Царь и его опричники кололи, рубили и вешали — за 4 часа 200 человек. В числе жертв были на сей раз и недавние соратники — Алексей Басманов и Афанасий Вяземский (этот не дотянул до площади — умер при пытках). После экзекуции опричники окружили царя с криками «Гойда! гойда!». Воевода Козаринов-Голохвастов удрал в монастырь и посхимился. Царь повелел достать его и взорвать на бочке пороха, повелел с юмористическим обоснованием: ведь схимники — ангелы и должны лететь на небо.