По мнению большинства следователей, у Бонанно было две веские причины уехать из Нью-Йорка: он хотел получить время для заключения перемирия или мирного договора со своими врагами в Комиссии и опасался обвинительного заключения большого жюри Морген-Тау. Во время его отсутствия Гамбино и Луккезе с удовольствием разжигали смуту в семье Бонанно, подстрекая диссидентов выступить против суррогатного руководства Билла Бонанно. Сын вызывал недовольство старожилов семьи, которые считали, что он не заслужил шпоры проверенного лидера. Пока Бонанно отсутствовал, в конфликте за контроль над боргатой было несколько жертв. Сражения были названы «банановой войной». Неожиданное появление старшего Бонанно в мае 1966 года, вероятно, было вызвано попыткой устроить засаду на его сына пятью месяцами ранее. Явившись на ночную встречу в Бруклине, Билл и его телохранители были встречены градом выстрелов. Никто не пострадал, но было произведено не менее двадцати выстрелов, а полиция обнаружила семь пистолетов, выброшенных на тротуар.

Вскоре после возвращения в Нью-Йорк Бонанно, тридцать пять лет бывший несгибаемым боссом, признал свое поражение. Даже один из его ближайших лейтенантов, Гаспар «Гаспарино» ДиГрегорио, шафер на его свадьбе и религиозный крестный отец Билла Бонанно, переметнулся на сторону внутренней оппозиции против него. Бонанно перегнул палку в своем столкновении с Комиссией, и она разгромила его, сохранив за собой прерогативу утверждать выбор боссов и право определять права на расширение. В результате сделки с Комиссией наказанному Бонанно было позволено отречься от престола и мирно уйти в отставку с поста главы банды, которая когда-то была самой могущественной мафиозной организацией в стране. Он продал свой роскошный дом в Хемпстеде, Лонг-Айленд, и 14-комнатный фермерский дом недалеко от Миддлтауна, Нью-Йорк. Оборвав все связи с Нью-Йорком, он отправился в Тусон, где по состоянию здоровья жил с начала 1940-х годов. Несмотря на то что на Востоке с ним было покончено как с величественным крестным отцом, дон Пеппино продолжал вместе с сыновьями промышлять мелким рэкетом в Аризоне и Калифорнии. Последний из первоначальных членов Комиссии, он начал готовить свои мемуары — документ, который приведет к далеко идущим осложнениям для него самого и других мафиози.

Жажда власти чуть не стоила Бонанно жизни. Спустя годы после этого эпизода Ральф Салерно узнал, что Комиссия после долгих споров дала Бонанно «добро», поскольку он был одним из отцов-основателей мафии и пообещал никогда больше не вмешиваться в дела мафии в Нью-Йорке или других центрах власти Козы Ностра. Если бы он осмелился вернуться в Нью-Йорк, ему бы автоматически грозил смертный приговор. Салерно и другие следователи полагали, что крестные отцы Комиссии также понимали, что убийство одного из них станет прецедентом, который поставит под угрозу их самих.

В конце 1960-х годов, когда короткая и незначительная «банановая война» закончилась, а вмешательство правоохранительных органов почти не вызывало опасений, лидеры мафии могли спокойно заниматься своими делами. Агенты ФБР или местные детективы иногда следили за ними и приставали к ним, но целенаправленных усилий по разрушению их организаций больше не предпринималось. В целях поддержания связей с общественностью полицейские управления крупных мафиозных городов, таких как Нью-Йорк, Чикаго и Филадельфия, периодически вступали в борьбу с ними — как правило, перед выборами окружного прокурора или шерифа или после возмутительного убийства или междоусобной войны, оставившей на улицах слишком много трупов, чтобы остаться незамеченной. Это были временные перерывы.

Иногда, однако, случался промах, непредвиденный, неосторожный промах мафии. Например, в четверг днем 22 сентября 1966 года тринадцать мужчин собрались вокруг банкетного стола в частной столовой La Stella, скромного итальянского ресторана в нью-йоркском районе Куинс. Мужчины среднего и пожилого возраста шутили и разговаривали, потягивая коктейли, в ожидании первого блюда. Не успели они отведать изысканное блюдо, как в ресторан ворвались полицейские в штатском и арестовали их всех. Все обедавшие были боссами мафии и чиновниками иерархии.

