Джо Коломбо было сорок лет, он был достаточно опытен и мудр, чтобы понять тщетность затеи с двойной или тройной казнью крестных отцов; к тому же он чувствовал, кто из боссов одерживает верх во внутренней борьбе за господство в Нью-Йорке. Он связался с Гамбино — не для того, чтобы убить его, а чтобы предупредить о махинациях Бонанно и Маглиокко.

Вооружившись доказательствами Коломбо, Гамбино, Луккезе и остальные члены комиссии вызвали Бонанно и Маглиокко на суд мафии. Маглиокко, физически больной и преданный одним из своих капо, с готовностью признался в содеянном и молил о пощаде. Вместо пули в затылок он был изгнан из мафии на всю жизнь. Действуя так, словно Комиссия подлежала аудиту, крестные отцы оштрафовали Маглиокко на 43 000 долларов, чтобы покрыть расходы, понесенные при расследовании жалоб на него и Бонанно. Опальный Маглиокко собрал своих верных капо в сентябре 1963 года, чтобы объявить о прекращении войны с Галло и сообщить им, что Комиссия сместила его как наследника Профачи. Через год он умер от сердечного приступа. Гамбино и остальные боссы вознаградили Коломбо за то, что он был асом и, возможно, спас их шкуры, назначив его боссом старой семьи Профачи и предоставив ему место в Комиссии.

Джо Бонанно никогда не появлялся в противостоянии с другими крестными отцами Комиссии. Он скрывался в Калифорнии и Канаде, изучая возможности для браконьерства в этих регионах. Свои нью-йоркские операции он оставил доверенным помощникам и назначил своего старшего сына Сальваторе «Билла» консильери семьи. Калифорния занимала важное место в планах Бонанно. В Южной Калифорнии рождались огромные богатства, и Бонанно считал, что Фрэнк ДеСимоне, босс лос-анджелесской семьи, не сумел их использовать. Бонанно задумал заменить ДеСимоне и его команду на Билла, который обеспечит лучшее руководство, и сорок солдат, которые принесут большую прибыль. Будучи членом Комиссии, Бонанно уже имел некоторые обязанности по надзору в Калифорнии за небольшими семьями, действовавшими в Сан-Франциско и Сан-Хосе. Захватив контроль над Лос-Анджелесом, Бонанно полагал, что сможет доминировать над мафией на обоих побережьях.

Некоторые пленки ФБР все еще крутились, и агенты узнали о конфликте Бонанно с Комиссией из «жучка», установленного в штаб-квартире Симоне «Сэма-сантехника» ДеКавальканте, босса семьи из Нью-Джерси, базирующейся в Элизабет. В разговоре с одним из капо своей семьи, Джозефом Сферрой, 31 августа 1964 года ДеКавальканте упомянул о трудностях Бонанно. «Речь идет о боргате Джо Бонанно. Комиссии не нравится, как он себя ведет». Де Кавальканте добавил, что Бонанно повысил Билла до консильери и что сын также разозлил Комиссию, отказавшись явиться на допрос. «Он назначил своего сына консильери — и, по имеющимся сведениям, сын не явился», — пояснил ДеКавальканте.

21 сентября 1964 года ДеКавальканте объяснил Джозефу Зикарелли, солдату Бонанно, почему всесильная Комиссия отвергла попытку Маглиокко, при поддержке Бонанно, стать боссом. «Комиссия вошла туда и взяла семью под контроль. Когда Профачи умер, боссом стал Джо Маглиокко. Его сразу же выгнали. «Кто ты такой, черт побери, чтобы управлять боргатой? И синьор Бонанно это знает. Когда у нас начались проблемы, они сразу же пришли. «Вы принадлежите Комиссии, пока не разберетесь с этим».

Конкурирующие крестные отцы Бонанно полагались на Комиссию как на основу силы и структуры мафии и возмущались его неповиновением и новыми экспансионистскими планами. Магаддино, беседуя с одним из своих солдат в Буффало о планах Бонанно без одобрения Комиссии контролировать Калифорнию и Канаду, сказал: «Даже Святой Дух не может прийти на мою территорию без разрешения».