Аресты стали результатом рутинной слежки детективов из разведывательного отдела полиции Салерно за высокопоставленным консильери Дженовезе Майком Мирандой. Они проследили за Мирандой до ресторана La Stella, и, оказавшись там, зоркие полицейские были поражены, увидев, как гордость американской мафии прибыла отдельно и вошла в ресторан. Перепуганные полицейские сообщили своему начальству, что наткнулись на что-то крупное и нуждаются в помощи. Когда прибыло подкрепление, люди в штатском вошли в ресторан. Ни одного из мафиози не было видно. Заметив лестницу, полицейские спустились в укромный обеденный зал на нижнем этаже, где группа расположилась на обед. «Не двигаться, — приказал детектив. — Оставайтесь на своих местах». Затем люди в штатском собрали имена раздосадованных обедающих. Среди них были Карло Гамбино, его подчиненный Аниелло Деллакроче, Джо Коломбо, Томми Эболи, исполняющий обязанности босса Вито Дженовезе, Карлос Марчелло из Нового Орлеана, Санто Трафиканте из Флориды, различные приспешники и, очевидно, хозяин заведения Майк Миранда.

Не зная, какие обвинения предъявить этой дюжине мафиози, наблюдательный детектив предложил старую стандартную жалобу на домогательства: общение с известными преступниками — друг с другом. Тринадцать заключенных, как и всех подозреваемых в совершении преступлений, в наручниках доставили в полицейский участок, где их заставили позорно раздеться до нижнего белья для личного досмотра. Как у обычных воров и грабителей, у них сняли отпечатки пальцев и сфотографировали для картотеки преступников.

Когда окружной прокурор Квинса Нат Хентел узнал об арестах, он поспешил в участок. Республиканец, Хентел был назначен губернатором Нельсоном А. Рокфеллером на должность временного окружного прокурора, и он был кандидатом на пост прокурора на полный срок в районе с преобладанием демократов. Поимка знаменитых мафиози в его юрисдикции стала неожиданным событием для общественности. Хентел быстро отменил обвинения в «сговоре». Он созвал большое жюри с целью расследования организованной преступности в Квинсе и счел более разумным привлечь тринадцать человек в качестве важных свидетелей. Обвинение в сношениях было расплывчатым, и судьи все чаще отклоняли его как неконституционное.

Хентел был прав, когда говорил о рекламном бонусе. Аресты стали главной сенсацией в Нью-Йорке и других городах. Лица арестованных мафиози были напечатаны на первой полосе, а встреча была названа «Маленький Апалачин». Хентел использовал это дело для получения огласки и узнаваемости своего имени. Пользуясь вниманием телевидения, радио и газет, прокурор, не имея ни малейших доказательств, сделал гиперболические заявления о том, что гангстеры собрались, чтобы наметить будущий курс мафии во всей стране. Он мелодраматично назвал свернутый обед историческим собранием, более важным, чем встреча в Апалачине девятью годами ранее.

Демонстрируя свое презрение к окружному прокурору и арестовавшей их полиции, боссы Юга Карлос Марчелло и Санто Трафиканте в сопровождении свиты телохранителей и адвокатов через неделю после рейда вернулись за тот же стол в «Ла Стелле». На этот раз они пригласили прессу и позировали для фотографий, поднимая бокалы с вином в веселых тостах, выкрикивая приветствия. «Почему они не арестуют нас сейчас?» презрительно спросил Марчелло, пока репортеры делали записи. Затем доны заказали тот самый банкет, в котором им было отказано во время рейда: эскаролу в бродо, лингвини в белом соусе из моллюсков и запеченные моллюски, дополнив все это несколькими бутылками вина, а в завершение — фрукты и эспрессо.

Все «Тринадцать из Маленького Апалачина» сослались на Пятую поправку, когда их вызвали в суд присяжных. Расследование Хентела кануло в Лету, не принеся ни одного обвинительного заключения или крупицы информации. К несчастью для Хентела, общественный резонанс, вызванный арестами, не помог его предвыборной кампании: он потерпел подавляющее поражение. Для крупных мафиози аресты были пустяковым неудобством. Для правоохранительных органов налет на ресторан продемонстрировал как их неэффективность в борьбе с мафией, так и их жажду публичности.