Иерархия семьи Дженовезе также выстроилась против Бонанно. Во время прослушки ФБР в сентябре 1964 года Томас «Томми Райан» Эболи, капо, сказал брату Вито Дженовезе Майклу, что Бонанно создает раскол, который может уничтожить мафию или сделать ее такой же разобщенной, как другие этнические банды. «Если хоть один член сможет оспорить приказ Комиссии, вы можете попрощаться с Коза Ностра, потому что Комиссия — это опора Коза Ностра. Это будет похоже на ирландские мафии, которые дерутся между собой, а они [итальянцы] будут устраивать войны между бандами, как это было много лет назад». В Чикаго жучок ФБР услышал решение Сэма Джанканы по поводу отказа Бонанно предстать перед комиссией. «Не посылайте ему больше сообщений. Убейте его!»

У дона Пеппино Бонанно была еще одна проблема. Он был единственным крупным мафиози, которому угрожали законопроекты по борьбе с организованной преступностью, проведенные через Конгресс Робертом Кеннеди до его ухода с поста генерального прокурора. Большое жюри, созванное Робертом М. Моргентау, агрессивным прокурором США на Манхэттене, вызвало Бонанно на допрос. Вечером 20 октября 1964 года, за день до того, как он должен был дать показания или столкнуться с возможным тюремным заключением за неуважение к суду, Бонанно ужинал с тремя своими адвокатами на Манхэттене. После этого он и адвокат Уильям Пауэр Мэлони отправились на такси в многоквартирный дом Мэлони на углу Парк-авеню и 36-й улицы, где он собирался провести ночь. Было уже за полночь, и шел дождь. Бонанно вышел из такси, чтобы оплатить проезд, когда, как он позже утверждал, его схватили двое крепких мужчин, предупредивших: «Пойдем, Джо, ты нужен моему боссу», и затолкали его в заднюю часть ожидавшей машины. Мэлони рассказал полиции, что когда он подбежал, чтобы вмешаться, и закричал на двух мужчин, один из них сделал предупредительный выстрел, чтобы отпугнуть его. В своей автобиографии, опубликованной два десятилетия спустя, Бонанно утверждал, что его похищение было совершено людьми, работавшими на его двоюродного брата Стефано Магаддино. Его заставили скрючиться на полу машины и отвезли на ферму в сельской местности на севере штата Нью-Йорк, где кузен предупредил его, что он попал в немилость, поскольку Комиссия посчитала его жаждущим власти. Рассказ Бонанно был расплывчатым. Он сказал, что похитители держали его шесть недель, затем по его просьбе отвезли в Техас и отпустили невредимым. Оказавшись на свободе, он отрастил бороду, чтобы скрыть свою внешность, и провел последующие девятнадцать месяцев в убежищах в Тусоне и Нью-Йорке.

Что на самом деле произошло с Бонанно во время его исчезновения, остается загадкой. Ясно лишь то, что в мае 1966 года он без предупреждения появился вместе со своим адвокатом в здании федерального суда на Фоли-сквер в Манхэттене и вкратце объяснил, что был похищен два года назад. Его длительная задержка с получением повестки привела к обвинительному заключению за неявку в суд присяжных. Он оспаривал законность обвинения в течение пяти лет, пока обвинение не было снято.

С той ночи, когда адвокат Бонанно заявил о его пропаже, нью-йоркские и федеральные следователи сомневались в том, что он был похищен. Полиция не смогла подтвердить слова Малони о том, что был произведен предупредительный выстрел; на месте преступления не было найдено ни одной гильзы. Более того, поскольку Бонанно был вовлечен в назревающее смертельное противостояние с Гамбино и Луккезе, для него, находящегося в опасности босса, было нехарактерно и безрассудно разгуливать по городу без сопровождения телохранителей. Детектив Салерно узнал, что после исчезновения, благодаря электронному подслушиванию, быстро выяснилось, что он жив. «Когда убивают кого-то важного, мафиози называют его la bon anima, добрая душа», — заметил Салерно. Никто из близких Бонанно не говорил о нем так; скорее, они говорили: «Этот сукин сын свалил и оставил нас здесь одних»».

Через два дня после инцидента на Парк-авеню агенты ФБР, подслушивавшие водопроводчика Сэма ДеКавальканте из Нью-Джерси, получили подсказку, что Бонанно инсценировал похищение. Обсуждая Бонанно с одним из своих лейтенантов, Фрэнком Маджури, ДеКавальканте сказал, что нью-йоркские боссы были озадачены и ничего не знали об исчезновении. «Тогда, должно быть, это сделал он», — ответил Маджури, подкрепляя предположение, что похищение было инсценировкой.